القائمة
Load single-cell RNA-seq data from h5ad, rds, or 10x mtx formats into AnnData objects.
يُحدَّد Prompt الذي يراجع المصدر أولًا بشكل افتراضي. يمكنك التبديل إلى أمر مباشر أو تنزيل نسخة محلية.
اقرأ SKILL.md وأي ملفات مرافقة يعرضها SkillsMP قبل أن تقرر التثبيت.
التثبيت باستخدام Codex أو Claude انسخ هذا Prompt والصقه في Codex أو Claude أو مساعد آخر ليراجع صفحة Skill ويثبّتها لك.
يتجاوز الأمر المباشر Prompt المخصّص للمراجعة. افحص المصدر قبل تشغيله.
npx skills add https://github.com/BrainStOrmics/BIA-CellHashtag --skill format-conversionيبقى الأمر في سطر واحد. مرّر أفقيًا لمراجعته كاملًا قبل النسخ.
تفضّل نسخة محلية؟ نزّل الملفات المتاحة حاليًا لدى SkillsMP.
DAG-MCTS for cell type annotation. Search space is a DAG (Merge + ReEmbed create multi-parent nodes). Uses P-UCT selection, Soft-Bellman backprop, confidence discounting, and transposition table. Per-iteration tree viz emitted as interactive HTML.
Correct batch effects in single-cell data using Harmony, BBKNN, or ComBat.
Query CellWiki knowledge base for marker genes, cell type ontologies, and tissue-specific cell type constraints.
استنادا إلى تصنيف SOC المهني
عرض SKILL.md
| name | format-conversion |
| description | Load single-cell RNA-seq data from h5ad, rds, or 10x mtx formats into AnnData objects. |
| allowed-tools | Read, Bash |
| compatibility | h5ad, rds, sce, 10x mtx |
load_h5ad(path))Native AnnData format. Direct load via scanpy.read_h5ad().
.X, .obs, .var, .obsm, .uns, .obspload_mtx(path))10x Genomics matrix directory. Expects:
matrix.mtx (or matrix.mtx.gz)genes.tsv (or features.tsv)barcodes.tsv
Loaded via scanpy.read_10x_mtx(path, var_names="gene_symbols").load_rds(path))R Seurat object saved as .rds. Requires rpy2 and anndata2ri or zellkonverter.
load_sce(path))SingleCellExperiment object saved as .rds. Requires zellkonverter and rpy2.
Loaded via zellkonverter.readRDS(path).
All loaders return an AnnData object ready for downstream analysis.