resolve-chemical-identities

name	resolve-chemical-identities
description	保守解析化学名称、SMILES、InChI、InChIKey、PubChem CID、ChEMBL ID 或 CAS RN，保留多源证据、相关形式、歧义和冲突。用于确认化学记录是谁、对齐开放数据库，或在结构标准化前选择候选。

化学身份解析与来源对齐

把名称、结构或编号转换为可审计的化学候选记录。默认失败关闭：不投票选优、不让模型猜结构、不把数据库记录当作用户实物样品。

执行流程

1. 接收一个 query；只有纯数字等无法安全判断的输入才追问 input_type。
2. 阅读身份判定契约与来源边界，确认 exact、related_forms、ambiguous、conflict 和样品边界。
3. 阅读标准化交接合同。只有 standardization_handoff.status=ready 时，才允许 Adapter 将其中唯一 record 转成 standardize-chemical-structures 的通用输入。
4. 在隔离环境安装固定依赖：

python -m pip install -r scripts/requirements.txt

5. 运行解析器。单条名称示例：

python scripts/resolve_identities.py \
  --query 'aspirin' \
  --output identity-result.json

明确结构类型示例：

python scripts/resolve_identities.py \
  --query 'CCO' \
  --input-type smiles \
  --output identity-result.json

批量或带上下文时使用 JSON：

{
  "requests": [
    {
      "id": "q1",