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Use when adding or upgrading ScholarAIO support for a scientific computing tool, especially official docs ingestion, toolref integration, lightweight skill design, and end-to-end CLI verification.
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Use when the user wants to find academic papers, search the local library, run keyword or semantic search, search by author, explore topics, or federate across library, explore databases, and arXiv.
Use when the user wants to import papers from Endnote XML/RIS, Zotero Web API or local SQLite, attach PDFs, match PDFs to records, or supplement records with PDF content.
Use when the user wants to process new papers, patents, theses, documents, or proceedings from inbox queues into the knowledge base, run the ingest pipeline, or rebuild indexes.
| name | scientific-tool-onboarding |
| description | Use when adding or upgrading ScholarAIO support for a scientific computing tool, especially official docs ingestion, toolref integration, lightweight skill design, and end-to-end CLI verification. |
把一个新科学工具接入 ScholarAIO，目标不是“写一份长教程”，而是形成这三个层次的闭环：
toolref 能查官方接口和参数skill 能指导 agent 何时使用、如何验证规范参考：
scientific-runtime skill适用于：
scholaraio toolreftoolref-first不适用于：
优先级：
不要优先用：
要求：
git 抓取还是 manifest 抓取经验判断：
gitmanifestgit；用户在乎的是 agent 能不能顺手查到当前项目里的经验：
QE / LAMMPS / GROMACS 更适合 git + parserOpenFOAM / Bioinformatics 更适合 manifest + curated entry pages问自己三个问题：
page_name 应该怎么命名，未来最稳？program / section / title 该怎样存，show/search 才顺手？经验规则：
page_name 要服务 CLI 使用体验，不要只服务抓取方便programprogram 要优先贴近用户会说出的名字，而不是内部类名或目录名section 要反映用户排查问题时的思路，例如 solver / dictionary / variant-calling从现有工具得到的粒度经验：
QE：程序名 + namelist + 参数名，这样 show qe pw ecutwfc 才顺LAMMPS：命令家族一定要做 alias 聚合，不然 fix npt 这种自然输入会漂走GROMACS：mdp 参数页必须尽量保留 options，不然会变成只有变量名的空页OpenFOAM：不要一上来想抓完整站点，先抓 solver / dictionary / post-processing 关键页Bioinformatics：要承认它是 toolchain，不是单软件；先解决“路由到哪个子工具”当目标从“最小可用”升级到“主体尽量全量”时：
先做高价值页面：
先让 list/show/search 真正可用，再扩充覆盖率。
停止条件也要明确：
如果用户明确要求“主体尽量全量”：
最低应有测试：
scholaraio.stores.toolref 入口在内部重构后仍保持兼容meta.json、manifest 快照、SQLite 索引和 toolref list 展示口径一致如果没有先看到失败场景，就不知道这个工具接入点真正脆不脆。
如果这次工作包含 toolref 内部重构或拆包，必须额外补这类兼容测试：
import scholaraio.stores.toolref 后旧调用路径仍可用最低要求：
fetch 能拉取并落盘list 能看到版本和页数show 能按用户自然输入命中search 能搜到高价值页面重点防御：
fetch、index、list 的计数口径漂移manifest 工具的额外要求：
fallback_urlsforce refresh 不能把旧缓存中仍然可用的页面冲掉meta.json 要能说清楚：预期页数、失败页数、恢复自缓存的页数#anchor 页面复用其基础 URL 的种子 HTMLpage_nametoolref list 不能盲信过期 meta.json；必要时要与快照和实际索引自校准fetch 返回的索引数量要和最终库里的真实可查询条目数一致，而不是解析中间态数量不能只跑测试。必须像用户一样手动执行：
scholaraio toolref fetch <tool>
scholaraio toolref list <tool>
scholaraio toolref show <tool> <natural query>
scholaraio toolref search <tool> "<real query>"
检查：
show 命中的是不是用户想看的页面synopsis 有没有信息量fetch 是否会卡在脏目录programfetch 报的页数/条目数，和 list 看到的最终数值是否一致list 会不会出现自相矛盾的显示scholaraio toolref ...，而不是内部模块命令如果手感不好，就继续打磨 CLI；不要因为测试是绿的就停。
至少要抽查这三类真实查询：
ecutwfcdrag coefficient、v-rescale thermostatread mapping nanopore、variant calling vcf如果做了“主体尽量全量”的扩展，还要加两类检查：
show/search 的核心路径是否仍然稳定，没有被噪音页挤掉toolref-first对应 scientific SKILL.md 应只保留：
toolref 查询入口不要把 skill 写成第二份 API 手册。
分工应始终是：
skill = 路由 + 方法论 + 验证规范toolref = 官方接口与参数scientific-runtime = 运行时退化与用户体验协议不要把内部包结构泄漏到 skill：
scholaraio toolref ...scholaraio.stores.toolreffetch.py / manifest.py / storage.py 之类内部模块写成公开入口一个新工具只有同时满足下面几条，才算真正接入完成：
toolreffetch/list/show/search 都能真实使用toolref-first如果你要判断“是否已经够生产，不要再打磨了”，就看这几条：
show 查询能直接命中search 查询 rank 1 基本正确fetch/list 的统计口径不会把用户带沟里满足这些，就应该把精力转回 demo 和真实科研任务，而不是继续无止境磨 toolref
page_name 为抓取方便而设计，导致 show 很难用scholaraio.stores.toolref 顶层兼容面fetch、数据库真实条目数、和 list 展示数字彼此不一致program + section + variable 粒度一旦对了，show 体验会非常稳fix npt，show 必须能稳稳落到 fix_nh，search 至少要把 fix_nh 放进最前排结果samtools / bcftools / iqtree 这类工具，应该利用官方总目录页、命令索引、章节 anchor 自动扩页ultrafast-bootstrap，但上游文档的实际锚点可能是 ultrafast-bootstrap-parameters面向 ScholarAIO 用户时，要始终记住：
toolref 的fetch/list/show/search 已手动体验fetch/list 计数口径已核对show/search 已验证scientific-runtime 协议兼容