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Le prompt qui vérifie d'abord la source est sélectionné par défaut. Vous pouvez passer à une commande directe ou télécharger une copie locale.
Lisez SKILL.md et les fichiers associés affichés par SkillsMP avant de décider de l'installer.
Basé sur la classification professionnelle SOC
Installer avec Codex ou Claude Copiez ce prompt, collez-le dans Codex, Claude ou un autre assistant, puis laissez-le vérifier la page du skill et l'installer pour vous.
Une commande directe contourne le prompt de vérification. Examinez la source avant de l'exécuter.
npx skills add https://github.com/BrainStOrmics/Spateo-Skills --skill spateo-data-ioLa commande reste sur une seule ligne. Faites défiler horizontalement pour la vérifier avant de la copier.
Vous préférez une copie locale ? Téléchargez les fichiers actuellement disponibles dans SkillsMP.
Affichage de SKILL.md
| name | spateo-data-io |
| description | Read spatial transcriptomics data — 10 platforms + auto-detect |
Load spatial transcriptomics data from 10+ platforms into standardized AnnData format with .obsm["spatial"].
# Manual read — specify platform
python -m skills.01_data_io.manual_read --platform xenium --data-path ./data/xenium_outs/
# Auto-detect — let the tool figure out the platform
python -m skills.01_data_io.auto_read --data-path ./data/unknown_dataset/
manual_read.py — Platform-specific readersDispatch by platform name. Each reader wraps spateo.io.protocol_io.spatial.*.
from skills.01_data_io.manual_read import read_by_platform
adata = read_by_platform("xenium", "./data/xenium_outs/")
adata = read_by_platform("merfish", "./data/merfish/", counts_file="cell_by_gene.csv")
Supported platforms:
| Key | Platform | Key File(s) |
|---|---|---|
merfish | MERFISH | cell_by_gene.csv, cell_metadata.csv |
seqfish | seqFISH | CxG CSV, coordinates CSV, DAPI TIFF |
slideseq | Slide-seq | Standard output directory |
starmap_plus | STARmap+ | Expression/spatial CSVs |
stereoseq | Stereo-seq | GEM file (binsize default=50) |
stereoseq_agg | Stereo-seq agg | GEM file + image file |
xenium | Xenium | 10x outs directory |
visium | Visium | 10x Visium output |
visium_hd | Visium HD | 10x Visium HD binned output |
openst | Open-ST | Open-ST output |
auto_read.py — Auto-detect + batch readfrom skills.01_data_io.auto_read import (
detect_spatial_platform,
read_auto_spatial_data,
read_many_auto,
)
# Detect platform type
platform = detect_spatial_platform("./data/unknown/")
# Auto-detect + read
adata = read_auto_spatial_data("./data/unknown/")
# Batch read multiple directories
results = read_many_auto(["./data/dataset1/", "./data/dataset2/"])
Input: Platform-specific raw data directories/files.
Output: AnnData object with .obsm["spatial"] containing 2D/3D coordinates.
| Parameter | Purpose | Default |
|---|---|---|
data_path | Path to raw data directory | — |
platform | Platform name (manual_read) | — |
counts_file | Gene expression matrix filename | cell_by_gene.csv |
binsize | Stereo-seq binning size | 50 |
load_images | Load DAPI/tissue images | True |
| Problem | Fix |
|---|---|
| ImportError: spateo | Run bash skills/00_env_setup/setup.sh |
| File not found | Check data_path is absolute or relative to working dir |
| Platform not detected | Verify input directory contains expected files for the platform |