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Le prompt qui vérifie d'abord la source est sélectionné par défaut. Vous pouvez passer à une commande directe ou télécharger une copie locale.
Lisez SKILL.md et les fichiers associés affichés par SkillsMP avant de décider de l'installer.
Installer avec Codex ou Claude Copiez ce prompt, collez-le dans Codex, Claude ou un autre assistant, puis laissez-le vérifier la page du skill et l'installer pour vous.
Une commande directe contourne le prompt de vérification. Examinez la source avant de l'exécuter.
npx skills add https://github.com/BrainStOrmics/Spateo-Skills --skill spateo-env-setupLa commande reste sur une seule ligne. Faites défiler horizontalement pour la vérifier avant de la copier.
Vous préférez une copie locale ? Téléchargez les fichiers actuellement disponibles dans SkillsMP.
Basé sur la classification professionnelle SOC
Affichage de SKILL.md
| name | spateo-env-setup |
| description | Set up Spateo runtime environment — choose conda or uv |
Configure a reproducible Python environment for Spateo spatial transcriptomics skills. Supports both conda (full dependency resolution) and uv (fast, lightweight).
bash skills/00_env_setup/setup.sh
Script detects available tools and prompts you to choose between conda and uv. If only one is installed, it auto-selects.
conda env create -f skills/00_env_setup/environment.yml
conda activate spateo
Best for:
# Option A: from requirements.txt (fastest)
uv venv .venv-spateo --python 3.10
source .venv-spateo/bin/activate
uv pip install -r skills/00_env_setup/uv_requirements.txt
# Option B: from pyproject.toml (locked resolution)
uv sync --project skills/00_env_setup/uv_pyproject.toml
Best for:
| File | Manager | Description |
|---|---|---|
environment.yml | conda | Full conda-forge spec with pip fallback for spateo-release |
uv_requirements.txt | uv/pip | Flat requirements, version ranges for Python 3.10 |
uv_pyproject.toml | uv | pyproject.toml with [tool.uv] config and git sources |
python -c "import spateo; print(f'spateo: {spateo.__version__}')"
python -c "import pyvista; print(f'pyvista: {pyvista.__version__}')"
python -c "import scanpy; print(f'scanpy: {scanpy.__version__}')"
| Problem | Fix |
|---|---|
numpy version conflict | Install numpy>=1.21,<1.24 first |
vtk build failure | Use conda: conda install -c conda-forge vtk |
pyvista headless | export PYVISTA_OFF_SCREEN=true |
| POT library missing | conda: conda install -c conda-forge pot |
dynamo-release not on PyPI | conda: conda install -c conda-forge dynamo-release |
| uv too old | uv self update |