BrainStOrmics/BIA-CellHashtag

lats-search

DAG-MCTS for cell type annotation. Search space is a DAG (Merge + ReEmbed create multi-parent nodes). Uses P-UCT selection, Soft-Bellman backprop, confidence discounting, and transposition table. Per-iteration tree viz emitted as interactive HTML.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

batch-correction

Correct batch effects in single-cell data using Harmony, BBKNN, or ComBat.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

cellwiki

Query CellWiki knowledge base for marker genes, cell type ontologies, and tissue-specific cell type constraints.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

clustering-degs

Find differentially expressed genes (markers) for clusters using wilcoxon, t-test, or logistic regression. Includes consensus markers and resolution scanning.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

clustering-quality

Assess single-cell clustering quality using silhouette score, modularity, and phiclust. Returns recommendations to adjust resolution or accept current clustering.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

format-conversion

Load single-cell RNA-seq data from h5ad, rds, or 10x mtx formats into AnnData objects.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

plotting-embeddings

Generate publication-quality UMAP/t-SNE embedding plots with Okabe-Ito color palette. Outputs PDF+PNG.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

plotting-gene-expression

Generate violin plots and dot plots for gene expression visualization across cell clusters.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

plotting-heatmaps

Generate marker gene heatmaps with hierarchical clustering dendrograms.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

quality-control

Compute QC metrics, filter cells, detect doublets for single-cell RNA-seq data.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

spatial-loader

Load spatial transcriptomics data from 10x Visium, Nanostring MERFISH, BGI Stereo-seq, and generic spatial formats.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

trajectory-inference

Infer cell trajectories using PAGA graph-based trajectory inference.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية