public-databases

Route shotgun metagenomics work to the right public databases, catalogues, and benchmark datasets. Use when: (1) Choosing SRA/ENA vs MGnify vs GTDB vs proGenomes vs CAMI, (2) Distinguishing raw archives, genome warehouses, biome catalogues, tool indexes, and gold-standard benchmarks, (3) Pinning data releases for Methods, (4) Planning downloads for UHGG, GTDB R10+, KEGG, CARD, bioBakery, Kraken, CheckM2. Child skills: sra-ena, mgnify, gtdb, progenomes, cami, kegg, biobakery-databases. For software install use setup.

الانتقال إلى التثبيت

المستودع: PKU-EMBL/Metagenomics-Skills
آخر نشاط في المصدر: ٣ أغسطس ٢٠٢٦ في ١٣:٤٠
لغة SKILL.md المكتشفة: الإنجليزية
النجوم: ٤
التفرعات: ٠

خيارات التثبيت

يُحدَّد Prompt الذي يراجع المصدر أولًا بشكل افتراضي. يمكنك التبديل إلى أمر مباشر أو تنزيل نسخة محلية.

التثبيت باستخدام Codex أو Claude انسخ هذا Prompt والصقه في Codex أو Claude أو مساعد آخر ليراجع صفحة Skill ويثبّتها لك.

يتجاوز الأمر المباشر Prompt المخصّص للمراجعة. افحص المصدر قبل تشغيله.

npx skills add https://github.com/PKU-EMBL/Metagenomics-Skills --skill public-databases

يبقى الأمر في سطر واحد. مرّر أفقيًا لمراجعته كاملًا قبل النسخ.

تفضّل نسخة محلية؟ نزّل الملفات المتاحة حاليًا لدى SkillsMP.

مراجعة ملفات المصدر

اقرأ SKILL.md وأي ملفات مرافقة يعرضها SkillsMP قبل أن تقرر التثبيت.

مستكشف الملفات

2 ملفات

SKILL.md

تعليمات المصدر · معاينة للقراءة فقط

العودة إلى البحث العودة إلى التثبيت

abricate

ABRicate — mass screening of contigs for AMR/virulence/plasmid markers against bundled databases (ResFinder, CARD, NCBI, VFDB, PlasmidFinder, EcoLI_VF, ARG-ANNOT, MEGARES, …). Use for fast multi-DB isolate or MAG screens and database concordance checks. Upstream: https://github.com/tseemann/abricate. Route via cge-finders / microbial-mining; official CGE CLI still via resfinder/plasmidfinder when phenotype mapping or PointFinder is required.

2026-08-03

cge-finders

Route Center for Genomic Epidemiology (CGE) Finder-style screens and related isolate typing: PlasmidFinder, ResFinder, PointFinder, DisinFinder, VirulenceFinder, MobileElementFinder, pMLST, plus staramr / ABRicate wrappers and chromosomal mlst. Use for clinical/One-Health isolate typing and plasmid-borne AMR context — not community-wide dark-matter discovery. Child skills: plasmidfinder, resfinder, pointfinder, disinfinder, virulencefinder, mobileelementfinder, pmlst, staramr, abricate, mlst. Complements genomad, mob-suite, rgi, mobileog. Route via microbial-mining.

2026-08-03

disinfinder

DisinFinder — CGE disinfectant / biocide resistance gene screen via the DisinFinder database, typically run through ResFinder. Use for isolate biocide-resistance markers alongside acquired AMR. DB: https://bitbucket.org/genomicepidemiology/disinfinder_db. Route via cge-finders / resfinder / microbial-mining.

2026-08-03

عرض الكل من هذا المستودع

name	public-databases
description	Route shotgun metagenomics work to the right public databases, catalogues, and benchmark datasets. Use when: (1) Choosing SRA/ENA vs MGnify vs GTDB vs proGenomes vs CAMI, (2) Distinguishing raw archives, genome warehouses, biome catalogues, tool indexes, and gold-standard benchmarks, (3) Pinning data releases for Methods, (4) Planning downloads for UHGG, GTDB R10+, KEGG, CARD, bioBakery, Kraken, CheckM2. Child skills: sra-ena, mgnify, gtdb, progenomes, cami, kegg, biobakery-databases. For software install use setup.
license	MIT
category	utilities
tags	["database","catalogue","UHGG","GTDB","MGnify","CAMI","proGenomes","SRA","ENA","KEGG"]