القائمة
Generate publication-quality UMAP/t-SNE embedding plots with Okabe-Ito color palette. Outputs PDF+PNG.
يُحدَّد Prompt الذي يراجع المصدر أولًا بشكل افتراضي. يمكنك التبديل إلى أمر مباشر أو تنزيل نسخة محلية.
اقرأ SKILL.md وأي ملفات مرافقة يعرضها SkillsMP قبل أن تقرر التثبيت.
التثبيت باستخدام Codex أو Claude انسخ هذا Prompt والصقه في Codex أو Claude أو مساعد آخر ليراجع صفحة Skill ويثبّتها لك.
يتجاوز الأمر المباشر Prompt المخصّص للمراجعة. افحص المصدر قبل تشغيله.
npx skills add https://github.com/BrainStOrmics/BIA-CellHashtag --skill plotting-embeddingsيبقى الأمر في سطر واحد. مرّر أفقيًا لمراجعته كاملًا قبل النسخ.
تفضّل نسخة محلية؟ نزّل الملفات المتاحة حاليًا لدى SkillsMP.
DAG-MCTS for cell type annotation. Search space is a DAG (Merge + ReEmbed create multi-parent nodes). Uses P-UCT selection, Soft-Bellman backprop, confidence discounting, and transposition table. Per-iteration tree viz emitted as interactive HTML.
Correct batch effects in single-cell data using Harmony, BBKNN, or ComBat.
Query CellWiki knowledge base for marker genes, cell type ontologies, and tissue-specific cell type constraints.
استنادا إلى تصنيف SOC المهني
عرض SKILL.md
| name | plotting-embeddings |
| description | Generate publication-quality UMAP/t-SNE embedding plots with Okabe-Ito color palette. Outputs PDF+PNG. |
| allowed-tools | Read, Bash |
| compatibility | scRNA-seq, snRNA-seq, spatial |
After clustering or annotation to visualize cell distributions.
plot_embedding(adata, embedding_key, color_by=None, output_dir=None, title=None, colors=None) -> strGenerates publication-quality embedding plot.
Parameters:
embedding_key: "X_umap", "X_tsne", or any key in adata.obsmcolor_by: Column name in adata.obs for coloring (e.g. "leiden", "Cell#")output_dir: Directory to save files. If None, returns without savingtitle: Plot title. Auto-generated if Nonecolors: Optional list of specific colors (uses Okabe-Ito palette by default)Saves as both PDF and PNG in output_dir. Uses Okabe-Ito colorblind-friendly palette. DPI=300 for PNG.