doctor

name	doctor
description	环境检查与安装向导。检查 MathModelAgent V2.6 工作流所需依赖是否已安装，对缺失项提供安装命令，并在用户确认后执行安装。手动触发。
allowed-tools	Bash(*), Read, Write

Doctor 环境检查与安装向导

文件关系全貌请见 [[FILE_RELATIONSHIP_MAP]] · 独立工具，不参与工作流阶段调度 · 共享规范: [[skills/_references/SKILL|_references]]

本 skill 检查 MathModelAgent V2.6 工作流所需工具是否已就绪，并帮助用户安装缺失项。只在用户显式触发时运行，不自动执行。

检查项清单

核心工具

工具	用途	检测命令
typst	Typst 论文编译	command -v typst
xelatex	LaTeX 论文编译，中文模板常用	command -v xelatex
python3 / python	数值计算、RAG、审计脚本	command -v python3 或 command -v python
drawio / draw.io	流程图导出，选装	command -v drawio 或 command -v draw.io
pdftoppm	PDF 视觉检查，选装	command -v pdftoppm
mutool	PDF 视觉检查备用，选装	command -v mutool
magick	PDF/图像处理备用，选装	command -v magick

Python 包

包	用途
numpy	数值计算
scipy	科学计算、优化求解
pandas	数据处理
matplotlib	图表生成
scikit-learn	机器学习建模
openpyxl	读写 Excel 数据附件
chromadb	本地 RAG 向量库，选装
sentence-transformers	本地 embedding，选装

科研绘图增强，选装

项	用途	检测命令
nature-figure	可选接入 Yuan1z0825/nature-skills，增强论文级科研绘图	python skills/_references/scripts/resolve_nature_figure.py --workspace <workspace>
audit_v2_run.py	V2 只读审计 PNG-only、Pillow 数据图、缺矢量包、短论文误 PASS 等问题	python skills/_references/scripts/audit_v2_run.py --workspace <workspace>
svglite / ragg / patchwork	R 后端投稿级 SVG/PDF/TIFF 导出	Rscript -e "library(svglite); library(ragg); library(patchwork)"

工作流程

Step 1: 检测当前平台

case "$(uname -s)" in
  Darwin) echo "PLATFORM=mac" ;;
  Linux)  echo "PLATFORM=linux" ;;
  MINGW*|MSYS*|CYGWIN*) echo "PLATFORM=windows" ;;
  *)      echo "PLATFORM=unknown" ;;
esac

Windows 下优先使用 winget，备用 scoop 或 choco。Linux 下优先使用 apt，备用 dnf 或 pacman。

Step 2: 检查所有工具

check_cmd() {
  if command -v "$1" >/dev/null 2>&1; then
    echo "OK  $1 ($(command -v "$1"))"
  else
    echo "MISS $1"
  fi
}

check_cmd typst
check_cmd xelatex
check_cmd python3 || check_cmd python
command -v drawio >/dev/null 2>&1 || command -v draw.io >/dev/null 2>&1 \
  && echo "OK  drawio" || echo "MISS drawio"
check_cmd pdftoppm
check_cmd mutool
check_cmd magick

Check Python packages:

python3 - <<'PYEOF'
import importlib
import importlib.metadata as meta

pkgs = ["numpy", "scipy", "pandas", "matplotlib", "sklearn", "openpyxl", "chromadb", "sentence_transformers"]
for p in pkgs:
    try:
        importlib.import_module(p)
        dist = {"sklearn": "scikit-learn", "sentence_transformers": "sentence-transformers"}.get(p, p)
        try:
            ver = meta.version(dist)
        except Exception:
            ver = "?"
        print(f"OK  {p} ({ver})")
    except ImportError:
        print(f"MISS {p}")
PYEOF

Check optional Nature Figure:

python3 skills/_references/scripts/resolve_nature_figure.py --workspace . 2>/dev/null || \
python skills/_references/scripts/resolve_nature_figure.py --workspace . 2>/dev/null || true

Step 3: 输出检查报告

整理成类似格式：

状态   工具/包              说明
----   --------             ----
✓      typst 0.13.0         论文编译
✗      drawio               DrawIO 导出 PDF，选装
✓      python3 3.11.x       数值计算
✗      scipy                科学计算，选装

必须项：typst 或 xelatex 至少一个、Python、numpy、pandas、matplotlib。

可选项：drawio、PDF 转 PNG 工具、scipy、scikit-learn、openpyxl、RAG 依赖、Nature Figure、R 绘图包。

Step 4: 提供安装命令

只对缺失项输出对应平台命令。

typst

平台	命令
macOS	brew install typst
Linux	snap install typst 或从 GitHub Releases 下载二进制
Arch	pacman -S typst
Windows winget	winget install Typst.Typst
Windows scoop	scoop install typst
通用	cargo install --locked typst-cli

xelatex

xelatex 包含在主流 TeX 发行版中。

平台	命令
macOS	brew install --cask mactex 或 brew install texlive
Linux apt	sudo apt install texlive-full
Linux dnf	sudo dnf install texlive-scheme-full
Arch	sudo pacman -S texlive
Windows	winget install MiKTeX.MiKTeX 或 winget install TeXLive

Python 包

pip install numpy scipy pandas matplotlib scikit-learn openpyxl
pip install chromadb sentence-transformers

nature-figure，选装

git clone https://github.com/Yuan1z0825/nature-skills.git
export NATURE_SKILLS_ROOT="$(pwd)/nature-skills"
python skills/_references/scripts/resolve_nature_figure.py --workspace .

Windows PowerShell:

$env:NATURE_SKILLS_ROOT = "C:\path\to\nature-skills"
python skills/_references/scripts/resolve_nature_figure.py --workspace .

R 后端按需安装：

install.packages(c("ggplot2", "patchwork", "svglite", "ragg", "ggrepel"))

drawio

平台	命令
macOS	brew install --cask drawio
Linux	从 drawio-desktop Releases 下载 AppImage 或 deb
Windows	winget install JGraph.Draw

PDF 工具

# macOS
brew install poppler mupdf imagemagick

# Debian/Ubuntu
sudo apt install poppler-utils mupdf-tools imagemagick

# Windows
winget install oschwartz10612.poppler
winget install ImageMagick.ImageMagick

Step 5: 询问用户是否安装

列出所有缺失的必须项后，询问用户：

以上必须项缺失，是否现在安装？(y/N)

• 若用户确认，按检测到的平台依次执行安装命令，每步完成后打印结果。
• 若用户拒绝或只有可选项缺失，打印可手动执行的命令列表并退出。
• 安装完成后重新运行 Step 2，确认已生效。

Step 6: 最终摘要

Doctor 检查完成
必须项：5/5 ✓
可选项：2/4，drawio、scipy 缺失

工作流就绪状态：
  mm-start-contest-v2  ✓
  论文编译              ✓
  数据图表              ✓
  Control Center        ✓
  nature-figure         可选

注：V1 工作流已归档，不再单独列出其状态。

注意事项

• 执行安装前必须获得用户明确确认，不得静默安装。
• Windows 下建议在 PowerShell 管理员模式或 Git Bash 中运行，部分命令需要管理员权限。
• Linux 的 sudo 命令会请求密码，执行前告知用户。
• drawio 和 PDF 转 PNG 工具缺失不影响核心工作流，仅影响导出质量。
• 如平台检测为 unknown，打印所有平台命令供用户手动选择。