القائمة
Compute QC metrics, filter cells, detect doublets for single-cell RNA-seq data.
يُحدَّد Prompt الذي يراجع المصدر أولًا بشكل افتراضي. يمكنك التبديل إلى أمر مباشر أو تنزيل نسخة محلية.
اقرأ SKILL.md وأي ملفات مرافقة يعرضها SkillsMP قبل أن تقرر التثبيت.
التثبيت باستخدام Codex أو Claude انسخ هذا Prompt والصقه في Codex أو Claude أو مساعد آخر ليراجع صفحة Skill ويثبّتها لك.
يتجاوز الأمر المباشر Prompt المخصّص للمراجعة. افحص المصدر قبل تشغيله.
npx skills add https://github.com/BrainStOrmics/BIA-CellHashtag --skill quality-controlيبقى الأمر في سطر واحد. مرّر أفقيًا لمراجعته كاملًا قبل النسخ.
تفضّل نسخة محلية؟ نزّل الملفات المتاحة حاليًا لدى SkillsMP.
DAG-MCTS for cell type annotation. Search space is a DAG (Merge + ReEmbed create multi-parent nodes). Uses P-UCT selection, Soft-Bellman backprop, confidence discounting, and transposition table. Per-iteration tree viz emitted as interactive HTML.
Correct batch effects in single-cell data using Harmony, BBKNN, or ComBat.
Query CellWiki knowledge base for marker genes, cell type ontologies, and tissue-specific cell type constraints.
استنادا إلى تصنيف SOC المهني
عرض SKILL.md
| name | quality-control |
| description | Compute QC metrics, filter cells, detect doublets for single-cell RNA-seq data. |
| allowed-tools | Read, Bash |
| compatibility | scRNA-seq, snRNA-seq |
Before clustering to remove low-quality cells and doublets.
compute_qc_metrics(adata) -> dictComputes standard QC metrics:
n_genes: number of detected genes per celltotal_counts: total UMI counts per cellpct_mito: percentage of mitochondrial genespct_ribo: percentage of ribosomal genesReturns metrics added to adata.obs: n_genes, total_counts, pct_mito, pct_ribo
Mitochondrial genes detected by prefix "MT-" (human) or "mt-" (mouse). Ribo genes by prefixes "RPS", "RPL" (ribo protein) and "RPSA".
filter_cells(adata, min_genes=200, max_genes=5000, min_counts=500, max_counts=50000, max_mito_pct=20) -> AnnDataFilters cells based on QC thresholds. Returns subsetted AnnData.
detect_doublets(adata, expected_cells=None) -> list[int]Heuristic doublet detection based on gene count outliers.
Cells with n_genes > Q3 + 1.5*IQR flagged as potential doublets.
Returns list of cell indices flagged as doublets.