public-databases

Route shotgun metagenomics work to the right public databases, catalogues, and benchmark datasets. Use when: (1) Choosing SRA/ENA vs MGnify vs GTDB vs proGenomes vs CAMI, (2) Distinguishing raw archives, genome warehouses, biome catalogues, tool indexes, and gold-standard benchmarks, (3) Pinning data releases for Methods, (4) Planning downloads for UHGG, GTDB R10+, KEGG, CARD, bioBakery, Kraken, CheckM2. Child skills: sra-ena, mgnify, gtdb, progenomes, cami, kegg, biobakery-databases. For software install use setup.

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Dépôt: PKU-EMBL/Metagenomics-Skills
Dernière activité de la source: 3 août 2026 à 13:40
Langue détectée de SKILL.md: anglais
Étoiles: 4
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abricate

ABRicate — mass screening of contigs for AMR/virulence/plasmid markers against bundled databases (ResFinder, CARD, NCBI, VFDB, PlasmidFinder, EcoLI_VF, ARG-ANNOT, MEGARES, …). Use for fast multi-DB isolate or MAG screens and database concordance checks. Upstream: https://github.com/tseemann/abricate. Route via cge-finders / microbial-mining; official CGE CLI still via resfinder/plasmidfinder when phenotype mapping or PointFinder is required.

2026-08-03

cge-finders

Route Center for Genomic Epidemiology (CGE) Finder-style screens and related isolate typing: PlasmidFinder, ResFinder, PointFinder, DisinFinder, VirulenceFinder, MobileElementFinder, pMLST, plus staramr / ABRicate wrappers and chromosomal mlst. Use for clinical/One-Health isolate typing and plasmid-borne AMR context — not community-wide dark-matter discovery. Child skills: plasmidfinder, resfinder, pointfinder, disinfinder, virulencefinder, mobileelementfinder, pmlst, staramr, abricate, mlst. Complements genomad, mob-suite, rgi, mobileog. Route via microbial-mining.

2026-08-03

disinfinder

DisinFinder — CGE disinfectant / biocide resistance gene screen via the DisinFinder database, typically run through ResFinder. Use for isolate biocide-resistance markers alongside acquired AMR. DB: https://bitbucket.org/genomicepidemiology/disinfinder_db. Route via cge-finders / resfinder / microbial-mining.

2026-08-03

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name	public-databases
description	Route shotgun metagenomics work to the right public databases, catalogues, and benchmark datasets. Use when: (1) Choosing SRA/ENA vs MGnify vs GTDB vs proGenomes vs CAMI, (2) Distinguishing raw archives, genome warehouses, biome catalogues, tool indexes, and gold-standard benchmarks, (3) Pinning data releases for Methods, (4) Planning downloads for UHGG, GTDB R10+, KEGG, CARD, bioBakery, Kraken, CheckM2. Child skills: sra-ena, mgnify, gtdb, progenomes, cami, kegg, biobakery-databases. For software install use setup.
license	MIT
category	utilities
tags	["database","catalogue","UHGG","GTDB","MGnify","CAMI","proGenomes","SRA","ENA","KEGG"]