| name | nature-academic-search |
| description | Use when users ask to 找文献、做文献检索、查论文、查临床试验、核验引用、去重文献、设计 PubMed/MeSH 检索式、追踪上下游引文、解析 DOI/PMID/PMCID/arXiv/OpenAlex/Semantic Scholar/NCT ID， 或导出 RIS、BibTeX、NBIB、ENW；also use for multi-source academic search, citation verification, citation graphs, trial registration search, research workflows, or DeepSeek Harness academic-search MCP setup. |
Academic Paper Search
什么时候触发
用户提到找文献、文献检索、引用核验、引文图谱、MeSH、PubMed、预印本、临床试验、RIS/BibTeX
或 DOI/PMID/PMCID/arXiv/OpenAlex/Semantic Scholar/NCT 时触发本 skill。目标是论文时使用
entity_type="publication"；目标是注册试验时使用 entity_type="trial"，两者不能按题名合并。
任务路由
以下工具路由以实际工具输出为准；适配器存在不代表本次已经查询。
| 用户目标 | 入口 | 执行要求 |
|---|
| 找文献、综述前期检索 | search_papers | 按源检索、去重，报告 sources_queried / sources_succeeded / sources_skipped / errors |
| 核验已有引用 | get_paper_by_id + expected | 输出字段级 verified、mismatch、not_found 或 manual_needed |
| 追踪上下游引文 | get_paper_by_id(include_relations=true) | 默认 depth=1；需要二跳时显式 depth=2，保留图谱边和来源缺口 |
| 构建 PubMed 检索式 | lookup_mesh | 先核对 MeSH 词和 ID，再组合自由词；不要凭空猜主题词 |
| 生成单条引用 | get_citation | 只格式化已解析论文；NCT 注册不生成论文引用 |
| 批量导出或自动化 | CLI citation / workflow | 保留 run.json、核验状态和人工待处理清单 |
客户端可能给工具名添加 MCP 前缀；工具总数仍为四个，不新增专用图谱工具。
DeepSeek Harness 使用独立的
dsh-academic-paper-search
Bundle，通过官方 @deepseek-ai/dsh-mcp-client 映射为
mcp__academic_search__*；这是同一 MCP 运行时的客户端适配，不要在 DSH
中重写或假设额外的论文工具。
来源与边界
- 默认论文源：
crossref、pubmed、arxiv、openalex、europe_pmc。
semantic_scholar 用于显式搜索、enrich 或图谱；富化优先使用 DOI、PMID、arXiv 等强标识符。- OpenAlex 提供跨学科 references / cited_by；PubMed ELink 提供生物医学双向关系。
- Crossref 与 Europe PMC 主要提供 references；arXiv 目前只作为节点和版本线索。
clinicaltrials_gov 只服务 entity_type="trial"，不是论文数据库。- 未连接 Google Scholar、Web of Science、Scopus、Embase、CNKI、万方，不得声称覆盖这些来源。
源失败、限流、缺少强标识符或不支持某方向时，保留成功结果并记录缺口；不能把未查询到解释成没有关系。
引文图谱契约
调用 get_paper_by_id 时可以传：
{
"include_relations": true,
"relation": "both",
"depth": 1,
"rows": 20,
"relation_sources": ["openalex", "crossref", "pubmed", "europe_pmc", "semantic_scholar"]
}
relation 是 references、cited_by 或 both。输出 citation_graph 必须保留：
nodes：合并后的 publication 节点和来源记录；edges：统一为 citing → cited，含 relation 与 observed_by；sources_queried、sources_succeeded、sources_skipped、errors；truncated、truncation_reason、depth_completed。
references 表示种子指向被引用节点，cited_by 表示引用者指向种子。图谱是关系导航和审计数据，
不是证据质量、因果关系、影响力或研究结论评分。
标准执行顺序
- 明确主题、人群/系统、干预、结局、日期、文献类型、预印本政策和实体类型。
- 生物医学问题先用
lookup_mesh 核验主题词，再组合题名/摘要自由词。
- 调用
search_papers；保存原查询、日期、请求源、结果数量和 search_run。
- 按 DOI、PMID、PMCID、arXiv、OpenAlex、Semantic Scholar 或 NCT 强标识符去重；弱题名匹配保留冲突。
- 对拟引用记录调用
get_paper_by_id + expected，逐项核对题名、首位作者、年份、期刊和标识符。
- 需要时追加一跳引文图谱；二跳、
rows 和源列表必须有明确研究目的和预算。
- 按 verified、mismatch、not_found、manual_needed、preprint、trial 分组交付；未核验记录不能静默导出。
- 批量任务使用 workflow，先生成
plan.json，获得批准后再检索，并保存 run.json、results.json、
verification.json、screening.csv、references.ris 和可选 graph.json。
WPIRONMAN 中转
WPIRONMAN 是可选的 OpenAI-compatible 模型入口，适合 workflow 的 plan、摘要级 screen 或规则整理；
它不是论文来源、数据库、引用验证器，也不替代 Crossref、PubMed、OpenAlex、Europe PMC 或 Semantic Scholar。
export ACADEMIC_SEARCH_LLM_BASE_URL=https://api.wpironman.top/v1
export ACADEMIC_SEARCH_LLM_API_KEY=你的中转密钥
export ACADEMIC_SEARCH_LLM_MODEL=你的模型名
export ACADEMIC_SEARCH_LLM_PROTOCOL=responses_http
默认只发送标题、摘要、标识符和获准元数据；全文必须显式设置 privacy.allow_full_text: true。
密钥不得进入日志、manifest 或 prompt artifact。中转超时、限流或返回坏 JSON 时，最多重试一次，
随后将模型步骤标记为 skipped，学术检索、核验和导出继续。
结果契约
每次成功的 search_papers 返回 search_run，至少保存 run_id、UTC 时间、请求参数、去重前后数量和
result_fingerprint。每条记录保留稳定 record_id、sources、source_records、conflicts、
citation_counts 和 citation_count_source。不得合成没有来源的“总引用数”。
统一 filters 支持日期、语言、作者、文献类型和强标识符；ranking 可设为 relevance 或 none。
相关性排序会写入 ranking_score、ranking_reasons 和 score_version，只表示检索相关性，不表示证据质量。
详细查询构建、来源分层、引用文件和工作流见：
证据规则
- 不编造元数据、摘要、引用次数、标识符、开放获取状态、全文结论或试验结果。
- 不把预印本描述为同行评审论文，不把 trial 注册描述为已发表研究。
- 不因为来源适配器存在就声称它本次已查询；以实际
sources_queried 为准。
- 不把引用数量、图谱度数或模型排序当作证据质量或因果证据。
