revise-sci

name	revise-sci
version	2.30.2
description	退稿/返修全管道，同时出逐条回复信+修改后正文docx+Patch修订。触发词：改稿、修改稿子、修订正文、退稿改进、返修、revise manuscript、major revision、minor revision、revise and resubmit、point-by-point response、revised manuscript。路由说明：与reviewer-response-sci区分，本技能同时改主稿+出回复包，后者只出回复不改稿；与gsw区分，gsw写新稿，本技能专处理已有稿子的审稿意见驱动修改。

Revise-Sci

Overview

Use this skill to turn reviewer comments, the original manuscript, SI, and attachments into two deliverables: a revised manuscript and a structured Response to Reviewers. Both come out in Markdown and Word.

The workflow is script-gated. Do not skip steps. Do not fabricate experiments, data, statistics, or references. The comment parser accepts both atomic comment-unit HTML and reviewer-simulator style report HTML with critique lists. The manuscript atomizer recognizes numbered section headings such as 1, 1.1, and 2.3.4 even when the source Word paragraph style is not a formal heading style.

开场监工卡（每次启动必打印，逐字给用户）

返修改稿最容易在这几处翻车，AI 会做但只有你能核对是不是真做到了。启动本技能时必须原样打印这张卡：

1. 拆意见别信 AI 说全了：拆完 AI 应给你一份意见清单，你拿原始审稿信数条数：有没有被合并成一条、有没有整条漏掉。数目对不上就是漏了。
2. 改原意要逐处盯：每一处改动，AI 应贴「原句 → 改后句」，你确认意思没变、没夹带你没同意的新结论。看不到对照就别放行。
3. 覆盖看对照表：交付前 AI 应给「意见 × 是否回复 × 是否改稿 × 结局」对照表。「改稿」列为空**但结局标 push_back（有意驳回不改）**的是正常的，不是漏；真正的漏是：某条既没回复、结局又不是 completed/push_back/需作者确认。分清「有意不改」和「漏改」。
4. 缺证据写"需作者确认"是正常的：AI 没有你的数据/实验时应写「需作者确认」等你补，这不是 bug，请你补齐，别当故障报错。
5. 门禁 PASS 只保形式：门禁只查格式/覆盖/红线这类机械项，改得对不对、说理通不通，得你自己核，别把 PASS 当"改对了"。

【Python 解释器探测·开工第一件事，一次探测全程沿用】 本文命令里写的 python3 / python 只是 macOS/Linux 的习惯写法，不是硬性要求。动手前先跑一次 python3 --version：

• 打印出正常版本号 → 本次会话所有命令照抄用 python3。
• 报 command not found、没有任何输出、或弹出应用商店 → 改跑 python --version，能出版本号就把后续所有命令里的解释器统一换成 python。注意 Windows 自带一个 0 字节的 python3 占位程序，python3 --version 弹商店或无输出就是撞上了它，不算有 python3，按"没有"处理（用户也可在 设置 → 应用 → 应用执行别名 里关掉 python3.exe）。
• 反过来 python 出不了版本号就换 python3（macOS 12.3 起系统不再自带 python）。
• 两个都出不了版本号 = 这台机器没装 Python，停下来告诉用户先安装，不要硬跑。
• 探测只做这一次，之后所有命令沿用同一个名字，不要每条命令都再试。

跨会话接续（每次开局先跑，与监工卡是两件事）

监工卡是「启动提醒」，接续报告是「续上上一会话的进度」。每次进入本技能、且 project_root 已存在时，先跑接续命令再动手：

python "<技能>/scripts/session_journal.py" resume --root <project_root>

env_preflight.py 会把这条打印为 RESUME_CMD（连同 LOG_CMD / CITATION_CHECK_CMD，均为解析好的绝对路径）。读完接续报告后，据它跟用户打接续握手：复述当前 phase、已处理的 comment、以及 decisions_log.md 里用户历次要求，问「我接着做 <下一步>，对吗？还是先插新要求？」等用户确认再继续。

用户在会话中途插入任何临时要求（改哪节、换策略、加/撤某条意见的处理方式）时，当场 log，后续会话必读必守：

python "<技能>/scripts/session_journal.py" log --root <project_root> --note "<用户要求原话>"

Mandatory Intake Before Any Full Pipeline Run

When the user provides a comments_path, a manuscript_docx_path, or both, do not jump straight into run_pipeline.py.

First, env precheck (soft gate, before any pipeline run): python scripts/env_preflight.py <project_root> --cli esearch --py docx; it writes env_status.json, and the last line prints PRECHECK: OK|ASK|BLOCKED. BLOCKED (Python too old) → stop and guide upgrade; ASK (missing optional tools like esearch/python-docx) → ask the user per tool whether to install, give guidance, continue only after the user answers installed/skip; OK → continue. Rollback uses state_manager.py snapshot + Patch-hash (no git checkpoints).

Always run:

python scripts/intake_router.py --comments <comments_path> --manuscript <manuscript_docx_path>

Before any substantive revise work, report to the user:

• which comments_input_mode was detected;
• which branch-specific workflow will be used next;
• that the workflow preserves the same atomicization, fragment-only rewrite, anti-AI polish, state-window, anti-forgetfulness, and hard-gate rules;
• then ask the user to confirm that routing decision together with the desired project_root / output path.

If the input does not match any supported branch:

• do not proceed silently;
• ask the user whether to map the input to an existing branch or create a new branch;
• any new branch must still preserve the same atomicization, fragment-only rewrite, anti-AI polish, state-window, anti-forgetfulness, and hard-gate rules.

If the user has no reviewer comments and only provides the manuscript:

1. run python scripts/intake_router.py --manuscript <manuscript_docx_path>;
2. ask whether to use reviewer-simulator first to generate reviewer comments;
3. check global availability using python scripts/ensure_global_skill.py --skill-name reviewer-simulator;
4. if the skill is missing and the user confirms installation, install it from your own skills backup repository (reviewer-simulator subdirectory) before invoking that branch.

Comment Input Modes

• docx-review-comments: ordinary reviewer comments exported from email or web into a .docx. The parser expects reviewer / major-minor / numbered-comment structure and keeps multiline comments inside one unit.
• docx-review-letter: ordinary decision-letter style .docx files where the structure is usually editor email -> Reviewer #N overall statement -> numbered comments. The parser now distinguishes editor statements, reviewer overall statements, and actionable numbered comments instead of collapsing them into a single comment stream.
• reviewer-simulator-html: HTML generated by reviewer-simulator. The parser reads critique-section / critique-list blocks and preserves comment_title, problem_description, evidence_anchor, root_cause, and author_strategy.
• reviewer-response-sci-html: HTML generated by reviewer-response-sci. The parser extracts the original reviewer comment plus seeded response_en/zh, original_excerpt, revised_excerpt, and revision_location, then feeds those seeds back into localization and response drafting.
• atomic-comment-html: already-atomic HTML with comment-unit nodes. Existing comment_id values are preserved.
• no-comments-manuscript-only: manuscript exists but reviewer comments are not provided yet. This is not a revise branch by itself; it is an intake state that must first ask whether to bootstrap comments via reviewer-simulator.

For docx-review-letter, the workflow must:

1. distinguish top-of-letter editor statements from numbered editor action items;
2. capture reviewer-level Overall statement / General assessment / Reviewer statement text as reviewer-summary seeds, not as the first numbered comment;
3. preserve those statement seeds into downstream response rendering so the exported response package can still show editor/reviewer context explicitly.

For reviewer-response-sci-html, do not trust the incoming response package at face value:

1. treat seeded response/revision content as structured hints rather than auto-approved final output;
2. prioritize seeded location/original-excerpt hints when localizing the target paragraph;
3. still rerun revise -> polish -> literature/reference checks -> strict_gate before delivery.

Required Inputs

• comments_path
• manuscript_docx_path
• project_root
• output_md_path
• output_docx_path

Optional but supported:

• si_docx_path
• attachments_dir_path
• reference_docx_path
• journal_style
• paper_search_results_path
• references_source_path
• expected_comments_mode
• context_token_budget
• context_tail_lines

Output Contract

Always produce:

• response_to_reviewers.md
• response_to_reviewers.docx
• revised manuscript markdown at output_md_path
• revised manuscript Word at output_docx_path
  • 默认 in-place 保原稿格式：当原稿是 .docx 时，改后稿基于原始 manuscript docx 编辑，未被改的段落、表格、图片、样式、对齐原样保留，只替换被点名改写的段落的文字，并按行内标记（*斜体*/**粗**/<sup>/<sub>）重建 run、继承原段落基础字体（font.name/size/eastAsia）。定位/身份对不上时 fail-closed 硬停：export_docx.py 退出码 3，把拒绝原因和两个选项（① 重跑加 --allow-rebuild-fallback 接受重排版本；② 修锚点后用未改动原稿重跑）显式打给用户，不再默认静默降级为 md 全量重建（那会丢原稿表格/图位/对齐并按期刊模板重排，用户却不知情）。只有显式传 --allow-rebuild-fallback（run_pipeline 同名 flag 透传）才回退 md 全量重建。原稿非 docx 或无原稿时正常走 md 全量重建（legacy fallback，非降级）。导出模式记录在 project_state.json 的 outputs.manuscript_export_mode（in-place / in-place-tracked / md-rebuild）。response_to_reviewers.docx 不受影响，维持现有固定样式脚本（含 eastAsia）。
  • 可选 --track-changes 词级修订痕迹（默认关闭，仅 in-place 生效）：改动段落按 original vs current 的词级 diff 写成带 Word 红蓝增删痕迹的 docx（<w:ins>/<w:del>，仅包住真正变化的词，行内斜体/上下标/粗体在痕迹两侧保留），导出模式记为 in-place-tracked。关闭时行为与原 clean in-place 完全一致。详见 Pipeline 段 export_docx.py 的 --track-changes 说明。
• precheck_report.md
• issue_matrix.md
• manuscript_edit_plan.md
• final_consistency_report.md
• data/literature_index.json
• data/revision_claims.json
• data/synthesis_matrix.json
• data/synthesis_matrix_audit.json
• data/reference_registry.json
• data/reference_coverage_audit.json
• figure_index.json / reference_index.json,反向抽取的图、参考交叉索引(每项含 cited_by 与 orphan_type)
• abbreviation_index.json,反向抽取的缩略语交叉索引(每项含 defined_count / used_count / orphan_type:undefined_use / duplicate_definition / title_abbreviation 为硬错,defined_unused 为软警告)

Pipeline

Run the scripts in this exact order:

python scripts/intake_router.py ...
python scripts/preflight.py ...
python scripts/atomize_comments.py ...
python scripts/atomize_manuscript.py ...   # 除切 section md 外,为每节写 figures 锚点(figure_id/caption/image_file/source);manifest 此时通常尚未生成,image_file 多为空,由 merge 阶段以 manifest 为准再解析
python scripts/manuscript_index.py --manuscript <manuscript_docx_path> --project-root <project_root> --units-dir units   # 反向抽取图/参考/缩略语交叉索引,辅助图文一致性、引用完整性与缩略语首展核查(产 abbreviation_index.json)。改稿合并后应对最终 output_md 重跑一次,使索引反映改后稿
python scripts/extract_docx_images.py --manuscript <manuscript_path> --project-root <project_root>   # 支持 docx 与 pdf,抠出内嵌图到 figures/,供最终返修 docx 嵌回(best-effort;pdf 需 PyMuPDF,缺失则优雅跳过;其他非 docx/pdf 输入自动 no-op)
python scripts/build_issue_matrix.py ...
python scripts/state_manager.py --project-root <project_root> refresh
python scripts/citation_guard.py ...   # if paper_search_results_path is provided
# 🔴 [意见清单核对·必停] atomize_comments 之后、revise_units 之前的强制关卡：见下方「## [意见清单核对·必停]（拆意见后、改写前的强制关卡）」。未经用户确认"条数对、无合并、无遗漏"，不得进入 revise_units。
python scripts/revise_units.py --project-root <project_root> [--paper-search-results <paper_search_validated.json>] [--comment-id <comment_id>]   # --comment-id 仅处理单条评论,用于迭代调试;默认全量
python scripts/build_literature_index.py --project-root <project_root> [--seed-index <writing_project_literature_index.json>]   # 不传 --seed-index：行为不变，从 global_id=1 重建库。传 --seed-index：复用撰写项目(gsw/review-writing)已有引文库作种子，**保留种子每条的既有 global_id**，本次返修新查到的文献按去重键(归一DOI>PMID>归一标题)与种子比对，命中种子的复用其编号不新增、真正新的从"种子最大 global_id + 1"续号追加，合并结果写 revise 自己的 data/literature_index.json。**只读种子、不写回撰写项目**(种子扩展语义)。种子读取兼容 gsw 松 schema(global_id/citation_number/id/number/ref_number 任一取号，都缺按数组顺序补号)与根级/data 下任意路径。
python scripts/matrix_manager.py bootstrap ...
python scripts/matrix_manager.py audit ...
python scripts/merge_manuscript.py --project-root <project_root> --output-md <output_md>   # md 全量重建(回退路径)时按各节 figures 锚点把图片 markdown 回填到对应节;fail-closed 防幻影删除:manifest 里有但未归到任何一节的图片全部回填到文末 "# Unplaced figures" 区并 stderr/JSON warn,绝不静默丢图。旧工程无 figures 字段则保持原纯文本拼接不变。注:in-place 导出路径不经此重建,图片在原稿内原样保留。图号→图片文件绑定走 ordinal_heuristic(zip 顺序≈阅读顺序,常不一致),故每次都输出一份「图号→图片文件」对照(stderr 醒目 banner + JSON `figure_map`,含 binding=atomize-prefilled/ordinal_heuristic/unresolved),一旦触发 md 重建回退,图按此绑定嵌入,必须人工核对是否错号错位
python scripts/reference_sync.py --project-root <project_root> --output-md <output_md>
python scripts/build_reference_registry.py --project-root <project_root> --output-md <output_md> [--references-source <ref_source>] [--reference-search-decision ask|approved|declined]
python scripts/export_docx.py --project-root <project_root> --output-md <output_md> --output-docx <output_docx> [--reference-docx <ref_docx>] [--manuscript-docx <original_manuscript_docx>] [--no-inplace] [--allow-rebuild-fallback] [--track-changes] [--author revise-sci] [--date <ISO8601>] [--journal-style journal-manuscript|nature-review|cell-press|lancet-review]
# 传 --manuscript-docx <原始稿.docx> 时改后稿默认 in-place 保原稿格式（仅替换被改段落）。定位/身份失败时**硬停退出码 3 并打印两个选项**，不再默认静默降级；显式加 --allow-rebuild-fallback 才回退 md 全量重建。--no-inplace 强制走 legacy 全量重建。run_pipeline 会在原稿为 .docx 时自动传入 --manuscript-docx（并透传 --allow-rebuild-fallback）。
# --track-changes（默认关闭）：in-place 导出时，改动段落不再整段重建成 clean 文本，而是对 original vs current 做**词级 diff**（英文按空白/标点切词、中文按单字切），生成带 Word 修订痕迹的 docx，删除词用 <w:del><w:delText>、新增词用 <w:ins><w:t>、替换=先删旧后插新；未变的词保持普通 run 不进痕迹。每处 ins/del 带唯一递增 w:id + w:author（--author，默认 revise-sci）+ w:date（--date，默认 datetime.now().isoformat()）。行内格式（*斜体*/**粗**/<sup>/<sub>）随词级 diff 完整保留在痕迹两侧。含内嵌图片的段落仍跳过（保图）。开关关闭时 clean in-place 行为**完全不变**。Word 里“接受全部修订”后正文==current，“拒绝全部修订”后==original。注意：python-docx 的 `.text` 不读 w:ins/w:del 内文，属正常现象（能正常打开），校验请用接受/拒绝后的文本或 docx 技能的 accept_changes.py。
python scripts/final_consistency_report.py ...
python scripts/numeric_candidates.py --manuscript <output_docx 或 output_md> --project-root <project_root>   # 数值一致性核查第1层确定性锚；三层(独立检测子代理+delegate_review反向验证+HALT)见下方"数值一致性核查"节。挂在 final_consistency 与 strict_gate 之间
python scripts/structure_outline.py --manuscript <output_docx 或 output_md> --project-root <project_root>   # 交叉引用核查(xref)第1层确定性锚(sections/figures/tables/items)；三层见下方"交叉引用核查"节。与 numeric 同源、numeric 之后
python scripts/methods_terms.py --manuscript <output_docx 或 output_md> --project-root <project_root>   # 方法学漏写核查(M)第1层弱锚(authority:weak_focus_map)；三层+实验稿门见下方"方法学漏写核查"节。综述稿(journal_style∈{nature-review,lancet-review})跳过 M
python scripts/strict_gate.py ...

数值一致性核查（三层·final_consistency 与 strict_gate 之间·HALT 交用户裁决）：数值矛盾天然跨摘要/结果/表，必须返修后全文成形后跑。读返修后的 output_docx（in-place 保格式，docx 表格 walk 头号用例，numeric_candidates.py 已额外遍历 doc.tables 抽单元格值 location.source=="table"）或 output_md。

• ① 第 1 层确定性锚：上面 numeric_candidates.py 已产 <project_root>/numeric_candidates.json。

• ② 第 2 层独立检测子代理（非作者自检·I2）：派一个 fresh context、没参与返修的独立检测子代理（TaskCreate/spawn_task），只喂 numeric_candidates.json + 返修全文，不给返修过程上下文/作者意图（防继承确认偏误，否则漏看的真矛盾第 3 层永远看不到→系统性假阴）。子代理产出零容差二元 schema [{"metric","same_measurement":bool,"values":[{"id","raw","location":{"region","para_index"}}],"conflict":bool,"evidence_quote","finding"}]（无 tolerance_state、无 severity）：先判是否同一指标/对象/分组/时间点/单位（跨措辞语义归一、跨单位如 μM vs nM 由 LLM 换算判），仅对同一测量判是否完全相等，same_measurement==true && 非完全相等 → conflict=true；不同剂量组/时间点/亚组/单位的正常差异不报。样本量 n 跨位置核对：核对同一实验/同一组的样本重复数 n（metric_clue=="样本量"）是否跨方法学 / 图注 / 结果与讨论三处一致；防假阳：不同图/不同实验的 n 本可合理不同，只有多处 n 明确指向同一实验、同一组样本时其不一致才报 conflict，无法确认的按 same_measurement=false 不报（拿不准交人工）。降级：派不出真正独立子代理时不得自问自答冒充，标注"数值一致性未经独立检测"交用户人肉核。

• ③ 第 3 层反向验证：每条 conflict==true 过 delegate_review.py（不改它，只 pack/verify，gate=numeric-verify，checklist 内自由 key，不查 gate_registry）。⚠️ revise 的 delegate_review.py 是 fork（md5 ≠ base）——pack/verify 与 fail-closed 行为须对 fork 实测，不假设 base 行为。 动态合成 <project_root>/numeric_verify_checklist.json：item 只放两处 raw/location/metric + 核验所需原文切片（绝不放子代理 finding/reasoning），默认硬项（不标 "severity":"soft"）；≥3 值的组拆成两两配对的多个 item（id num-<组>-<配对序>，任一配对 pass → 该组整体保留、全部 fail → 剔除）。🔴 check 逐字用零容差极性模板（禁占位符、禁自由发挥）：

  "到给你的原稿全文里独立核实：{locA} 处的值『{valA}』与 {locB} 处的值『{valB}』，两者据称都是指标『{metric}』的测量结果。请逐字回源确认两点——(1) 两处是否确指同一指标、同一测量对象、同一分组、同一时间点、同一单位（即本就应当相等；跨单位如 μM vs nM，请换算到同一单位后再判是否本应相等）？请到原文找出各自邻近的分组/剂量/时间点/亚组/单位线索比对。(2) 若确为同一测量，两值是否非完全相等（零容差：只要不是完全相同的数值即算不等，含末位舍入差异如 58% vs 58.3%）？只有『同一测量且非完全相等』才判 pass（矛盾属实，保留交人工裁决）；只要发现两者其实是不同分组/不同时间点/不同亚组/不同单位（正常差异），或换算后完全相等，一律判 fail（非矛盾，剔除）。 evidence 必填：逐字引出 A、B 两处原文句及各自的分组/时间点/单位线索。"

交叉引用核查（xref，三层·numeric 之后·strict_gate 之前·HALT 交用户裁决）：改稿最爱动图/节/表编号（删段、并段、重排），"见图5/见3.3节"指向对不对是返修高发坑；必须返修后全文成形、编号冻结后跑（与 numeric 同挂点、同源）。读返修后的 output_docx（in-place 保格式）或 output_md。revise 对交叉引用一致性零覆盖，纯新增能力。

• ① 第 1 层确定性锚：上面 structure_outline.py --manuscript <output_docx 或 output_md> --project-root <project_root> 已产 <project_root>/outline.json（稿中真实存在的全部 sections/figures/tables/items）。脚本零改造、docx 读取现役已具备（走 manuscript_index.read_manuscript_paragraphs 抽 docx 段落，含 Heading 样式认小节）。JSON 落 <project_root> 根，不进托管 glob。

• ② 第 2 层独立检测子代理（非作者自检·I2）：派一个 fresh context、没参与返修的独立检测子代理（TaskCreate/spawn_task），只喂 outline.json + 返修全文，不给返修过程上下文/作者意图（防继承确认偏误→系统性假阴）。逐条指向型表述（见 3.1/如前文 4.1.2 所述/见图3/见表2/见(2)）对着 outline.json（唯一权威真值，不凭记忆假设稿子有某小节，拿不准标 uncertain）判存在性（missing_target）与语义对应（semantic_mismatch）。产出 schema [{"ref_id","citing_location","cited_target","issue_type":"missing_target|semantic_mismatch|uncertain","evidence_quote","outline_says","finding","severity"}]（severity 仅信息字段，HALT 不按它路由）。🔴 补充材料护栏：S 前缀编号（Figure S1/Table S3/见图 S22/Supplementary Fig. 5）一律强制 skip 丢弃（不产 finding、绝不标 uncertain、绝不报 missing_target、绝不送第 3 层——否则补充材料图注天然不在正文稿，第 3 层"连定义处都找不到→pass=confirmed"会把整份补充材料 S1–Sn 批量假报为悬空引用、假阳 HALT）。降级：派不出真正独立子代理时不得自问自答冒充，标注"交叉引用未经独立检测"交用户人肉核。

• ③ 第 3 层反向验证：每条发现过 delegate_review.py（不改它，只 pack/verify，gate=xref-verify，checklist 内自由 key，不查 gate_registry）。⚠️ revise 的 delegate_review.py 是 fork（md5 ≠ base）——但 D1 numeric-verify 已在这份 fork 上实测 pack/verify + 退出码陷阱 + fail-closed 全通；xref 复用同一 fork、同一 gate 机制，pack/verify 一律不传 --comments（那是 RR 专用可选 arg，不传则 pack 行为等同 base）。 动态合成 <project_root>/xref_verify_checklist.json（{"skill":"revise-sci","gates":{"xref-verify":{"title":"交叉引用一致性·反向验证","items":[{"id","name","check"}]}}}）：item 只放 +++核验所需原文切片（），默认硬项。：/ 的 item 给（让核验人独立回源检索该编号定义存否，反查第 1 层漏抽真小节造成的假 missing_target）； 的 item 给引用处上下文切片 + outline 里该编号标题/caption。：

方法学漏写核查（M，三层·实验稿门·xref 之后·strict_gate 之前·HALT 交用户裁决）："结果做了某实验、方法学没交代"是审稿高频硬伤；revise 是改已有稿、不像 gsw 那样系统重建 Methods，M 在 revise 补的是一整块空白。读返修后的 output_docx（in-place 保格式，methods_terms 已自带 _read_docx_table_cells 遍历 docx 表格单元格）或 output_md。

• 🔴 实验稿门（M 节开头必判，判据可读可测）：读 <project_root>/project_state.json 的 inputs.journal_style（由 preflight.py/export_docx.py 写入、strict_gate.py 已校验合法，本挂点在 export 之后 → 字段必就绪）。

  • journal_style ∈ {"nature-review","lancet-review"} → 整个 M 节 skip，向用户打印"综述稿跳过方法学漏写核查"，直接进 strict_gate.py（xref 照跑、不受此门影响）。
  • journal_style ∈ {"journal-manuscript","cell-press"} → 跑 M（原始研究/Cell 系一次研究，有实验方法学）。
  • 字段缺失/非法（理论上 strict_gate 已挡）→ 保守跑 M（宁多跑不漏，第 3 层兜假阳）。

• ① 第 1 层弱锚：上面 methods_terms.py --manuscript <output_docx 或 output_md> --project-root <project_root> 已产 <project_root>/methods_terms.json（authority:"weak_focus_map"，method_hits/methods_sections）。弱锚缺失/损坏降级：methods_terms.py 若 exit 2 或 JSON 缺失/损坏，第 2 层降级为纯全文语义跑（它本就不依赖弱锚），不得静默失效。JSON 落 <project_root> 根。

• ② 第 2 层独立检测子代理（非作者自检·I2）：派 fresh context、没参与返修的独立检测子代理，只喂 methods_terms.json + 返修全文，不给返修过程上下文。读结果/讨论 + 方法学 + 弱锚，判每个本研究用到的实验方法方法学章节有没有交代，报 methods_missing。关键约束（逐条写进 prompt）：① 弱锚非穷尽、须自行语义补词典外方法（含隐含如"散点图门控"→流式）；② 只判本研究做的（头号假阳防线）——引用他人研究（previous studies used…）/未来工作计划（plan to/would/future work）/背景泛提一律不报，判据=人称时态 + 区段 + has_figure_adjacent + 语义；③ "交代了"从宽三选一（方法学出现方法名 / 主文指向补充材料 / 方法学引用文献描述该方法，任一即 methods_section_covers=true）。产出 schema [{"method","used_in_study":bool,"methods_section_covers":bool,"methods_missing":bool,"evidence_quote","finding"}]，判据 used_in_study==true && methods_section_covers==false → methods_missing=true。下游路由：methods_missing==true → 第 3 层；used_in_study==false 或 methods_section_covers==true → 丢弃。已知局限（明写交代用户）：仅核主文、不读补充材料文件——方法完全下沉补充材料且主文连"见补充材料"都没提的漏报核不出。降级：派不出真正独立子代理时不得自问自答冒充，标注"方法学一致性未经独立检测"交用户人肉核。

• ③ 第 3 层反向验证：每条 过 （，gate=，checklist 内自由 key，不查 gate_registry，不传 ，fork 行为等同 base、见 xref ③）。动态合成 （，gate=）：item 只放 + 结果处命中句（弱锚 或第 2 层 evidence）+ 核验所需切片（），默认硬项， 给。：

Or use the single entrypoint:

python scripts/run_pipeline.py --comments <comments_path> --manuscript <manuscript_docx_path> --project-root <project_root> --output-md <output_md_path> --output-docx <output_docx_path> [--journal-style journal-manuscript|nature-review|cell-press|lancet-review] [--expected-comments-mode <comments_input_mode>] [--context-token-budget 4200] [--context-tail-lines 80] [--paper-search-results <paper_search_results_path>] [--resume] [--resume-from <step>] [--resume-keep-unaffected] [--force-rebuild] [--allow-rebuild-fallback]

--expected-comments-mode is strongly recommended after the user confirms the branch chosen by intake_router.py. preflight.py will block execution if the confirmed mode and the detected mode do not match.

round22 一键 pipeline 状态机（可恢复人工/独立闸口，机器强制）

run_pipeline.py 自带 project_state.json.pipeline_gate（schema_version=1 + epoch）状态机，把上面「意见清单核对·必停」「通读定策略」「三层核查」「DoD 停」从纪律变成机器强制。退出码写死：0=complete、1=执行/检查失败、2=坏参数/非法转换/坏回执、3=预期人工/独立动作暂停（停点打印 PIPELINE_PAUSED phase=<phase>）。

• 首跑：原子化完成后生成 audit/comment_inventory.json（reviewer+comment_id+原意见规范空白文本，含 comments_source_sha256 与自摘要 inventory_sha256）即停 awaiting_comment_confirmation，不调用 revise_units。用户核对清单后 --resume --confirm-comment-inventory <inventory_sha256> 确认（摘要绑定内容，路径相同不等于内容相同）。
• 策略门：确认后每个 unit 必须先填四选一 revision_strategy（canonical 闭集 comply/partial/push_back/needs_data，别名 驳回/reject/pushback 归一到 push_back），缺失/非法停 awaiting_revision_strategies，不改稿。
• 三层独立核查：final consistency 后固定顺序跑 numeric→xref→Methods 锚（综述 nature-review/lancet-review 的 Methods 记 na+理由），生成 audit/detection_task.json（绑定 epoch/delivery/audit manifest，task_manifest_sha256 自摘要）停 awaiting_audit_detection。独立检测子代理写 audit/detection_{numeric,xref,methods}.json（round22 envelope，须回传 task hash）；普通 --resume 自动校验（缺轨/坏 schema/hash 不符/空证据 rc=2）。有真 finding 才生成 reverse 任务（pipeline 按 canonical item 生成稳定 finding ID <track>-<sha256前12位>），返回写 .review_return_{numeric,xref,methods}-verify.json（envelope），极性 pass=confirmed / fail|na=refuted / problems=未核 rc=2；受理后原子写 .pipeline_receipts/audit_reverse.json。有 confirmed 时用户在 audit/adjudication.json 逐条 fix|accept_with_rationale，--resume --confirm-audit-adjudication <audit_manifest_sha256> 受理：fix 要求交付物已实际变化并开新 epoch 从 detection 重跑；accept 要求理由非空且 manifest 未漂移。
• DoD 解环：进入 DoD 前 pipeline 自跑 strict_gate.py --preclose（只输出 STRICT_PRECLOSE: PASS，绝不冒充 final）；DoD JSON 里的 strict_gate 命令也全部带 --preclose。独立 DoD 返回写 .review_return_revision-dod.json（envelope），普通 --resume 走本地 delegate_review.py verify --expect-task-manifest 验证并原子写 .pipeline_receipts/revision_dod.json，随后停 awaiting_dod_user_confirmation 展示逐项裁决。唯一收口出口是 --resume --confirm-dod-closure <dod_manifest_sha256>：写 .pipeline_receipts/dod_closure.json 后才运行最终 bare strict_gate.py（成功唯一字面量 STRICT_GATE: PASS），pipeline 才 rc=0。
• 失效规则：审稿信/inventory/策略等上游内容变化一律 epoch+1，旧确认与全部下游 receipt 逻辑失效并回到对应早期停点； 同样提升 epoch。bare gate 自行核 skill signature 与 closure 链（缺 默认 rc=2；pre-round22 旧项目仅 + 精确 allowlist signature 可降级运行）。

[意见清单核对·必停]（拆意见后、改写前的强制关卡）

位置：atomize_comments.py 拆完审稿意见之后、revise_units.py 开始改写之前。这是流程内部的硬关卡，与开场监工卡不同：监工卡是启动时提醒，这一步是拆完意见后的当场核对。

拆完审稿意见后，立即停下，把每条 comment_id + 该条前 30 字列成清单打给用户，并原样问：

「请拿原始审稿信对照数一遍，条数对不对？有没有哪条被合并成一条、或整段漏掉？（尤其审稿人用连续散文、(i)(ii)、罗马数字、或一段里塞多个要求时最容易漏）」

用户确认"都在、没漏"后才继续改写。用户指出漏掉或被合并的，回去把它补成独立 comment（补进 units/、重新原子化）后再继续，不得跳过这一步直接跑 revise_units.py。

[通读定策略·前置阶段]（清单核对通过后、逐条改写前）

真人返修的第一件事不是逐条动手，而是先把所有意见通读一遍、定下每条的应对策略。这里也一样：意见清单核对通过后、revise_units.py 开始逐条改写之前，先做一轮 triage，不要从 atomize 直接跳到逐条改。

对每条 comment 定四选一的策略，并写进该 unit 的 revision_strategy 字段（units/*.json）：

策略	revision_strategy 值	含义	结局
照做	comply	认可意见，按要求改正文	走正常改写 → completed / needs_author_confirmation
部分让	partial	部分采纳，改一部分并说明取舍	正常改写 + 回复信说明界限
驳回	push_back（或 驳回/reject）	不采纳、正文不动，在回复信据理反驳	一等结局 push_back（见下节）
补数据	needs_data	需新增实验/数据/图，当前材料不足	落 needs_author_confirmation，等作者补

硬规则：revise_units.py 逐条改写前，每条 unit 的 revision_strategy 必须先填（该字段已存在也要强制先确认/覆盖，不能留空跳过）。通读定策略是本阶段的产出，把结论落到字段里再进逐条改写。

[驳回/不改] 是一等合法结局（不是漏改）

除 completed / needs_author_confirmation 外，新增第三个合法结局 push_back：认定某条意见不应采纳，正文一个字不动，只在回复信里据理反驳。这是真实返修的常态（审稿人误解、超范围要求、与本文定位冲突等），不是缺陷。

• 怎么触发：该 unit 的 revision_strategy 设为 push_back（或 驳回/reject 等，见上表）。revise_units.py 即把该条 status 置为 push_back：正文不改、revised_excerpt 记为「N/A — manuscript unchanged」、回复信生成据理反驳的中英回应。反驳理由填 unit 的 push_back_rationale_zh / push_back_rationale_en（不填则回复信留占位提示作者补）。
• 覆盖判定别误报：issue_matrix.md 的「修改动作」列会显示「不改（驳回）」、状态列显示 push_back；监工卡第 3 条的对照表里，某条「改稿」列为空但结局是 push_back 的，是「有意不改」，不得判成「漏改」。判漏改的唯一标准是：status 既非 completed、又非 push_back、又非 needs_author_confirmation，或该 comment_id 在回复信里根本没有回应。
• 不阻断交付：push_back 是已决结局，delivery_status 只被 needs_author_confirmation 卡；push_back 计入 project_state.json 的 counts.push_back，不进待办。
• 红线仍在：驳回≠可以不回应。回复信里该条必须有据理反驳的 response（中英），否则仍算漏回。

[合并意见] 允许多条相关意见协调回应

原子架构默认每条意见一个密封 state window，但相关意见（同一处、同一诉求的不同侧面）应允许合并成一处协调回应 + 交叉引用，而不是各写各的、自相矛盾。

• 最小用法：给相关的几条 unit 设同一个 merge_group（任意稳定 id，如 MG-limitations），并指定其中一条为 merge_lead（主回应所在的 comment_id）。主条写完整协调回应；其余成员条的 response 里交叉引用主条（如「详见 R2.3 的统一回应」/ "see our unified response to R2.3"），不重复长篇。
• 窗口不封死：state/comment_windows/<id>.json 会带上 merge_group / merge_lead，据此从 comment_registry.json 找到同组兄弟条一起看，避免协同时上下文被切断。
• 不拆原子架构：合并只是「分组 + 交叉引用」，每条仍是独立 unit、独立 comment_id、独立覆盖核验，绝不把多条塞进一条。

Anti-Forgetfulness And Token-Budget Protocol

revise-sci does not load the entire manuscript and all comments into one context window. It uses the same approach as article-writing, review-writing, and sci2doc, adapted for revise work:

1. Intake-first routing: route the comment source first, then lock the branch before loading anything large.
2. Section-paragraph atomicization: only the target section and target paragraph are used for rewrite scope.
3. Comment-scoped state windows: every processed comment_id gets its own context package under state/comment_windows/<comment_id>.json.
4. Section digests, not full reloads: cross-section consistency uses state/section_digests.json, which stores only headings, paragraph counts, and key sentences, rather than full section text.
5. Token budget compaction: state_manager.py write-cycle estimates token load and compacts related digests / reviewer context / neighboring paragraphs if the bundle exceeds the configured budget.
6. Cycle log persistence: every revise action appends to state/comment_cycle_log.json and state/comment_memory/<comment_id>.md, so a future agent does not need to reconstruct local history from scratch.
7. Snapshot safety: state_manager.py snapshot writes state snapshots so runs can be resumed with smaller context and lower drift risk.

Recommended per-comment loading command:

python scripts/state_manager.py --project-root <project_root> write-cycle --comment-id <comment_id> --token-budget 4200 --tail-lines 80 --json-summary

This command is the revise-sci equivalent of the section-scoped state loading in article-writing, review-writing, and sci2doc. It is the preferred context entry before any manual or AI-assisted change to a specific comment-linked paragraph.

Patch 修订协议（可选的确定性修订路径）

This is an optional, additive deterministic path for applying scope-locked edits. It does not replace the atomize -> issue-matrix -> revise_units -> strict_gate flow. Use it when you need a hard guarantee that only the touched blocks can change and every other block stays byte-for-byte identical, rather than having the model regenerate whole sections (the main source of scope creep and drift).

Protocol (four phases):

1. anchorize: split the target draft into blank-line blocks, assign each a stable anchor id (block-NNNN-<hash8>), and write a block manifest (anchor -> exact original bytes + sha256 + byte offsets):

   python scripts/anchorize_draft.py --draft <draft.md> --manifest <project_root>/block_manifest.json
   

2. patch: for each reviewer comment that needs a block changed, author a patch entry {anchor_id, expected_hash, new_content} where expected_hash is the block's sha256 from the manifest. Patch only the blocks that must change; never touch other anchors. The patch file is a JSON array of such entries.
3. apply (deterministic, fail-closed): locate each block by anchor id, verify its current sha256 equals the patch's expected_hash, then splice only the patched byte-spans:

   python scripts/apply_revision_patch.py --manifest <block_manifest.json> --patch <patch.json> --output <revised.md>
   

   If any entry's hash does not match (the block already changed) or the source draft drifted since anchorize, the whole patch set is rejected, nothing is written, and the script exits non-zero. There is no silent partial apply.
4. finalizer: apply_revision_patch.py reassembles the full draft from the original source, copying every unpatched byte verbatim (blocks, separators, and trailing-newline state preserved). Feed <revised.md> back into the normal polish -> literature/reference checks -> strict_gate flow before delivery.

Rules:

• The patch path is fail-closed: a hash mismatch or source drift must abort and write nothing; never coerce or auto-relocate a patch onto a changed block.
• The patch path is an increment on top of the existing pipeline, not a replacement: atomize_comments.py, build_issue_matrix.py, the state-window protocol, and strict_gate.py all still apply to the resulting draft.

缩略语首展一致性(Abbreviation Consistency)

改稿最易破坏缩略语一致性:改某句时删掉了首展、在首展之前的位置裸用 ABBR、或新增术语未首展。规则:

• 首展格式:英文 Full Name (ABBR);中文正文 中文全称（English Full Name, ABBR）。同一缩写全文只首展一次,之后裸用 ABBR,不重复展开。
• Title 禁缩写(DNA/RNA/PCR 等通用词除外);Abstract 独立,即使正文已定义,Abstract 内首次出现仍应重新展开。
• 改稿守则:替换/删除句子时若该句承载某缩写的唯一首展,须把首展移到改后稿中该缩写的新首现处;新引入的术语必须在首现处首展。
• 核查:manuscript_index.py 对改后稿产 abbreviation_index.json。undefined_use(裸用未定义)/duplicate_definition(重复首展)/title_abbreviation(Title 含缩写)为硬错须修;defined_unused(定义后未再用)为软警告,人工取舍。通用缩写见脚本 UNIVERSAL_ABBREVIATIONS 白名单,自动跳过。索引为启发式辅助,可疑项人工复核。

Response Format

response_to_reviewers must use this hierarchy:

• # 回复审稿人的邮件
• optional ## Editor Statement when the decision letter contains editor-only overall instructions but no numbered editor comments
• optional # Editor when there are numbered editorial action items
• # Reviewer #N
• ## Major / Minor
• ### Comment k

Each comment must contain:

1. 审稿意见与中文理解
2. Response to Reviewer（中英对照）
3. 可能需要修改的正文/附件内容（中英对照）
4. 修改说明（中文）
5. Evidence Attachments

Rules

• Missing information must be written as Not provided by user or 需作者确认.
• If a reviewer asks for new literature, only paper-search is allowed as the external provider family.
• paper_search_results_path may be used to ingest confirmed paper-search results into citation-oriented comment handling.
• paper_search_results_path is not trusted directly. It must first pass citation_guard.py, which performs dual verification using provider trace and identifier/title consistency evidence before citations can auto-complete a comment.
• 新增文献真实性双验（B②，不许 --offline 交付）：审稿要求补新文献时，全部新引文献必须过 citation_guard.py 的 在线真实性双验（DOI/PMID 解析、撤稿检测、逐源标题一致性）。有已 completed 的 citation 类意见时，strict_gate.py 会读 paper_search_guard_report.json：summary.online_check 非 true（即用 --offline 或没加 --live 跑的）或 all_rows_guard_verified 非 true，一律 fail-close。交付前必须 python scripts/citation_guard.py --live ... 重跑，不许 --offline 跳过。
  • 已知限制（诊断提示在本技能里看不到，但请求照打）：--live 跑时，对每条没验过、带 DOI/PMID、标题≥3 个词的文献，底层核验会额外拿标题上网回查一次，本可给出「这条的 DOI/PMID 可能填错了，线上同名文章是这个」之类的提示；但本技能的 verification_details 只保留固定字段，这些提示会被直接丢掉——请求照打、结果照扔，白花一次网络往返和限流额度。判定结果完全不受影响（guard_verified / 撤稿 / fail-close 一条都不会变），只是新引文献多时 --live 那一趟会慢些。所以验不过的条目直接看 verification_details.failure_reasons 排查，别等诊断提示。注意这条省不掉：交付必须 --live，不能为了少打请求改用 --offline。
• 新引文献↔它支撑的回复论点，须过引文核证（B④）：真实性通过只说明该文献存在，不说明它真支撑你借它下的结论。对每条「新引文献 → 它在回复信/正文里支撑的论点句」，用该文献检索到的真实 abstract 判支撑度，落 claim_evidence.json（每条含 claim_sentence / is_load_bearing / ref_id / retrieved_abstract / verdict∈support/weak/contradict/unknown / user_confirmed），再跑共享 citation_claim_check.py（CITATION_CHECK_CMD）。跨批复用由脚本自动完成，AI 不必手动记账。脚本在核证前从项目根 ref_evidence_cache.json 自动回填缺失字段，核证后强制落盘。已在别处验过 abstract 的文献，本批该行 retrieved_abstract 可留空，脚本按 回填。同一篇文献且完全同一论点句此前已人工确认过的，脚本自动复用其 与 ，不再重复反向验证与逐条确认。只有新的 (文献, 论点) 组合才需要你补 abstract、判支撑度并逐条人工确认。门禁强度不变，承重句被判 /、缺 abstract、或 support/weak 但未确认一律硬拦，新 (文献, 论点) 无 verdict 仍 fail-close。同一篇文献换去支撑另一句论点，不复用旧确认，须独立判定。有 citation 意见时， 复用共享 核验 ，文件缺失或任一承重句阻断即 fail-close。abstract 的检索走工作流subagent（本脚本不含 MCP）。

Character-level typography contract（字符级排版契约）

Applies to all newly written or rewritten content (revised fragments, new sentences, response-letter prose). These inline markers are rendered into real Word character formatting by scripts/export_docx.py (bold/italic/superscript/subscript runs). This contract governs the markers you emit when authoring new text. Reading the original docx now preserves run-level formatting too: read_docx_paragraphs(..., inline_format=True)（仅 atomize_manuscript.py 开启）把原稿 run 的 italic/bold/sup/sub 序列化成同一套行内标记进 section text/current_text，所以未改片段的原格式经 revise→export 往返不丢；被改片段也按同一套标记在 in-place 写出时重建 run。默认读取器仍为纯文本（inline_format=False），数值/引用/AI 风格红线比对不受标记污染。

• Italic via *...* for: species Latin names (*E. coli*, *Staphylococcus aureus*), gene names (*TP53*, *BRCA1*), single-letter statistical symbols (*p*, *t*, *n*, *F*, *r*), and Latin abbreviations (*in vitro*, *in vivo*, *et al.*, *e.g.*, *i.e.*).
• Superscript via <sup>...</sup>: exponents and powers (10<sup>6</sup>, cm<sup>2</sup>, mg·kg<sup>-1</sup>). Subscript via <sub>...</sub>: chemical subscripts and indexed terms (H<sub>2</sub>O, CO<sub>2</sub>, IC<sub>50</sub>, T<sub>max</sub>). Never emit bare H2O / CO2 / IC50.
• Bold via **...** only for headings and inline labels (e.g. **Limitations.**), never for emphasis inside running scientific prose.
• 中文回复部分：句内标点全角（，。：；），英文与数字保持半角，中英文之间不强制空格但须一致。

These inline markers are load-bearing and carry the same status as citation markers [n]: when rewriting a locked fragment, do not add, drop, or mis-pair them. Adding */<sup>/<sub> where the source had none, or stripping existing ones, is a meaning/format drift and is subject to the same fragment-only and scope-lock rules as [n].

❌ 反例黑名单（Anti-Patterns）

• ❌ 跳过 intake_router.py 直接跑 run_pipeline.py，或输入源未分类／不支持仍硬跑（preflight 须 fail-fast，不得猜分支）。
• ❌ 重写整段而非只改目标句或只追加新句（fragment-only，revise_units.py 只动 revision_plan 锁定的片段）。
• ❌ 把全文加全部意见塞进一个上下文窗，违反防遗忘 token 预算，须用 comment-scoped state window 逐条加载。
• ❌ 虚构实验、数据、统计或引用来回应意见；缺信息须写 Not provided by user 或 需作者确认。
• ❌ 用 websearch／tavily／openalex 补文献；只允许 paper-search，且新引用须过 citation_guard 双向核验。
• ❌ 段落定位模糊却硬选一个段落；多候选评分相近时须落 needs_author_confirmation，不得激进选段。
• ❌ 把实质性请求（新机制／新证据／新图／未匹配章节）当 completed 自动收口；只有保守的纯文本澄清或限制句可 auto-complete。
• ❌ Patch 修订哈希不符仍强行套用或自动重定位（fail-closed，整批拒绝、写空、退非零，不静默部分应用）。
• ❌ 去 AI 主干未过（硬）：scare quotes、解释性冒号、套话禁词、-ing 假分析从句、装饰性破折号（🔴 硬门禁，禁止使用，命中即 FAIL）。（仅英文 >30 词为软提示：上报不阻断，但仍应改。）
• ❌ 主 agent 自评 DoD 当通过；strict_gate.py 前须委托独立subagent盲检，verify 未 exit 0 不得声明改稿完成；盲检过后仍须摆逐项结论 + HALT 等用户确认才收口。
• ❌ 把「有意驳回不改（push_back）」误判成「漏改」，或反过来把真漏改的意见混进 push_back 蒙混；驳回必须在回复信据理反驳，正文不动但回应不能缺。
• ❌ 退稿信漏回某条意见，或某 completed comment_id 在 manuscript_edit_plan.md 中无 revised_excerpt 落点（push_back/需作者确认 不要求 revised_excerpt）。
• ❌ 补新文献只验真实性（DOI/PMID）就下笔，跳过「引文↔论点」核证；或用 --offline 跑 citation_guard 就交付（承重句须过 citation_claim_check.py，guard 须 --live）。
• ❌ 引文 [n] 与参考列表不对应、缺号或编号不连续就交付（reference_coverage_audit.json 须 ok=true）。
• ❌ --resume 时输入指纹或脚本签名已变仍信任旧产物，而非 fail-fast 重建。
• ❌ 改稿删/换句子时丢失某缩写的唯一首展、在首展前裸用 ABBR、新增术语不首展，或 Title 出现缩写（abbreviation_index.json 的 undefined_use / duplicate_definition / title_abbreviation 硬错须清零）。
• ❌ 改写锁定片段时增删或错配行内排版标记（*italic* / <sup> / <sub> / **bold**），等同于篡改引文标记 [n]；裸写 H2O/CO2/IC50 或漏给物种名、基因名、统计符号加斜体。

Definition-of-Done (DoD) 自检清单（改稿收口）

位置：polish 完成后、strict_gate.py 运行前。硬规则：清单未逐项确认通过，不得向用户声明"改稿完成"。

🔴 委托盲检（不得主 agent 自评）：改稿完成后自评容易默认通过且漏项。strict_gate.py 运行前必须把 DoD 清单委托给独立上下文的subagent盲检，不得自己直接打勾：

1. 生成任务包：python scripts/delegate_review.py pack --checklist references/dod_checklist.json --gate revision-dod --files <改稿相关文件> --comments <comments_path>（--comments 传本次审稿信原文，盲检子代理据原信逐条点名核对漏回/答非所问；同一 comments_path 与 run_pipeline.py --comments 一致）
2. 派一个独立subagent（Claude Code 用 academic-blind-reviewer；其他平台派通用subagent），把任务包原样给它、不要给它本次改稿的写作上下文，要求按任务包返回 JSON 数组。
3. 校验返回：python scripts/delegate_review.py verify --checklist references/dod_checklist.json --gate revision-dod --return <subagent返回.json>；退出码非 0（任一缺项/fail/无证据）= fail-closed，据subagent证据修复后重跑，未过不得声明改稿完成。

⚠️ 盲检降级告警：若当前环境派不出真正独立的subagent（非 Claude Code 客户端、provider 不支持 Task/子会话），绝不能用同一个 AI 自问自答冒充盲检（那就是自证）。此时明确告诉用户：「本环境盲检不可靠，请你亲自复核这几点：（列出该盲检本应查的关键点，如 RV-G1 引文↔参考一一对应、RV-G3 改动是否跑题、RV-G5 去AI五项、RV-G7 缩略语首展、RV-G8 常识/事实错误等）」，把判断权交回用户，不得伪造一份"通过"的盲检返回。

下列清单与 references/dod_checklist.json 逐项对应（改清单先改 JSON，再同步此处散文）；能脚本核的项subagent会先跑脚本：

通用 8 项（id: RV-G1 ~ RV-G8）

id	项目	核验方式
RV-G1	引文 [n] ↔ 参考列表一一对应，无孤儿引用、无缺号，编号连续	python scripts/build_reference_registry.py → data/reference_coverage_audit.json ok=true
RV-G2	本轮新增引用已过 citation_guard 双重核验	python scripts/citation_guard.py → ok=true，无 manual_review 条目
RV-G3	改动符合原文 storyline / 主线（不跑题，不与原文主线矛盾）	人工对照 issue_matrix.md 逐段核查（无脚本可自动核验）
RV-G4	占位符清零：无 CITE_PENDING / DATA_PENDING / 【待AI】 / {{ 残留	grep -r "CITE_PENDING|DATA_PENDING|待AI|{{" <project_root>/ 零命中
RV-G5	去 AI 五项（破折号/scare quotes/解释性冒号/英文≤30词/-ing从句/中文≤50字≤2层从句）通过	python scripts/strict_gate.py --project-root <project_root> → ai_style_flags_removed 无残留；句长警告记录于 notes
RV-G6	字数达标（改动前后正文字数在期刊要求范围内）	人工或期刊要求核对
RV-G7	缩略语首展一致：abbreviation_index.json 无 undefined_use / duplicate_definition / title_abbreviation 硬错；改稿未破坏既有首展，Title 不含缩写（defined_unused 为软警告可人工豁免）	python scripts/manuscript_index.py --manuscript <output_md> --project-root <project_root> 后读 abbreviation_index.json，硬错 orphan 零命中（启发式索引，可疑项人工复核）
RV-G8	Commonsense sanity (🟡 soft report, non-blocking): the blind-review subagent also scans rewritten fragments for obvious commonsense/factual errors (absurd unit magnitudes, physiology/mechanism mistakes, internal numeric contradictions) introduced by the rewrite. Report only, never block delivery, never auto-edit content. Distinct from the citation/reference verification gates (RV-G1/RV-G2) and from reviewer-simulator's full scientific audit.	盲检subagent LLM 判断（复用现有 delegate_review 盲检机制，无新脚本）；命中只在subagent返回 notes 报告，软项不进 strict_gate.py 硬失败、不计入 delegate_review verify 的阻断退出码（与 references/dod_checklist.json 硬门禁互不冲突）

🔴 收口前置闸口：delegate_review verify 必须 exit 0（含 RV-R8 结构完整性），否则不得声明改稿完成。任一项 fail 均为阻断。

🛑 DoD 停·摆结论等确认（strict_gate 前的最后一道人工闸）：盲检 delegate_review verify exit 0 之后、strict_gate.py 之前，不得直接收口。先把逐项结论摆给用户，每条 DoD（RV-G1G8 / RV-R1R12）是 pass / na / 🟡soft-report，软项（RV-G8 常识、RV-R12 拉丁斜体、去AI软提示、句长）列出但标明不阻断；同时给「意见 × 是否回复 × 是否改稿 × 结局（completed/push_back/需作者确认）」对照表。打印后 HALT，等用户明确说「可以收口」再跑 strict_gate.py 并交付。用户没确认就继续 = 违规。这与开场监工卡、清单核对是三道不同的人工闸：开场提醒 → 拆完核对 → 收口前摆结论。

Revise-Sci 特有项（id: RV-R1 ~ RV-R12）

id	项目	核验方式
RV-R1	strict_gate.py 通过（exit code 0）	python scripts/strict_gate.py --project-root <project_root> → STRICT_GATE: PASS
RV-R2	Reference coverage 无缺口：data/reference_coverage_audit.json ok=true，无 unresolved numeric/author-year gap	python scripts/build_reference_registry.py → coverage_audit 直接读；或 RV-R1 覆盖
RV-R3	Patch 修订哈希一致（如使用 Patch 修订协议）：apply_revision_patch.py 未报告任何 hash mismatch，所有未触及 block 字节不变（fail-closed，哈希不符则整批拒绝，不得静默部分应用）；未使用则标 na 并注明	python scripts/apply_revision_patch.py --manifest <block_manifest.json> --patch <patch.json> --output <revised.md> exit code 0
RV-R4	退稿信每条意见有落点：issue_matrix.md 每个 comment_id 在 manuscript_edit_plan.md 中有 revised_excerpt	python scripts/strict_gate.py --project-root <project_root>（strict_gate 内含此检查，RV-R1 通过则本项通过）
RV-R5	审稿意见已原子化：atomize_comments.py 在 pipeline 中已运行，每条意见有 severity 字段，comment_id 唯一，无混合意见跨意见合并改动	人工确认 state/comment_registry.json 已生成且 comment_id 唯一（atomize_comments.py 无 --dry-run flag，须通过 pipeline 正式运行核验）
RV-R6	polish 状态完整：所有含非空 revision_plan.scope 的片段已有 polish state，无 meaning_changed=true 或 scope_respected=false	python scripts/strict_gate.py --project-root <project_root>（strict_gate 内含此检查，RV-R1 通过则本项通过）
RV-R9	polish 片段级守卫通过：每个 polished 片段 polish_numbers_ok=true（无数值漂移/丢失）、polish_certainty_ok=true（谨慎动词未被升级为强断言）、无套话禁词残留；polish_risk_flags 已落盘到 unit / revision_polish_execution.json / comment_records/<id>.md	python scripts/strict_gate.py --project-root <project_root>（strict_gate 内含 A/B/MID 三项检查，RV-R1 通过则本项通过）
RV-R7	response_to_reviewers.docx 结构完整：每个 comment block 都有 comment heading / response-section heading / evidence-section heading	python scripts/strict_gate.py --project-root <project_root>（strict_gate 解析 docx 核验结构，RV-R1 通过则本项通过）

RV-R3 仅在使用 Patch 修订协议时适用，跳过需在 notes 中注明原因。RV-R4/R6/R7/R8/R9 已由 strict_gate 覆盖，RV-R1 通过即视为通过；RV-R5 须确认 pipeline 正式运行产出 comment_registry.json。RV-R10 为跨节一致性全局盲检（独立脚本 cross_section_consistency.py + subagent判定），不由 strict_gate 覆盖，须单独核。

投稿前作者自检（🟡 soft 提醒，不阻断交付）

终稿交付前，对照 references/presubmission_checklist.md 过一遍（数字一致性、英美拼写统一、图像无不当处理、Source Data、查重、临床注册号、报告规范附件、投稿材料齐全等）。这些项多需作者掌握原始数据/图像/外部工具，机器无法可靠裁决，故只提醒、不阻断；与本技能既有 hard 门禁（引用一一对应、去AI、跨节一致、字符级体检 RV-R11 等）不重复。

发现 AI 跳步/漏做了怎么办（用户自救）

如果你怀疑 AI 拆意见拆漏了、改稿改跑了、或直接把半成品当成品交付，下面几句话可直接复制发给它，逼它回到正轨：

• 「审稿信里 Reviewer X 第 N 点你没拆出来，回去把它作为独立 comment 加进 units/，重新原子化再重跑 revise_units.py。」
• 「把第 X 条对应的原句和你改后的句子并排贴给我，我要确认意思没变、没夹带我没同意的新结论。」
• 「给我一张表：每条审稿意见 × 有没有回复 × 正文改了哪句（引用 manuscript_edit_plan.md 的 revised_excerpt）。哪条空着就是漏了，当场补。」
• 「先别跑完整 pipeline，先只跑到 atomize_comments.py 把意见清单给我看，我对照原始审稿信确认条数无误了再往下。」
• 「你这环境派不出独立subagent就别假装盲检通过了。把这轮该盲检的关键点列给我，我自己核。」