InternScience/MolClaw

molclaw-scp-server

All tools utilized within MolClaw skills connect via the MCP protocol. This skill is the unified guide for connecting to the deployed MCP server before invoking tools.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

molclaw-skill-template-writer

Formats extracted execution patterns into standard MolClaw skill documents. Accepts structured input from the Skill Crystallization Meta-Workflow (L2-12) and outputs a properly formatted L1 or L2 skill document conforming to MolClaw conventions. This skill…

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

molclaw-admet

Predict the ADMET (absorption, distribution, metabolism, excretion, and toxicity) properties of the input molecules.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

molclaw-boltz2-affinity

Predict binding affinity between target protein sequence and small molecule SMILES using Boltz-2.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

molclaw-compound-retrieve

Retrieve SMILES strings by compound name using PubChem with an NCI resolver fallback.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

molclaw-denovo-sampling

Generate new molecules de novo.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

molclaw-equiscore-docking

End-to-end docking-score ranking using EquiScore for candidate molecules against a target protein.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

molclaw-fix-pdb

Repair and clean PDB or mmCIF structures with PDBFixer, returning a repaired PDB path and topology counts.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

molclaw-goca-tool

Run GoCa coarse-grained protein MD pipeline and collect key simulation artifacts from a unified run directory.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

molclaw-hdock-tool

Run HDOCKlite docking for protein complexes and return run directories with ranked models.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

molclaw-interaction-visualizer

**PRIMARY tool for all single-structure interaction analysis.** MCP-exposed protein–ligand / peptide / protein–protein interaction analysis and Schrödinger-style multi-dimensional visualization. Pure Python/NumPy engine covering 9 interaction types with 2D…

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

molclaw-linker-sampling

Generate new molecules sampling from the input two warhead fragments.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

molclaw-mol-similarity

Calculate both Tanimoto similarities and the count of shared structural fragments between a target molecule and a list of candidate molecules via Morgan fingerprints.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

molclaw-mol2mol-sampling

Generate new molecules sampling from the input molecule.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

molclaw-openawsem-tool

Runs OpenAWSEM simulations and extracts representative trajectory frames for downstream ensemble analysis.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

molclaw-pdbfixer

Repair a protein PDB or mmCIF structure with PDBFixer and write a repaired PDB.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

molclaw-peptide-sampling

Generate new peptide molecules sampling from the input peptide sequence.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

molclaw-protein-ligand-mmpbsa

Execution-ready protein-ligand MM/GB(PB)SA workflow with explicit MCP handoffs and optional analysis.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

molclaw-protein-openmm

Run OpenMM protein MD and extract evenly spaced trajectory frames for downstream structural analysis.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

molclaw-protein-protein-mmpbsa

Execution-ready protein-protein MM/GB(PB)SA workflow with MCP-exposed tool names, strict file validation, and failure guards.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

molclaw-protein-sequence-retrieve

Search the target protein sequence information from the input gene name or uniprot id.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

molclaw-protein-structure-retrieve

Retrieve and download a protein structure file (.pdb or .cif) using a gene name, UniProt ID, or PDB ID.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

molclaw-quickvina-docking

Perform molecular docking using QuickVina2-GPU between target protein structure and small molecules.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

molclaw-rgroup-sampling

Generate new molecules sampling from the input scaffold.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

molclaw-run-bioemu

Run BioEmu sequence sampling and extract ensemble structures for downstream conformation analysis.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

molclaw-visualize-molecule

Render a molecule from a SMILES string or a server-side molecular structure file with the MolClaw MCP tool `visualize_molecule`.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

molclaw-visualize-protein

Render a server-side PDB protein structure as a PNG with the MolClaw MCP tool `visualize_protein`.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

molclaw-chai1-predict

Predict protein structures with Chai-1 from sequence or FASTA input and return model scoring summaries.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

molclaw-chroma-toolkit

Chroma toolkit skill covering chroma_monomer for single-chain generation, chroma_complex for multi-chain assembly generation, and chroma_symmetry for symmetry-constrained protein design.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

molclaw-diffdock-auto

[CURRENTLY UNAVAILABLE] DiffDock protein-ligand docking. This tool is not deployed on the current MCP server. Use molclaw-quickvina-docking or molclaw-karmadock-tool as alternatives.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

molclaw-dleps

Calculate disease reversal scores for the provided molecules relative to a specific disease.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

molclaw-docking-screening

High-level large-scale virtual screening workflow (10+ ligands) combining property filtering, QuickVina docking, EquiScore rescoring, and consensus ranking for target prioritization.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

molclaw-drug-likeness

Compute the drug-likeness metrics (QED score and Number of violations of Lipinski's Rule of Five) of the input candidate molecules (SMILES format).

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

molclaw-equiscore-tool

Unified EquiScore skill for pocket extraction, pocket scoring, and end-to-end docking-to-score pipeline execution.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

molclaw-esmfold

Use ESMFold model to predict 3D structure of the input protein sequence.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

molclaw-evobind-tool

Design linear or cyclic peptide binders from receptor FASTA sequences using EvoBind2 with structured result outputs.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

molclaw-extract-chains

Extract protein sequence of each chain from the protein structure file (pdb format).

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

molclaw-file-transfer

Implement data transmission between the local computer and the MCP Server using Base64 encoding

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

molclaw-foldx-tool

FoldX protein stability and mutation analysis tool. Supports 8 modes: structure repair (RepairPDB), stability calculation (Stability), mutation ΔΔG (BuildModel), complex interface energy (AnalyseComplex), alanine scanning (AlaScan), position scanning…

لغة النص الأصلي: الإنجليزية

molclaw-fpocket

Use fpocket to detect binding pockets and output their detailed properties for the input protein. This offers a more concise approach to pocket identification.

لغة النص الأصلي: الإنجليزية