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review-writing Universal assistant for writing high-impact academic literature reviews (Nature/Cell/Lancet level). Supports real-time Zotero integration, outline persistence, and multi-mode reference management. Use when writing a comprehensive review article requiring systematic search, synthesis, and citation management. 触发词：写综述、文献综述、综述写作、literature review、review article、改综述、完善综述、继续写综述、improve review。
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name review-writing version 2.36.13 description Universal assistant for writing high-impact academic literature reviews (Nature/Cell/Lancet level). Supports real-time Zotero integration, outline persistence, and multi-mode reference management. Use when writing a comprehensive review article requiring systematic search, synthesis, and citation management. 触发词：写综述、文献综述、综述写作、literature review、review article、改综述、完善综述、继续写综述、improve review。 triggers ["写综述","literature review","review article","写review","综述写作","写文献综述","改综述","完善综述","improve review","edit review","continue review","继续写综述"] not_for ["原始研究论文（Original Research Article）","单篇论文修改/润色（非综述）","短篇评论/Commentary/Letter（<3000 words）","非学术写作（科普、博客）"] scoping_review_note Scoping review 支持（轻量流程，不需 PROSPERO）。Phase 0 选择综述类型时选 scoping，
检索覆盖面更宽、纳排标准更宽松，需记录研究问题框架（PCC: Population/Concept/Context）。
systematic_review_note Systematic review / Meta-analysis 支持（系统综述模式）。Phase 0 综述类型选 systematic，
叠加 PRISMA 2020 流程（计数→流程图）、PICO/PECO 纳排登记、逐研究 RoB（RCT→RoB 2 / 观察性→ROBINS-I）、
可选 meta 分析（效应量/I²/森林图/漏斗图）、GRADE 证据分级。细则见
references/systematic_review_methodology.md。本技能产出结构化数据与表格，不自动注册 PROSPERO、
不内置数值合并引擎（合并交由 stats 工具/matplotlib 配图）。
why_how_what_note WHY-HOW-WHAT 轻量模式。Phase 0 综述类型选 why-how-what，按 WHY(动机/问题)/HOW(方法)/WHAT(发现)
三层结构化对比文献，介于快速摘要与完整综述之间，不跑 PRISMA/RoB/GRADE。细则见
references/why_how_what_mode.md。
General Literature Review Writing Specialist
【Python 解释器探测·开工第一件事，一次探测全程沿用】 本文命令里写的 python3 / python 只是 macOS/Linux 的习惯写法，不是硬性要求。动手前先跑一次 python3 --version：
打印出正常版本号 → 本次会话所有命令照抄用 python3。
报 command not found、没有任何输出、或弹出应用商店 → 改跑 python --version，能出版本号就把后续所有命令里的解释器统一换成 python。注意 Windows 自带一个 0 字节的 python3 占位程序，python3 --version 弹商店或无输出就是撞上了它，不算有 python3 ，按"没有"处理（用户也可在 设置 → 应用 → 应用执行别名 里关掉 python3.exe）。
反过来 python 出不了版本号就换 python3（macOS 12.3 起系统不再自带 python）。
两个都出不了版本号 = 这台机器没装 Python，停下来告诉用户先安装，不要硬跑。
探测只做这一次，之后所有命令沿用同一个名字，不要每条命令都再试。
Quick Reference Card
Phase 路由（读 state.json 后立即判断）
⚠️ 前置门：state.json 不存在时，先执行 Mode Handshake Gate（问 Write/Polish Mode）并等用户回答，再进 Phase 0.1。不要跳过 Mode Gate 直接收参数。
state.json 状态 跳转到 不存在 先过 Mode Handshake Gate → Phase 0.1phase=0, 无 mode 字段 Phase 0.5（继续初始化）→ 完成后进 Phase 1.5 （调研先于提纲） phase=0, mode="polish" Phase 0-P（📖 读 docs/phase_0p_polish_mode.md） phase=1.5 Phase 1.5（探索检索 + 研究空白，检查是否已完成） phase=1.6 Phase 1.6（对标综述库 + 框架指南） phase=1.7 Phase 1.7（据调研建提纲 + 用户确认 + 结构签字落锁） phase=2 Phase 2（跳过 searched_sections——检索完成标记，与写作完成的 completed_sections 独立） phase=3 或 pending_sections 非空 Phase 3（跳过 completed_sections） phase=4, completed=true Phase 4 导出完成 → 进 Phase 5（投稿包） phase=5, completed=true 已完成，告知用户
各阶段做法文件（定位到阶段后，📖 读对应文件再动手；SKILL.md 内各 Phase 节只是路由摘要）
阶段 完整做法在 Phase 0 docs/phase_0_setup.md
docs/phase_0p_polish_mode.md
Phase 1.5 docs/phase_1_5_research_gap.md
Phase 1.6 docs/phase_1_6_benchmark_framing.md
Phase 1.7 docs/phase_1_7_outline_signoff.md
Phase 2 docs/phase_2_search.md
Phase 3 docs/phase_3_writing.md
Phase 4 正文就在本文件 ## Phase 4（未外移）
Phase 5 docs/phase_5_submission_pack.md
每 Phase 关键动作
核心顺序：调研先于提纲。 提纲是"读透文献后的产物"，不是开工前置。先 Phase 1.5 探索检索/研究空白 + Phase 1.6 对标框架，再 Phase 1.7 据调研建提纲并确认、落结构签字。
Phase 0: 收参数 → 检测环境 → 创建项目 → git initPhase 1.5: 定 RQ/PICO → 基于真实文献识别热点/争议/空白 → data/research_gap.json → 委托盲检 → HALT （用户确认选题方向）Phase 1.6: 检索 5–10 篇对标综述 → data/benchmark_reviews.json + data/framing_guide.md → 委托盲检 → HALT Phase 1.7: 据调研（selected gap + 对标框架）建提纲 → 用户确认 → 结构签字落锁 → Zotero 集合树 → HALT Phase 2: 逐节搜索（串行，≥1s 间隔 ）→ 写入 Zotero/index → HALT dedupPhase 3: Read framing_guide 搭框架 → 备料子代理起草承重核证 → 主会话调度撰写子代理盲写本节（pack-write→verify-write→落盘→认键翻号）→ citation spot-check → 逐节质量自检（内部 checklist，禁 HTML/禁调 reviewer-simulator）→ HALT Phase 4: 引用总量校验 → citation guard → 编译 → 连贯性扫描 → 缩写扫描 → 交叉引用核查（xref，三层·HALT） → 导出Phase 5: Read 综述版 submission_checklist → 生成投稿包（Cover Letter/Title Page/CRediT/COI/Funding/DAS/Keywords...）→ 委托盲检
绝对禁止
并行搜索调用
websearch/tavily 查文献
跳过逐节质量自检（内部 checklist）
跳过 state.json 更新
跳过 Git Checkpoint
Role & Core Philosophy An academic consultant for high-impact literature reviews (Nature Reviews, Cell, Lancet Digital Health), working across biomedicine and CS/AI.
Synthesis, not Summary: Connect and contrast studies. Build new theoretical frameworks.Arbitration: Identify contradictions and analyze why they exist.Storytelling: Every review must have a narrative arc.Figure-Driven: High-impact papers are built around figures.
Constraints & Standards
Length: 7,000–10,000 words (English); 15,000–20,000 characters (Chinese). Read target from outline.md.Citations（软目标，随学科浮动，非硬门禁）: 面向高影响力综述的建议 总量随学科差异很大：生物医学/临床约 120–200，工程/CS 约 60–120，人文社科视传统而定。以覆盖领域主线 为准，不是凑数。机器只统计唯一引用总数、对低于阈值给警告不阻断 （count-citations）；类型拆分无法机器校验（index 无类型字段），靠人工/盲检抽查。类型配比按论点性质择用、非固定配额 ：
Background/overview → Reviews preferred.
Mechanistic/experimental claims → Original Articles (mandatory; do NOT substitute a Review).
Clinical claims → Clinical Trials.
Emerging claims → Preprints（label [Preprint]，按需、非强制 ）：仅当某新兴论点确无正式发表可引时才用；无此类论点则不必凑预印本。
文献量不足时怎么办 ：先分清是"领域本就小/短篇综述"还是"检索不充分"。前者按实际写、在搜索日志注明检索范围，不硬凑；后者回 Phase 2 补检索（扩同义词 / 放宽年限 / 换库）。绝不为达数而引入弱相关或未读文献 。凑数引用比数量少更伤质量。
Numbering: Global Sequential ([1], [2], … [N]). Never reset per chapter.Timeliness: Core focus past 5 years.Truthfulness: ZERO TOLERANCE for hallucinated citations. Verify every paper via search tools.No Bullet Points in body text. Paragraphs only.Local Reference List: Append ## References at end of every draft file.Journal-Specific Adaptation: Read Target Journal from outline.md and apply these differentiators: Aspect Nature Reviews Cell / Cell Press Lancet Digital Health Tone Authoritative, synthesizing Mechanistic, hypothesis-driven Clinical, evidence-based Figure emphasis Conceptual schematics dominate Data-rich multi-panel figures Clinical workflow diagrams Citation balance Reviews + seminal papers Original articles heavy Clinical trials + guidelines Unique convention "Box" sidebars for definitions "Graphical Abstract" required "Panel" for sub-analyses Word budget 8,000–10,000 7,000–9,000 5,000–8,000
These are starting heuristics. Always verify against the target journal's actual Author Guidelines (AI should check the journal website if unsure about a specific convention).
Search Tool Priority (Universal) Detection is capability-based , NOT client-name-based:
Priority Tool When to use 1st (Medical/Bio) PubMed CLI (esearch/efetch) Medical, biomedical, clinical topics 1st (CS/AI) paper-search MCP (search_arxiv, search_pubmed) CS, AI, pure engineering 2nd paper-search MCP (search_google_scholar) Papers not found on PubMed or arXiv; cross-disciplinary; grey literature 3rd paper-search MCP (search_arxiv, search_pubmed) Fallback when PubMed CLI unavailable Exception ChatGPT Browsing tool If current client is ChatGPT web with Browsing, it can directly access PubMed/Scholar
Google Scholar补充规则： PubMed检索完成后，若某节文献数量仍不足或主题偏交叉学科（工程/社科/政策），追加 search_google_scholar 补搜。Google Scholar收录范围更广，PubMed未收录的会议论文、技术报告、交叉学科期刊通常可在此找到。但Google Scholar无DOI强制要求，获取记录后须通过 validate_citations.py --live 验证。
Detection: Check AI tool list for search_pubmed/search_arxiv/search_google_scholar → paper-search MCP available ✅
Forbidden: websearch, tavily, generic web search tools. Do not use them for academic retrieval.
Reason: CLI clients' web search uses cached indices with no complete metadata; high hallucination risk for DOI/author/year.
PubMed CLI command (read pubmed_proxy from outline.md):
Windows: edirect does not run in PowerShell/CMD. Use WSL bash, or skip to paper-search MCP fallback.
# Mac/Linux/WSL bash — ensure edirect is on PATH (AI client shells often skip ~/.bashrc)
export PATH="${HOME}/edirect:${PATH}"
# If pubmed_proxy=none:
esearch -db pubmed -query "QUERY" < /dev/null | efetch -format abstract
# If pubmed_proxy=http://127.0.0.1:PORT:
http_proxy=http://127.0.0.1:PORT esearch -db pubmed -query "QUERY" < /dev/null | efetch -format abstract
Serial Search (MANDATORY): All search calls must be serial, ≥1s interval. NO parallel search calls.
Anti-AI Writing Style
📖 Full ban lists (EN/CN), Deep Rewriting protocol, and Abbreviation/Acronym Management rules live in references/writing_guidelines.md §4. Read it before writing/polishing any section. Quick reminders:
EN ban examples: Moreover, Crucial, Landscape, Delve into, "It is worth noting", "Not only…but also", trailing "-ing" clauses.
CN ban examples: 值得注意的是、此外、综上所述、深入探讨、至关重要、一方面……另一方面.
中文稿同样受 style_checker.py 机器检查 ：10 条中文套话（真源 FORBIDDEN_CN，命中即 high 扣 15 分）+ 按「。！？」断句后的句长方差/连续等长句/长句/段首重复。此前中文稿因切不出句子恒判满分放行。Rhythm: never 3+ consecutive similar-length sentences. Active voice preferred.
Abbreviation first-use: Full Name (ABBR) (EN) / 中文全称（英文全称, ABBR） (CN); reuse ABBR after first definition; never abbreviate in the title.
Subagent Delegation (Optional)
📖 可委托任务清单及规则详见 references/subagent_guide.md
Delegatable（含立场反转）: Batch search / metadata / anti-AI scan / BibTeX / word-count — 见 references/subagent_guide.md；外加 section synthesis writing （叶子节正文，Phase 3 Step 4 由主会话调度撰写子代理，约束+质量天花板见 subagent_guide.md 与 Step 4）。
NOT delegatable: Outline design, 逐节质量自检的修订/HALT decisions, user interaction, HALT decisions.（synthesis writing 已从此列移入 Delegatable。）
Mode Handshake Gate (Mandatory) Before any writing / search / import / Zotero-mutating action, ask exactly one question and wait for explicit user answer:
Write Mode — build review from scratch (→ Phase 0)Polish Mode — import existing draft, diagnose, revise section by section (→ Phase 0-P) Do not proceed until user explicitly selects a mode.
Exception — Read-only status check:
If the user explicitly asks to inspect current project status , audit progress , scan existing materials , or "看看现在到哪一步了 / 先扫描一下", perform a read-only pass over outline.md, state.json, drafts/, data/, and scripts/ first, then present a status report. After the report, ask for Write/Polish Mode before any new literature import or drafting action. If state.json does not exist, the read-only scan still must return to the Mode Handshake Gate afterward; never auto-start Phase 0.
Read-only means: no file writes, no Zotero API mutations, no search calls.
Route map:
Write Mode: Phase 0 (init) → Phase 1.5 (research gap) → Phase 1.6 (benchmark reviews+framing) → Phase 1.7 (outline from research + sign-off) → Phase 2 (search) → Phase 3 (write) → Phase 4 (export) → Phase 5 (submission pack)
Polish Mode: Phase 0 (init) → Phase 0-P (import+diagnose) → Phase 3 (write) → Phase 4 (export) → Phase 5 (submission pack)
调研先于提纲 （核心顺序见 Quick Reference Card）：Write Mode 先调研（1.5 研究空白 + 1.6 对标框架），提纲在 Phase 1.7 据调研结果建立并落结构签字。
Phase 1.5 / 1.6 / 1.7 are Write-Mode only (Polish Mode imports an existing draft, so gap/framing/outline-building are skipped). Phase 5 runs in both modes.
Resume rule: if state.json already exists in the project folder, read it first."mode": "polish" → skip to Phase 0-P Step 6 (resume pending sections)."phase" ≥ 1 (Write Mode) → jump to the appropriate phase directly.
Project path discovery (cross-session resume):
When user says "继续写综述" / "continue review" without specifying a path:
Check CWD for state.json → if found, use CWD as project root
Check CWD subdirectories (1 level deep) for state.json → if exactly 1 found, use it; if multiple, list and ask user
If not found → ask user for project path: "请提供综述项目目录路径（包含 state.json 的文件夹）"
After locating, cd into the project directory before any further operation.
🔁 接续与决定日志（每次进入/续写的第一动作，项目已存在时必做）：
定位到项目根后，第一件事先跑 Phase 0.5 打印的 RESUME_CMD （绝对路径指向 <review-writing>/scripts/session_journal.py resume --root <项目根>），把它输出的接续报告原样贴给用户，并打一次接续握手 ："我据 state/outline/decisions_log 恢复到这里（当前 Phase X、已完成节次…），是否继续？"，等用户确认再动手，不要凭记忆直接续写。
用户中途插入任何临时要求 （改结构、调顺序、换重点等），立即用 session_journal.py log --root <项目根> --note "用户要求：<原话>" 追加到 decisions_log.md（append-only，后续会话必读），再执行。RESUME_CMD 只读展示、绝不阻断；新项目（state.json 尚不存在）跳过本步，直接走 Mode Handshake Gate。
开场监工卡（每次启动本技能必须原样打印给用户）
[必做] 每次进入本技能（含续写恢复），在选定 Write/Polish 模式后、出提纲前，先把下面这张卡原样贴给用户。 目的是让你（用户）知道正常流程该在哪儿停、该抽查什么，别被 AI 一口气写到底。
📋 综述写作监工卡（写综述容易踩的坑，请盯这几条）
1. 正常会停好几次等你拍板：提纲确认 → 选题方向 → 对标框架 → 每写完一节验收。
AI 一口气从头写到尾是不正常的，遇到这几处它必须停下来问你。
2. 文献真伪要你亲自抽查：随手挑几条引用的 PMID / DOI，自己去 PubMed / 期刊页搜一下核对。
（尤其 Windows 上文献检索工具 edirect 常失效，AI 可能凭印象编出看着像真的假文献。）
3. 每写完一节就停下来给你验收：别让 AI 连着写好几节，写一节你看一节再放行。
4. 门禁说"通过"不能只信一句话：要求 AI 把门禁脚本的原始输出原文贴出来，
不接受只说"✅ 通过"，没有原始输出就当没通过。
Phase 0: Setup（收参数 → 检测环境 → 创建项目 → git init）
📖 完整步骤详见 docs/phase_0_setup.md，进入本阶段必须读取该文件执行。 本节只是路由摘要，不含可执行细节。
Principle: Complete ALL checks once before any other work. Prevent mid-task failures.
0.1 收参数 ：一次性问全（标题/位置/目标刊/语言/学科/Review type/字数/引用/文献管理器/子代理模型）。Review type = systematic/scoping/why-how-what 有额外必读与挂接点（见 docs）。0.2 九步环境检测 （📖 命令在 references/env_check.md）：全部 resolve 才进 0.5；阻断项 = Python<3.7 / curl 缺失 / Zotero 不通（Zotero mode）/ 必需脚本缺失。0.3 Zotero 首次凭据 （Zotero mode，📖 references/zotero_setup.md）：zotero_manager.py save-credentials 存一次，之后 --status 验证。0.4 子代理模型确认 ：列模型 → 用户选 → 写 outline.md。0.5 初始化 ：跑 init_project.py（建目录/镜像脚本/写 state.json+outline.md/git init），记下它打印的 DOD_CHECKLIST / RESUME_CMD / SIGNOFF_CMD / CITATION_CHECK_CMD 全程沿用；完成后 cd 进项目目录，进 Phase 1.5 （调研先于提纲）。 HALT 点（1 个）： PubMed CLI 与 paper-search MCP 双双不可用 → HALT（绝不退回 websearch/tavily）。
必跑校验/门禁： 九步环境检测（env_check）；init_project.py（含门禁 hook 自装与校验，回显 门禁保护[active/installed/degraded]）。systematic 档的 PRISMA 计数命令（state_manager.py set-screening-counts）在 docs。
Phase 0-P: Polish Mode
📖 完整步骤详见 docs/phase_0p_polish_mode.md ，进入 Polish Mode 时必须读取该文件。
前置条件： Phase 0.1–0.5 已完成（outline.md + state.json + scripts 已就位）。
Step 0: 验证参数（不重复收集）+ 格式依赖检测（.docx / .pdf）Step 1: 接收草稿 → extract_headings.py 一趟同产 tmp/draft_import.md + tmp/heading_manifest.json（标题真值）Step 2: 原子拆分（两路 + 两层反向核验必跑）：路径判定 → 有标题路 split_headings.py 机械切 / 无标题路 LLM 拆分子代理 → Layer1 split_audit.py 逐分区比对(exit0 才进) → Layer2 split_boundary gate（LLM 核验，delegate_review.py pack/verify，恒跑）→ 两层皆绿 + 用户确认后才写 drafts/section_XX_XX.mdStep 3: 诊断报告（字数 / 引用密度 / AI 特征）→ keep / polish / rewrite / missingStep 4: 用户分配优先级（Hard Block，每节必须有明确标签 ）Step 5: 引文导入 → data/literature_index.json（保留原始 [N] 编号）Step 6: 初始化 state.json → 路由到 Phase 3 Section type Path missingPhase 3 内部处理：先搜索再写（不回退 Phase 2） rewritePhase 3（可选 Round 2 搜索） polishPhase 3（跳过搜索，直接修订） keep跳过（已在 completed_sections）
All sections complete → Phase 4 (export + compile).
HALT 点（4 个）： ① Step 0 格式依赖探测失败（缺 python-docx / pdf 提取器 → 停下给用户装法，不许绕过）；② Step 1 抽取后长度体检异常（<200 字符判源文件损坏、字符数明显偏少 → 停下与用户核实是不是完整稿）；③ Step 2 两层反向核验皆绿后仍须等用户确认 才写 drafts/；④ Step 4 逐节优先级分配（Hard Block ，每节必须有 keep/polish/rewrite/missing 明确标签才能往下走）。
必跑门禁： extract_headings.py（标题真值）→ split_headings.py 或 LLM 拆分 → split_audit.py（Layer1 逐分区比对，exit 0 才进）→ delegate_review.py 的 split_boundary gate（Layer2 LLM 核验，恒跑，不因 Layer1 绿而跳过 ）。
Git Checkpoint (Reusable Pattern) After every state.json update, run this block if git_available: true in outline.md:
git add -A && git commit -m "[review] <MESSAGE>" --allow-empty-message 2>/dev/null || true
If git not available → skip silently (|| true handles clean-tree case too).
Format: [review] Phase X.Step: <description>. 📖 消息表 + Rollback 命令详见 references/git_rollback.md。
Phase 1.5: Research Gap Identification（Write Mode only）
📖 完整步骤详见 docs/phase_1_5_research_gap.md，进入本阶段必须读取该文件执行。 （Write Mode only；Polish Mode 跳过。）
Entry: Read outline.md + state.json；phase ≥ 1.6 → 已完成，skip。Phase gate：state.json 不存在 → HALT ，先完成 Phase 0。
步骤概要： 0 定 RQ/PICO（写入 outline.md）→ 1 state_manager.py init-index + 探索性检索（串行 ≥1s，逐篇 citation_guard.py，gap 只能由 verified 文献推出、禁脑补）→ 2 识别四类信号写 data/research_gap.json（candidate_topics/hotspots/controversies/gaps + novelty_risk）→ 3 DoD 盲检 → 4 set-phase 1.5 + Git Checkpoint → HALT → 5 选定主线落盘（selected 标记 + outline.md 主线锚点 + 再补 Checkpoint）。
HALT 点（2 个）： ① phase gate（state.json 不存在）；② 展示 candidate_topics/gaps/novelty_risk 等用户确认选题方向，确认后必做主线落盘。
必跑门禁： citation_guard.py（逐篇 verified）；gate research-gap-dod 独立subagent盲检（delegate_review.py pack/verify --checklist "[DOD_CHECKLIST]"，fail-closed，未过不得声明完成）。
Phase 1.6: Benchmark Review Library + Framing Guide（Write Mode only）
📖 完整步骤详见 docs/phase_1_6_benchmark_framing.md，进入本阶段必须读取该文件执行。 （Write Mode only；Polish Mode 跳过。）
Entry: Read outline.md + state.json；phase ≥ 1.7 → 已完成，skip。Phase gate：phase < 1.5 → HALT ，先完成 Phase 1.5。
步骤概要： 1 检索 5–10 篇近年同领域对标综述（串行 ≥1s，每篇走 citation_guard.py 验证、禁编造）→ 2 建 data/benchmark_reviews.json → 3 提炼 data/framing_guide.md（可复用章节框架/论证思路/图文关系/对本综述的具体建议）→ 4 DoD 盲检 → 5 set-phase 1.6 + Git Checkpoint → HALT。产出在 Phase 1.7 建提纲与 Phase 3 搭框架时由 Framing hook 强制复用。
HALT 点（2 个）： ① phase gate（phase < 1.5）；② 展示对标库与 framing_guide 要点等用户确认，确认后进 Phase 1.7。
必跑门禁： citation_guard.py（对标综述真实性）；gate benchmark-reviews-dod 独立subagent盲检（delegate_review.py pack/verify，fail-closed）。
Phase 1.7: Outline from Research + Structure Sign-off + Collection Tree
📖 完整步骤详见 docs/phase_1_7_outline_signoff.md，进入本阶段必须读取该文件执行。 （Write Mode only；Polish Mode 直接去 Phase 3。）
Entry: Read outline.md + state.json + data/research_gap.json（selected 主线）+ data/framing_guide.md + data/benchmark_reviews.json；phase ≥ 2 → skip。Phase gate：phase < 1.6 → HALT ，回去先做 Phase 1.5 / 1.6。
步骤概要： 1 据调研建提纲（selected gap 为骨架 + framing_guide 框架，Funnel Introduction + Thematic Body ≤2 层）→ 2 显式对齐对标框架 → 3 用户确认提纲、更新 outline.md（含迭代闸：Phase 2 后可回修）→ 结构签字落锁（用户在对话里明确确认提纲后，跑 Phase 0.5 打印的 SIGNOFF_CMD，即 structure_signoff_gate.py 的 confirm 子命令；未落签字则 PreToolUse hook deny 一切 drafts/section_*.md 写入；⚠️ 严禁在用户未确认时自行 confirm，那等于伪造用户签字） → 4 注册 Figure 0 概念框架图 → 6 Zotero 集合树 --init（幂等；--find-root-title exit 4 多根时停下问用户）或 7 init-index（None/EndNote 模式）→ 8 set-phase 1.7 + set-root-key → 9 Git Checkpoint → HALT。
HALT 点（3 个）： ① phase gate（phase < 1.6）；② 提纲确认（Confirm outline with user，确认后才许落签字）；③ 节末 HALT 等用户确认后进 Phase 2。（Zotero 多同名根集合 exit 4 时另需停下问用户。）
必跑门禁： 结构签字落锁（structure_signoff_gate.py，签字绑定大纲指纹，节号/标题/层级/顺序变化须用户重新确认后重签）。
Phase 2: 系统主检索（Systematic Main Search）+ Real-Time Write
📖 完整步骤详见 docs/phase_2_search.md（含 Per-Section Search Loop 全部命令、密度地板、Phase 2.5 去重），进入本阶段必须读取该文件执行。 （探索性检索已在 Phase 1.5 完成，本阶段是系统化主检索。）
Entry: Read outline.md + state.json，跳过已在 searched_sections 的节（检索完成标记，与写作完成的 completed_sections 独立）。开写前 Read data/research_gap.json 取 selected 主线。Phase gate：state.json 不存在或 phase < 1.7（未落结构签字）→ HALT ，先完成 1.5→1.6→1.7。
步骤概要（逐节循环，工具优先级见 § Search Tool Priority，串行 ≥1s）： 每节 ≥10 篇 → append-search-log 记检索日志 → 入库前相关性筛选（不得"搜到即入库"）→ 写库（Zotero --add-batch / None append-literature，字段含 related_sections 数组）→ matrix bootstrap（None/EndNote）→ citation_guard.py --write-back（exit 非 0 不得进下一节；🔴 绝不加 --offline、绝不省 --write-back，这是 Phase 3 盲检 R2b 的唯一证据来源）complete-search（🔴 绝不能用 complete-section）→ Git Checkpoint。全局目标 ≥100 篇；密度硬地板（三级叶子 ≥6 / 四级叶子 ≥3 / 容器父节 ≥1）由 Phase 3 prewrite_gate check3 硬拦。Phase 2.5 去重：⚠️ HALT before dedup ，用户明确 "Continue" 后 [Zotero] 跳过（写入时已去重）/ [None] reindex，然后 set-phase 2 + Checkpoint。
HALT 点（2 个）： ① phase gate（无 state.json 或 phase < 1.7）；② Phase 2.5 去重前（展示总数/预估重复/覆盖节次，等明确 "Continue"）。
必跑门禁： citation_guard.py --write-back（逐节，fail 即停）；state_manager.py append-search-log（可复现性台账）。
Phase 3: Section-by-Section Writing
📖 完整步骤详见 docs/phase_3_writing.md（Per-Section Cycle 十一步全部命令与契约、Polish 分支、Figure Prompt Generation），进入本阶段必须读取该文件执行。
Entry: Read outline.md + state.json，并 Read data/research_gap.json 取 selected 主线（各节不得偏离）；phase < 3（Write Mode）才 set-phase 3，不得把 phase=4 项目回退；跳过 completed_sections。Framing hook（MANDATORY）： 各节搭框架前必须 Read data/framing_guide.md 并对齐（Polish Mode 文件缺失可跳过）。Polish Mode 分支： 按 pending_sections 路由 missing（就地补检索再写）/ rewrite / polish / keep（跳过）；空 → Phase 4。
Per-Section Cycle 步骤概要（每节按序，细节全在 docs）：
Step 0 🔴 prewrite_gate（脚本硬拦）： prewrite_gate.py --section X.X --root .，exit≠0 禁止开写（查上一节完成/大纲就位/矩阵密度地板/占位符清零/本节检索做过 section_search_done/上一节盲检标记 .review_pass/）。逃生口 --allow-no-search / --allow-manual-review（显式理由、留痕）。Step 1-2 加载本节文献上下文（--get-section / matrix focus）；按条件 Round 2 补检索。Step 3 Figure 读+写 figures/figure_index.md。Step 3.5 🧭 引文核证： 备料子代理起草（delegate_write.py pack-prep → .claim_evidence_draft）→ 主会话跑 CITATION_CHECK_CMD（citation_claim_check.py，承重句 contradict/unknown/缺 abstract/未 user_confirmed → fail-closed exit 2）→ AskUserQuestion 逐条确认承重句。Step 4 撰写子代理盲写： delegate_write.py pack-write → 派子代理（references/section_writer_prompt.md）→ verify-write 机械校验 → 落盘 drafts/section_XX_XX.md + new_refs 走 citation_guard.py --require-mcp → resolve-keys 认键翻号 → new_claims 复核（citation_claim_check.py）。子代理派不出时主会话亲写、门禁不变。Step 5 validate_citations.py --fail-on-orphan（孤儿 [N] 即修）。Step 6 轻量自查： 先跑 style_checker.py（high/medium 必改；破折号禁止使用，命中一个即 hard_fail）再对照 references/reviewer_checklist.md D1-D5 自读。🔴 硬约束：这是本技能内部的轻量质量 checklist，不是 reviewer-simulator 技能。禁止调用或进入 reviewer-simulator 技能，禁止逐节生成任何 HTML 审稿报告（report_*.html 或其他报告文件）。 Step 7 word_counter.py 字数检查（用户自定短篇则尊重用户）。Step 8 state_manager.py complete-section（MANDATORY）。Step 9 Git Checkpoint。Step 10 🔴 manuscript-dod 独立盲检（不得主 agent 自评）： delegate_review.py pack → 派独立subagent → verify --section --root（fail-closed；通过落 .review_pass/<节>.json 供下一节 prewrite_gate 硬校验）。25 项含 R2b 联网核验（check_online_verified.py）、R21 proofread.py 机器硬门、R20/R22 软报告。修复循环最多 2 轮，仍败 → HALT 交用户。盲检跑不起来 → 逃生口 --allow-manual-review（人工核过再放行，禁自问自答冒充）。Step 11 📋 DoD 结论摆出 + HALT： 逐项列盲检 verdict + 本节 summary，等用户 "Continue" 才写下一节。 HALT 点（2 个/节 + 1 个兜底）： ① Step 10 修复 2 轮仍失败 → HALT 交用户裁决；② Step 11 每节完成必 HALT 等 "Continue"；（Step 3.5 承重句被拦时 AskUserQuestion 逐条等用户裁决。）
必跑门禁（每节）： prewrite_gate.py（Step 0）→ citation_claim_check.py（Step 3.5/Step 4 复核）→ delegate_write.py verify-write（Step 4）→ validate_citations.py --fail-on-orphan（Step 5）→ style_checker.py（Step 6）→ word_counter.py（Step 7）→ manuscript-dod 盲检 + proofread.py R21（Step 10）。
全节完成后： Figure Prompt Generation 一次性生成 figures/figure_prompts.md（配图 opt-in 默认关，见 docs）。
Phase 4: Export & Finalization Start: Read outline.md + state.json. If state.json shows phase=4 and completed=true, skip.
⚠️ MANDATORY entry gate: block Phase 4 when pending sections remain (Polish Mode):
python3 scripts/state_manager.py check-pending
Write Mode has no pending_sections field so this gate is a no-op (no key → empty dict → pass).
⚠️ HALT before Round 3 sweep. Show user:
Sections to search: [list from outline.md]
Estimated: ~5–10 new preprints per section
Ask: "Proceed with Round 3 preprint sweep? (yes / skip)"
Do not proceed until explicit user answer. If "skip" → record "round3_papers": 0 in state.json and jump to Step 2.
Round 3 search: Scan arXiv/preprints (last 6 months) for each section topic → add to relevant sections.
Citation consistency + online validation:
Polish Mode guard (skip Steps 2a–2b when EITHER condition below holds; on hit, append Citations not validated — manual review required. to outline.md Current Status):
# Empty index — no citations to validate
python3 -c "import json,pathlib; p=pathlib.Path('data/literature_index.json'); exit(0 if (not p.exists() or len(json.loads(p.read_text(encoding='utf-8') or '[]'))==0) else 1)" && echo "GUARD: empty index → skip 2a-2b"
# OR state.json marks citations as not imported
python3 -c "import json,pathlib; s=json.loads(pathlib.Path('state.json').read_text(encoding='utf-8')); exit(0 if s.get('citations_imported') is False else 1)" && echo "GUARD: citations_imported=false → skip 2a-2b"
引用总量校验（警告性，不阻断；尊重用户自定的短篇长度）:
python3 scripts/state_manager.py count-citations --drafts-dir drafts --threshold 150
类型分布（人工核对）： literature_index.json 未记录 Original/Review/Preprint 类型字段，无法机器统计。AI 对照 Constraints §2 的软目标 （按学科浮动、类型配比按论点性质、预印本按需）人工抽查 index，明显失衡时提示用户；不按固定配额卡数。
python3 scripts/check_global_citation_sequence.py
python3 scripts/validate_citations.py --live --live-used-only --fail-on-orphan --fail-on-live --fail-on-trace --retries 2
# 🔴 --fail-on-live / --fail-on-trace 必带：不带时联网核验失败（编造 DOI 打 404）
# 只打 [LIVE-FAIL] 行而退出码仍为 0，会被误读成通过。
# Final citation guard pass: write verification results back to index
python3 scripts/citation_guard.py \
--index data/literature_index.json \
--log data/citation_guard_report.json \
--write-back \
--manual-review data/manual_review_queue.json
If non-zero exit → list all gaps; block compilation until resolved.
--write-back: persists verified:true/false fields into literature_index.json for traceability.
--manual-review: writes unverifiable entries to data/manual_review_queue.json for human check; does NOT block compilation unless --require-mcp is also set.
【P4·文献抽验·用户必做】 综述的命是引文。文献进正文前用户应抽 2-3 篇让 AI 报 PMID/DOI 自己去 PubMed 核对。⚠️ 你在 Windows 上 edirect 联网核验常跑不起来（本 SKILL 已注明 edirect 在 PowerShell/CMD 不可用），一旦不能真的联网查，AI 必须停下告诉用户，绝不许硬着头皮编 DOI/年份 。validate_citations.py --live 跑不起来时明说「联网核验不可用」，不许自判通过。
Export bibliography:
[Zotero] python3 scripts/zotero_manager.py --export-bibtex \
--output exports/references.bib --root-key ROOT_KEY
[None/EndNote] python3 scripts/export_bibtex.py \
--input data/literature_index.json \
--output exports/references.bib \
--clean
Compile: Merge all section drafts in correct order（跑这条，跨平台 ）:
python3 scripts/compile_manuscript.py merge --drafts-dir drafts --out exports/Final_Review.md
# 按文件名数字段排序合并，强制写 UTF-8 无 BOM；打印实际合并了哪些节，核对是否为大纲顺序。
# 非 zero-pad 文件名也能排对，但建议统一：mv drafts/section_1_1.md drafts/section_01_01.md
🔴 别用 shell 重定向合并。 POSIX 下的等价形态是 cat drafts/section_*.md > exports/Final_Review.md（仅供理解本步在做什么）；PowerShell 下绝对不要跑它 ——PowerShell 5.1 的 > 默认写 UTF-16LE，而下游 consolidate_references.py / structure_outline.py / export_docx.py 全是 read_text(encoding='utf-8')，会当场 UnicodeDecodeError，Phase 4 从 4a 起全线崩。上面的脚本没有这个问题。
导出范围注记： Markdown（exports/Final_Review.md）是中间产物；最终 docx 由本技能 Step 5d 的 scripts/export_docx.py 产出。字符级排版契约里的上下标 ^...^/~...~ 通过 pandoc 的 +superscript+subscript 扩展转换，正文/标题字体（Times New Roman、标题加粗）由 templates/reference.docx 锁定（该模板由 scripts/make_reference_docx.py 烘焙）。图注和表注比正文小一号锁 10pt，摘要走独立样式层同样 10pt。
4a. Consolidate references into ONE global list (run immediately after the cat merge):
python3 scripts/consolidate_references.py \
--md exports/Final_Review.md \
--index data/literature_index.json
写作阶段（Phase 3 规则 7）每节自带 ## References 是自包含核验用 ，保证每节引用都能当场对账。cat 拼接会把这些每节列表全部塞进最终稿，导致 docx 出现多个参考表。本步把正文里散落的所有每节 ## References 块剥掉 ，按全局编号 [n] 升序在文末重建唯一一个 ## References（Vancouver 条目来自 literature_index.json）。脚本幂等；若某 [n] 在 index 查不到，stderr 警告但不阻断导出（退出码仍 0），按需补 index 后重跑。
4b. Cross-section coherence scan (on compiled exports/Final_Review.md):
Read the full compiled text sequentially and check:
Transition continuity: The opening of each section/subsection must logically connect to the closing of the previous one. Flag abrupt topic jumps with no bridging sentence.Cross-references: If Section 3.2 discusses a mechanism introduced in Section 2.1, it should contain an explicit reference ("as discussed in Section 2.1" or equivalent). Flag implicit back-references that assume the reader remembers without a pointer.
Final word count: Verify total ≥ target in outline.md.
5b. 结构化"未来方向/开放问题"段（强制，Phase 4 交付前）：
若结论节不含独立 Future Directions 段，在此强制补写并插入 exports/Final_Review.md + 反向同步到最后一节 drafts/section_XX_XX.md。
规则：≥3 条具体可操作方向，每条含 gap 原因 + 突破路径，不引入正文未建立的概念。
📖 格式模板详见 references/writing_guidelines.md §6。
5c. 元数据块（导出前补全）： 在 exports/Final_Review.md 末尾追加 Manuscript Metadata 块（search cutoff / databases / COI / funding）。
📖 字段模板详见 references/writing_guidelines.md §7。
5d. 导出 docx（最终交付物）： 所有 md 修复（4b/4c/5/5b/5c）完成后，将 exports/Final_Review.md 编译为 exports/Final_Review.docx：
python3 scripts/export_docx.py --md exports/Final_Review.md --out exports/Final_Review.docx
# 若使用 BibTeX/CSL 渲染参考文献，追加：--bib exports/references.bib [--csl style.csl]
样式由 templates/reference.docx 锁定（正文 Times New Roman 12pt、标题 TNR 加粗），上下标 ^...^/~...~ 经 pandoc +superscript+subscript 转为真实上下标。pandoc 缺失时脚本会报清晰错误并退出。
Update state.json (merge, do NOT overwrite):
python3 scripts/state_manager.py set-phase --phase 4 --completed true
phase and completed are mutated; completed_sections, mode, pending_sections, zotero_root_key, citations_imported are preserved untouched.Git Checkpoint (见复用块, msg: [review] Phase 4: export finalized)Update outline.md current status section (human-readable summary). 进入 Phase 5（投稿包）。 Phase 4 导出完成后不直接结束，继续生成投稿材料。
Phase 5: Submission Pack
📖 完整步骤详见 docs/phase_5_submission_pack.md（强制/询问分级表、投稿包各件写法与产出路径），进入本阶段必须读取该文件执行。 （Write 与 Polish 两模式都执行。）
Entry: Phase 4 导出完成后（phase=4, completed=true）。Read outline.md + state.json；phase=5, completed=true → skip。Phase gate：phase < 4 或 Phase 4 未 completed → HALT ，先完成 Phase 4。
进入本阶段必读： references/submission_checklist.md、references/cover-letter-guide.md（写 cover letter 前必读）、references/presubmission_checklist.md（soft 提醒不阻断）。
步骤概要： 1 逐项询问（通讯作者/ORCID/CRediT/COI/Funding/致谢/是否要 Highlights·Suggested Reviewers，不静默留白）→ 2 生成投稿包写入 exports/（cover_letter/title_page/author_contributions/coi_statement/funding/data_availability/keywords/acknowledgements 等；🔴 cover letter 的 scope 契合段强制：用户未给目标刊 Aims & Scope 原文则停下索取、不编造 ；Suggested Reviewers 严禁伪造邮箱）→ 3 合规核对（ICMJE 署名、COI 回避；narrative 综述伦理/注册号标 N/A）→ 4 DoD 盲检 → 5 set-phase 5 --completed true + Git Checkpoint → 交付清单。
HALT 点（2 个）： ① phase gate（phase < 4 或未 completed）；② scope 原文缺失时停下向用户索取。
必跑门禁： gate submission-pack-dod 独立subagent盲检（delegate_review.py pack/verify --checklist "[DOD_CHECKLIST]"，fail-closed，未过不得声明完成）。
Reference Manager Modes Three modes: Zotero （推荐，实时写入）/ None （纯本地 JSON + BibTeX）/ EndNote （同 None，最后手动导入）。
📖 各模式详细说明见 references/citation_styles.md § Reference Manager Modes
Edge Cases
📖 完整列表详见 references/edge_cases.md
Issue Handling Zotero API key invalid / 403 error Re-run save-credentials with a fresh key; do NOT proceed until --status returns ✅ Mid-search crash state.json searched_sections tracks search progress; resume skips done PubMed CLI + paper-search MCP both unavailable HALT; suggest install edirect or enable paper-search MCP; do NOT fallback to websearch/tavily
Scripts Reference
📖 完整 CLI 参数和用法详见 references/scripts_reference.md
19 个活跃脚本（[project]/scripts/，Phase 0 init 时全量镜像 scripts/*.py，除 test_*.py 与 init_project.py）：
zotero_manager.py | state_manager.py | matrix_manager.py | word_counter.py | validate_citations.py | citation_guard.py | check_global_citation_sequence.py | export_bibtex.py | prewrite_gate.py | delegate_review.py | style_checker.py | proofread.py | abbreviation_consistency.py | compile_manuscript.py | consolidate_references.py | export_docx.py | make_reference_docx.py | citation_utils.py（import-only） | citation_guard_core.py（import-only）
scripts/init_project.py 是 Phase 0.5 一次性脚手架（从 SKILL_DIR 运行，不复制进项目），负责创建目录/全量镜像上述脚本/写 state.json+outline.md/git init。state_manager.py 新增 set-phase / complete-section / complete-search 子命令管理 workflow state.json（complete-search 写 Phase 2 的 searched_sections，与写作完成的 completed_sections 分开）。
Interaction Rules
Read outline.md + state.json at the start of EVERY phase and EVERY section loop.State update is mandatory: Update state.json immediately after every section and phase change.Step-by-step stop: HALT after each section. Output summary. Wait for "Continue".Anti-Flattery: Objective only.Reverse Questioning: Challenge user assumptions when warranted.Point-by-Point Reply: Address every query, no skipping.
发现 AI 跳步/漏做了怎么办（用户自救） 怀疑 AI 偷工减料时，直接把下面的话贴给它（可复制）：
「查进度：把 state.json 当前 Phase、drafts/ 下已完成的节、research_gap.json / benchmark_reviews.json 在不在，逐一报我」（不在=跳了 Phase 1.5/1.6）
「对每条用到的引用跑 validate_citations.py --live --live-used-only，把原始输出贴我；--live 跑不起来就直说『联网核验不可用』，不许自判通过」
「每写完一节该停下让我验收，别一路写到底」
Argument arc: The review's overall narrative should follow the outline's intended logic (e.g., "background → mechanisms → applications → challenges → future"). Flag sections that repeat points already made elsewhere or contradict earlier conclusions without acknowledging the contradiction.
Introduction funnel check: Introduction must narrow from broad field → specific gap → this review's contribution. Flag introductions that jump directly to specifics without establishing context.
Conclusion echo check: Conclusion must directly address the Research Question(s) from outline.md and reference key findings from body sections. Flag conclusions that introduce new claims not supported in the body.
If violations found → AI fixes inline in exports/Final_Review.md, adds transition sentences or cross-references, and propagates changes back to source drafts/section_XX_XX.md. 4c. Abbreviation consistency scan （先跑脚本硬门，再做脚本盖不住的人工补查）：
python3 scripts/abbreviation_consistency.py --drafts-dir drafts
参数别照抄 gsw ：本家这份脚本只认 --drafts-dir（--help 实测），不认 gsw 那份的 --root，照抄会当场 argparse 报错。扫 drafts/**/*.md（重复定义要靠跨文件比对，故喂 drafts 而非编译后的单文件；merge 衍生物已自动排除）。检测 ① 重复定义 同一缩写在多个 draft 文件首次定义；② 未定义就用 裸用 ABBR 且全稿无内联定义、又不在通用白名单（DNA/RNA/PCR 等自动跳过）；③ Title 出现缩写 。阻断 ：exit 非 0 → 逐条按 ABBR_CHECK_FAIL 修 drafts/section_XX_XX.md，改完重跑至 exit 0，未过不得进 4d/导出。
以下为脚本未覆盖、须人工补查的部分 (on compiled exports/Final_Review.md)：
Scan for all uppercase sequences ≥2 chars (candidate abbreviations) and parenthetical definitions like Full Name (ABBR) or 中文全称（英文全称, ABBR）.
Check: Every abbreviation used bare (without parenthetical definition) in the text must have exactly ONE prior definition. Flag: (a) undefined abbreviations, (b) abbreviations re-defined in multiple sections, (c) abbreviations defined but never used again.Generate exports/abbreviation_list.md table (see format in references/writing_guidelines.md §4 Abbreviation Management).
Title and abstract must not contain unexpanded abbreviations (except universally known: DNA, RNA, PCR, HIV, WHO, FDA).
If violations found → list them; AI fixes inline in exports/Final_Review.md and propagates back to the source drafts/section_XX_XX.md.
4d. 交叉引用核查（xref，三层 · 报告式软门 · HALT 交用户裁决） (on compiled exports/Final_Review.md)：
查正文里"见图 5 / 见 3.3 节 / 见表 2 / as discussed in Section 2.1 / as shown in Figure 1"这类显式指向 的目标存不存在、指得对不对。综述是交叉引用密度最高的稿型（Figure 0 要求每节都引，4b 还会新写 指向句），而现役对此零覆盖：validate_citations.py 管文献 [N]、4a 管参考表合并、4b 管"隐式回指缺指针"、R11 只问"引没引框架图"——四者与本步零重叠，都不改判据、不合并。本步必须排在 4b/4c 之后 （4b 新写的指向句正是最该抓的那批）。
① 合成语料（本步开头无条件覆盖重建，幂等） ：综述的图题注登记在 figures/figure_index.md、按设计不在成稿里 （Phase 4 Step 4 的 cat 编译一个字不改，题注不塞进成稿），直接把成稿喂第 1 层 = 每张注册过的图都被判悬空 = 100% 系统性假阳 （再被第 3 层"找不到定义处→confirmed"全部坐实）。故先把注册题注行拼到成稿前面：
python3 scripts/compile_manuscript.py xref-corpus \
--figure-index figures/figure_index.md --body exports/Final_Review.md --out tmp/xref_corpus.md
# 🔴 这里是 --body（成稿），不是 --manuscript：下面第 1 层的 --manuscript 只准指
# tmp/xref_corpus.md，两者抄混就是 100% 系统性假阳。
# 幂等覆盖重建；自动按下面的错误契约处理（figure_index 缺失→退化为纯正文且不报错、
# 成稿缺失→报错退出）并打印「注册 N 条、进锚 M 条」，N>M 时逐条列出写歪的原行。
🔴 别用 bash 那套。 POSIX 下的等价形态是
mkdir -p tmp + { grep -E '^##[[:space:]]*Figure[[:space:]]*[0-9]+[[:space:]]*[.:：]' figures/figure_index.md; cat exports/Final_Review.md; } > tmp/xref_corpus.md（仅供理解取法：行首 ## + Figure + 编号 + 分隔符的注册标题行）；PowerShell 下不要跑它 ——无 grep、不认 [[:space:]]、不认 { …; } 分组，且 > 写 UTF-16LE。这不是崩、是静默产假数据 ：按下面的错误契约「grep 空匹配 exit 1 属正常、不得中断本步」，grep 不存在时语料会退化成纯正文 → 每张注册图都判悬空 → 正是本步开头写的「100% 系统性假阳」。上面的脚本内置同一形态的判据，跨平台一致。
分隔符类 [.:：] 必须含全角冒号 ：## Figure 0：概念框架图 这种全角注册行若被筛掉就根本进不了语料 ，④ 护栏 3 的回查再怎么写也看不到它（对该形态是死代码），而 Figure 0 是要求每节都引的框架图 —— 一条写歪的注册行会稳定产一条假阳。收进语料后第 1 层仍认不出 它（英文 Figure N 题注正则只认半角，中文 图 N 才认全角），caption_found 仍为 false，由护栏 3 逐条回查兜住。
该修正的已知副作用（无害，但别当成 bug 查） ：全角注册行既然不被题注正则识别，就不会进 caption_rows ，于是会被当成一条标题、多抽出一条 number=null 的假 section 锚 （实测 SEC [(None,'Figure 0：概念框架图'), ('2.1','Results')]）。这使「喂题注前后 sections 逐条相同」这条不变式只在全部注册行都用半角分隔符时成立 。假 section 无编号，且第 2 层通读时一眼能看出那是图题注不是小节标题 → 不产假阳 ，只是 outline.json 的候选清单多一条噪声。
只取匹配 ^## Figure N: 的注册标题行、绝不 cat 整份登记表 （整份会多出一条假 section「Figure Index」，且 - Type:/- Section:/- Key Message:/- Caption:/- Node mapping: 五类登记字段行会被当成正文里的图/节引用）。表题注就写在正文里、不需要合并，别把表也塞进本流程。 落点固定 tmp/xref_corpus.md、outline.json 落项目根，两者绝不落 drafts/ （drafts/section_*.md 是 managed_globs，写进去会被 signoff hook 拦下）；本步只读 exports/，不写 exports/ 下任何文件 （正文修改只发生在 HALT 后的用户裁决环节）。
错误契约 ：figures/figure_index.md 缺失 → grep 空匹配 exit 1 属正常，语料退化为纯正文、不得因这个非零退出码中断本步 （图类会因锚不可用自动整类 skip）；exports/Final_Review.md 缺失 → 报错并停（Step 4 还没跑，属流程错序），不得产出空语料静默通过。登记表有 N 条注册项而只有 M 条进锚 → 在本步 advisory 里列出"注册 N 条、进锚 M 条"，提示用户按 ## Figure N: Title 模板修正。计数口径（写死，免各跑各的） ：N = figures/figure_index.md 里所有 ^## 开头且含 Figure + 数字的注册标题行数 （不论用什么分隔符，含 -、破折号、无分隔符等一切写法）；M = 上面 grep 实际命中的行数 （即真正进语料的题注行数）。N > M 就报，差的那 N−M 条逐条列出原行，让用户看得见哪一行写歪了。
② 第 1 层 确定性结构锚 ：
python3 scripts/structure_outline.py --manuscript tmp/xref_corpus.md --project-root .
产 ./outline.json（sections/figures/tables/items 四类真实存在的结构锚 + summary）。退出码 0 = 正常（含空稿；四类为空数组是合法结果，不是失败，本步照常继续） 、2 = 用法/输入错 （文件不存在、后缀不支持）。该脚本与 _shared/ byte-identical、5 家共享，一个字节不许改 （中文 如图 1 所示 已被现役正则正常捕获，不需要为它改）。
③ 锚可用性门（第 2 层开跑前的确定性前置判定，主 agent 算好写进 prompt） ：
figures_anchor_available = any(f["caption_found"] for f in outline["figures"])
tables_anchor_available = any(t["caption_found"] for t in outline["tables"])
items_anchor_available = False # 🔴 写死的常量：条目类整类不做，与第 1 层抽到什么无关
# 节类没有对应的布尔量：它的可核性是语义判断，由第 2 层通读全文定（见下条）
某类 *_anchor_available == false → 该类交叉引用一律强制 skip：不产 finding、绝不标 uncertain、绝不报 missing_target、绝不送第 3 层反向验证 ；并在本步末尾产一条 advisory「X 类锚不可用，X 交叉引用未核，需人工过目」（强制 skip 不等于静默放过，用户必须知道哪一类没核）。
为什么禁 uncertain 而不是"标 uncertain 走人工" ：uncertain 与 missing_target 共用第 3 层同一条极性模板（"连定义处都找不到 → pass=confirmed"），锚不可用时目标本来就没有定义处 → 每条 uncertain 都会被自动坐实成 confirmed → 假阳 HALT。这与补充材料 S 前缀是同一个形状的坑，处置必须一致。
🔴 节类不设确定性锚门，outline["sections"] 降级为"候选清单" ：不作真值、不做门、不据它算任何布尔量。原因是第 1 层根本分不清"章节标题"和"正文编号列举"——实测一份标题全无编号的稿，正文写了 1. 代谢物通路 / 2. 免疫通路 就抽成 SEC [(None,'综述标题'),(None,'背景'),('1','代谢物通路'),('2','免疫通路')]，任何基于它的门都被翻真。节类的可核性与逐条判定，全部由 ④ 第 2 层子代理通读全文决定 （它能看到 markdown 结构、代码围栏、上下文）；子代理通读后认为全稿没有编号小节标题 → 节类整类 skip + advisory 。🔴 判据层级要匹配问题性质（本轮的架构修正，留档） ：节标题的识别是语义判断，不做机器判据 ——历史上用字符规则做过三轮，被正文编号列表 → 中文顿号 1、代谢物 → 孤立单条编号 → 多级列举 2.1/2.2 → 围栏代码块里的 # 注释 逐一击穿（形态是开放集合，规则永远追不上），别再放回来 。图/表能用确定性判据，是因为它们的锚来自作者亲手声明的实物 （figures/figure_index.md 登记表、正文里的 Table N: 题注行）→ 回查等于查表；节没有这种产物 （本技能不要求标题带编号）→ 判定本质是"读懂这份文档的结构"，必须交给能看懂上下文的那一层 。这与本技能一贯分工一致：脚本抽弱锚（确定性、可回归测试），LLM 做语义判断。三类的实情 ：图 ——题注在成稿外，靠 ① 合并语料才查得了；Polish 模式登记表为空 → 整类 skip。表 ——一等公民 ，题注就写在正文里、直接抽（systematic 档强制四类表：exclusions-with-reasons / RoB / effect / SoF，量大且核心）；作者一张表题注都没写才 skip。节 ——无确定性门，全交第 2 层通读（上两条）。🔴 条目类恒 skip ：items_anchor_available = False 是常量，outline["items"] 不读、不喂给第 2 层 。条目编号（(1)/（1）/① 这类）的交叉引用本轮一律不核 ——第 1 层的判据是"编号后是否紧邻实词"，而门要的是"这是定义还是引用"，两者正交（(1)中枢神经系统是定义、(2)中已说明是引用，同为行首、同一个"中"字），字符级规则区分不了；换判据得改 5 家 byte-identical 的脚本 → 本轮不可通。属
④ 第 2 层 独立检测子代理（fresh context、非作者自评） ：派一个没参与撰写 的独立子代理（TaskCreate/spawn_task），只喂 ./outline.json（去掉 items 字段）+ tmp/xref_corpus.md，不给撰写过程上下文、不给 outline.md 提纲、不给作者意图 （防继承作者确认偏误 → 系统性假阴）。逐条指向型表述判存在性 （目标编号在不在 → missing_target）与语义对应 （编号在但指错内容 → semantic_mismatch），拿不准标 uncertain 不硬判。真值口径分两类，别混 ：图/表 ——outline.json 的 figures/tables 是权威真值 （锚来自作者亲手声明的登记表/题注行），不得凭记忆假设稿里有某张图；节 ——outline.json 的 sections 只是候选参考 ，以通读全文的结论为准（护栏 1b）。产出 schema [{"ref_id","citing_location","cited_target","issue_type":"missing_target|semantic_mismatch|uncertain","evidence_quote","outline_says","finding","severity"}]（severity 仅信息字段，HALT 不按它路由 ，所有 confirmed 一律交作者裁决）。三道护栏逐条写进 prompt：
护栏 1 · 锚可用性门（图/表/条目三类） ：③ 算出的布尔量原样写进 prompt，取 false 的类别一条都不许报 （含绝不标 uncertain ）。items_anchor_available 恒 false，prompt 里同时写死：「条目编号（(1)/（1）/① 这类）的交叉引用本轮一律不核：不产 finding、不标 uncertain、不报 missing_target、不送反向验证。outline.json 的 items 字段不作为真值，忽略它。」🔴 护栏 1b · 节类判断指引（不是机器判据，逐条写进 prompt） ：
「通读 tmp/xref_corpus.md 全文，自行判断哪些行是真正的小节标题 ——你能看到 markdown 结构、代码围栏和上下文，这件事只有你做得了。
下面三类不是 章节标题，别把它们当小节：(a) 正文编号列举 （1、代谢物通路 / 1. 免疫通路 / 2) 临床转化，中文列举常不加空格）；(b) 围栏代码块（…）内以 # 开头的行 ——# 在 bash/python 里是注释符不是标题，systematic 档登记 PubMed 检索式时很常见；(c) 行内提及 （句子中间出现的编号）。
outline.json 的 sections 只是候选参考、不是真值 ，它由脚本按字符规则抽取，分不清标题和编号列举；与你的通读结论冲突时，一律以通读为准 。
判不准就交人工 ：某条节引用你无法确定目标小节是否存在，标注出来交用户过目，不要猜 ——宁可交人工，不要产假阳。附录编号（
⑤ 第 3 层 反向验证（gate=xref-verify，fail-closed） ：每条 missing_target/semantic_mismatch/uncertain 过 delegate_review.py（不改它一个字节，只调用其打包/校验两步 ；--gate 是 checklist 内的自由 key，不查 gate_registry ）。动态合成 ./xref_verify_checklist.json：{"skill":"review-writing","gates":{"xref-verify":{"title":"交叉引用一致性·反向验证","items":[{"id":"xref-001","name":"<cited_target 摘要>","check":"<按下方极性模板逐字填>"}]}}}；item 只放 cited_target + evidence_quote + issue_type + 核验所需原文切片（绝不放第 2 层的 finding 措辞/理由、也不放 outline.json ，防带节奏），默认硬项。按 issue_type 分流喂料 ：missing_target/uncertain 的 item 待检文件给合成语料 （含题注的完整语料，让核验人独立回源检索该编号到底有没有定义处）——给成稿的话每条图引用都会因"成稿里本来就没有题注"被错误确认为悬空、这层等于失效；semantic_mismatch 的 item 按类别拆开喂 ——图/表 ：引用处上下文切片 + outline.json 里该编号的标题/caption（那是权威真值，锚来自作者亲手声明的登记表/题注行）；🔴 节 ：只给引用处上下文切片 + 第 2 层通读认定的那条小节标题行原文 （原样引自 tmp/xref_corpus.md），绝不给 outline["sections"] 。
为什么节类要拆（与 ④ 的真值口径一致） ：outline["sections"] 是被正文编号列举污染的候选清单 ，不是真值——正文写了 1. 代谢物通路，喂过去就等于告诉核验人"第 1 节的标题是代谢物通路"这个脚本编造的事实 ，他据此判"内容明显无关 → pass=confirmed"，第 3 层不但没兜住、还成了假阳共犯。护栏 3 的通读只管第 2 层报不报，管不到报出来之后喂什么，所以这里必须单独拆。
措辞留档（勿"顺手还原"，会致测试红） ：上一段刻意写成"只调用其打包/校验两步"，而不是更顺口的"只 pack/verify"——验收考卷把"同一行里既出现该脚本名、又出现 pack 字样"的行一律当成打包命令行 来断言（要求该行含 tmp/xref_corpus.md），散文里同现会误伤致红。契约本身没被削弱（真正的命令行在下面的代码块里），改这段措辞前先看这条。
🔴 check 逐字用极性模板（禁占位符、禁自由发挥，{编号} 处填 cited_target） ：
missing_target/uncertain："到给你的原稿全文里，找得到编号「{编号}」的定义处 吗？定义处专指：图/表的图注行（以『Figure {N}』『图{N}』『Table {N}』『表{N}』开头、后接说明文字的 caption 行），或该编号的小节标题行（如独占一行的『3.2 方法』）；把它当引用来提及的句子不算定义处 （如『见 Figure 3』『as shown in Figure 3』『详见 3.2 节』这类指向句，即便含该编号也一律不算）。只有连定义处都找不到（该编号只被引用、从未被定义）才判 pass；只要找到定义处就判 fail，并逐字引出该定义/caption 行。"
semantic_mismatch："正文该引用处的具体断言，与目标「{编号}」的标题/caption 是否明确无关？只有'正文明确断言见 X 讨论了 Y、而 X 根本不涉及 Y'这种明确错位才判 pass；若只是笼统指向或目标标题能合理概括该引用，一律判 fail。"
⑥ HALT 与清理 ：命中 confirmed → HALT 交用户裁决 ：打印全部 confirmed（cited_target + 引用处原文切片 + evidence），暂停 Phase 4、交用户逐条裁决，就地改 exports/Final_Review.md 并反向同步回 drafts/section_XX_XX.md（与 4b/4c 同节拍），重跑 4d 至无 confirmed 再进 Step 5。不 auto-block 硬拦、不静默放过。 清理两态：本步无 confirmed、放行下一步时 rm -f tmp/xref_corpus.md （tmp/ 未进项目 .gitignore，不删会被 Step 7 的 git checkpoint 收进去）；命中 HALT 时保留语料 （用户要照着它核对），处置后重跑本步会重建再删。outline.json 保留供诊断。
已知限制
A.1
附录 A
Appendix B
🔴 两种情况整类 skip（类级出口，不逐条判）
(a)
全稿根本没有编号小节标题
## 背景
(b)
编号体系不完整或不一致
Section 2.1
不产任何 finding、整类 skip
护栏 2 · 补充材料 S 前缀 ：补充材料引用（S 前缀编号，如 Figure S1/Table S3/见图 S22/Supplementary Fig. 5）不在 outline 范围内 ——正文稿抽不到补充文件的定义，此类一律强制 skip 丢弃（不产 finding、绝不标 uncertain、绝不报 missing_target、绝不送第 3 层反向验证） （否则走 uncertain 支会连同 missing_target 一起被送第 3 层，而补充材料图注天然不在主文 → 第 3 层"连定义处都找不到→pass=confirmed"把整份补充材料 S1–Sn 批量假报为悬空、假阳 HALT）。⚠️ 实测落实说明：Figure S1/Table S3 因 S 挡住数字捕获，第 1 层天然抽不到、无害；但 Supplementary Fig. 5 里的 Fig. 5 会被第 1 层正常捕获成 Figure 5 假锚🔴 护栏 3 · 定义形态逐条回查（三类通用，防第 1 层漏抽造成的假悬空） ：判任何 missing_target 前——图、表、节三类一视同仁，不分类别 ——必须先到 tmp/xref_corpus.md 里回查该编号的定义形态 ，命中任一即不报 （改判无问题）；只有连一处定义形态都找不到，才允许判该编号悬空。判据要泛化、不是逐例枚举。
🔴 节类的适用范围更宽、且判法不同：任何节类 finding（含 semantic_mismatch，不只 missing_target）都要先回查 ，但回查方式是通读，不是套判据 ——「判任何节类问题前，先通读一遍全文确认：这个编号有没有在某个真正的小节标题 里出现过？（outline.json 的节锚会被正文编号列举污染，正文写 1. 代谢物通路 就会多出一条 ('1','代谢物通路') 的假节锚，拿它当真值判'编号在、但指的内容对不上'同样会假阳。）确认出现过 → 不报存在性问题；确认没出现过 → 才可报；确认不了 → 交人工，不要猜 。」图/表的定义形态（题注行） ：该行去掉行首的任意组合修饰 后，以 Figure N / Table N 开头且后接冒号或句点，即算题注。行首修饰含（但不限于）# 标题标记、> 引用块、-/*/+ 列表符、**/*/*** 强调标记、任意空白；分隔符含半角 : . 与全角 ： 。；题注可位于图/表的上方或下方 （题注扫描逐行、位置无关）。已实测第 1 层认不出、必须靠本护栏兜住的形态：粗体 **Table N: …**、斜体/粗斜体 *Table N: …* / ***Table N: …***（Word 转 md 常见）、前缀式 **Table N.** 说明（编号后跟句点、强调只包编号，投稿模板高频）、全角冒号 Table N：…。别把回查写成只匹配这四例 ——枚举必漏，按上面的泛化判据实现。advisory 里顺带提示用户"表题注别加粗，写成 Table N: 说明 或 #### Table N: 说明"。节没有"定义形态"判据，别去补一个 ：节标题的识别是语义判断，交第 2 层通读（护栏 1b）。理由见 ③ 的「判据层级要匹配问题性质」。
降级 ：派不出真正独立的子代理 → 照盲评降级告警，不得自问自答冒充 ，标注"交叉引用未经独立检测"交用户人肉核。python3 scripts/delegate_review.py pack --checklist xref_verify_checklist.json --gate xref-verify --files tmp/xref_corpus.md --workdir .
python3 scripts/delegate_review.py verify --checklist xref_verify_checklist.json --gate xref-verify --workdir .
🔴 禁传 --section / --root（跨阶段污染） ：校验全过且提供了 --section 时，会往 <root>/.review_pass/<section>.json 落"该节盲检通过"标记，而那正是 Phase 3 prewrite_gate 的硬校验依据——等于用 Phase 4 的 xref 核查伪造 Step 10 manuscript-dod 的逐节盲检通过 。跑完本步 .review_pass/ 必须零新增文件。
独立空白子代理（无撰写上下文、不给 outline、不给第 2 层 reasoning）逐条只依据原文裁 pass|fail|na 并附逐字证据，写回 ./.review_return_xref-verify.json。verdict 映射（恒定） ：missing_target/uncertain 找到定义处（caption/小节标题行，非引用句自身）→ fail = refuted 剔除 、连定义处都找不到（悬空引用）→ pass = confirmed 保留 ；semantic_mismatch 明确无关 → pass = confirmed 保留 、笼统指向/合理概括 → fail = refuted 剔除 ；problems（空证据/未裁决/verdict 非法）照 fail-closed 视为未核验、一律不进报告 （宁漏报）。极性写反 = 假批评全放行，务必让核验人区分"定义处 vs 引用处"。⚠️ 退出码陷阱 ：任一 item fail 会让校验报 ok=false / exit 1 / stderr『盲检未通过』——但在 xref-verify 里 fail = 成功剔除假问题 = 正常好结果 。主 agent 必须忽略退出码 ，只读返回 JSON 的逐条 verdict + problems，切勿把 exit 1 误读成核查失败。
