nahisaho/satori - Page 2

scientific-interactive-dashboard

インタラクティブダッシュボードスキル。 Streamlit / Dash / Panel / Voilà による 科学データダッシュボード構築・リアルタイムパラメータ探索 UI ・ ウィジェット連動・データアップロード・解析パイプライン UI 化。

Langue du texte source : japonais

scientific-lab-automation

実験室自動化・プロトコル管理スキル。PyLabRobot（液体ハンドリング）、 Protocols.io（プロトコル共有）、Benchling/LabArchives（ELN/LIMS 統合）、 Opentrons（ロボティクス）による実験自動化と再現性確保を支援。 claude-scientific-skills の Lab Automation カテゴリを統合。 「実験プロトコルを作成して」「液体ハンドリングを自動化して」で発火。

Langue du texte source : japonais

scientific-latex-formatter

Markdown 原稿を LaTeX 形式に変換し、ジャーナル指定のテンプレート（.cls/.sty）に 適合するフォーマッティングを行うスキル。数式・図表・引用・相互参照の LaTeX 構文変換、 ジャーナル別スタイル適用、コンパイル可能な .tex ファイル生成を担う。 「LaTeX に変換して」「投稿用 TeX を作って」「ジャーナルフォーマットにして」で発火。

Langue du texte source : japonais

scientific-lipidomics

リピドミクス解析スキル。LipidMAPS / SwissLipids / LION 脂質データベース統合検索・脂質サブクラス分類・ 脂質 MS/MS スペクトル同定・脂質パスウェイエンリッチメント・ 脂質プロファイリングパイプライン。 TU 外スキル (直接 REST API + Python ライブラリ)。

Langue du texte source : japonais

scientific-materials-characterization

薄膜・材料キャラクタリゼーション解析のスキル。Thornton-Anders 構造ゾーンモデル（SZM）、 XRD 結晶子サイズ解析（Scherrer 方程式）、Williamson-Hall プロット、多技法融合データ解析、 PSP フレームワーク設計を行う際に使用。Scientific Skills Exp-13 で確立したパターン。

Langue du texte source : japonais

scientific-md-simulation

分子動力学シミュレーション解析スキル。MDAnalysis によるトラジェクトリ解析・ RMSD/RMSF/Rg 時系列指標・水素結合解析・二次構造変化追跡・ OpenFF Toolkit力場パラメータ化・溶媒和自由エネルギー推定パイプライン。

Langue du texte source : japonais

scientific-medical-imaging

医用イメージングスキル。DICOM/NIfTI 処理・WSI (Whole Slide Image) 解析・ PathML・MONAI・3D Slicer 連携・放射線画像解析・病理組織画像解析を支援。 「DICOM を解析して」「WSI を処理して」「医用画像をセグメンテーションして」で発火。

Langue du texte source : japonais

scientific-metabolic-atlas

代謝アトラススキル。Metabolic Atlas / Human-GEM REST API による 代謝反応・代謝産物・コンパートメント検索、フラックス解析統合、 代謝ネットワーク可視化。K-Dense 連携: metabolic-atlas。 ToolUniverse 連携: metabolic_atlas。

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scientific-metabolic-flux

代謝フラックス解析スキル。13C/15N 安定同位体トレーサー データを用いた代謝フラックス推定・EMU モデリング・ フラックスバランス制約統合パイプライン。

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scientific-metabolomics-network

代謝物ネットワーク構築スキル。KEGG/Reactome 代謝パスウェイ グラフ抽出・代謝物相関ネットワーク構築 (GGM/WGCNA)・ ハブ代謝物同定・MetaboAnalyst 統合エンリッチメント パイプライン。 TU 外スキル (直接 Python ライブラリ + REST API)。

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scientific-metagenome-assembled-genomes

メタゲノムアセンブルゲノム (MAG) 解析スキル。 MetaBAT2 / CONCOCT / MaxBin2 ビニング・CheckM2 品質評価・ GTDB-Tk 分類学的分類・dRep 脱重複・Prokka アノテーション・ MAG アセンブリ品質レポートパイプライン。 TU 外スキル (CLI ラッパー + Python ライブラリ)。

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scientific-missing-data-analysis

欠損データ解析スキル。欠損パターン診断 (MCAR/MAR/MNAR) ・ Little's MCAR テスト・多重代入法 (MICE) ・KNN 補完・ MissForest・VAE/GAIN 補完・欠損パターン可視化・Rubin's Rules。

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scientific-ml-classification

機械学習分類パイプラインのスキル。複数の分類モデル（Logistic Regression, Random Forest, SVM, XGBoost）を StratifiedKFold 交差検証で比較し、ROC 曲線・混同行列で評価する際に使用。 Scientific Skills Exp-03, 05 で確立したパターン。

Langue du texte source : japonais

scientific-ml-regression

マルチターゲット回帰モデルの学習・評価・比較スキル。複数の回帰モデル（Ridge, Lasso, Random Forest, Gradient Boosting, Extra Trees）を KFold 交差検証で比較する際に使用。 Scientific Skills Exp-12, 13 で確立したパターン。

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scientific-model-monitoring

MLOps モデル監視スキル。データドリフト検出 (Evidently/NannyML)・ モデル性能劣化検出・特徴量ドリフト・コンセプトドリフト・ A/B テスト統計・モデルレジストリ・再学習トリガー。

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scientific-multi-task-learning

マルチタスク学習スキル。Hard/Soft Parameter Sharing・ GradNorm 勾配正規化・PCGrad 勾配投影・ タスクバランシング・補助タスク設計。

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scientific-nci60-screening

NCI-60 がん細胞株薬剤応答スキル。CellMiner API 薬剤感受性・ NCI-60 GI50/LC50 データ・DepMap cancer dependency 統合・ 薬剤-分子マーカー相関・細胞株パネル比較解析。

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scientific-network-visualization

ネットワーク解析・可視化スキル。NetworkX グラフ構築・ コミュニティ検出 (Louvain/Leiden)・中心性指標・ PyVis インタラクティブ・ネットワーク統計量・動的ネットワーク。

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scientific-neural-architecture-search

ニューラルアーキテクチャ探索 (NAS) スキル。DARTS 微分可能 NAS・ Optuna NAS 統合・効率的ネットワーク設計・探索空間定義・ Pareto 最適化 (精度 vs FLOPS)。

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scientific-neuroscience-electrophysiology

神経科学・電気生理学解析スキル。Neuropixels/マルチ電極アレイの スパイクソーティング (SpikeInterface + Kilosort4)、品質指標 (SNR/ISI 違反率)、 EEG マイクロステート・事象関連電位 (MNE-Python)、ECG HRV 解析、 EDA 皮膚コンダクタンス応答、EMG 筋活動解析 (NeuroKit2)、 脳結合性解析 (機能的/実効的) を統合した神経科学パイプライン。

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scientific-paper-quality

論文品質の定量的評価スキル。可読性スコア、セクションバランス分析、 語彙多様性、学術語使用率、冗長表現検出、ジャーナル要件適合チェック、 再現可能性チェックを実行する。 「論文の品質をチェックして」「可読性スコアを出して」「投稿前チェック」で発火。

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scientific-pca-tsne

PCA・t-SNE・UMAP による次元削減と空間マッピングのスキル。化学空間・特徴量空間・ 多技法融合空間の可視化を行う際に使用。Scientific Skills Exp-02, 03, 05, 07, 11, 13 で汎用的に使用されたパターン。

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scientific-peer-review-response

査読コメントへの体系的対応とリバッタルレター生成スキル。 査読コメントの構造化解析（Major/Minor/Editorial 分類）、 ポイント・バイ・ポイント回答生成、改訂箇所マッピング、 複数ラウンド対応を行う。 「査読に回答して」「reviewer response を作成して」「リバッタルを書いて」で発火。

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scientific-perturbation-analysis

シングルセル摂動解析スキル。pertpy による CRISPR スクリーン解析・ 薬剤応答分析・scGen 摂動予測・Augur 摂動応答性スコアリング・ scIB 統合ベンチマーク・差次的摂動応答パイプライン。

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scientific-phylogenetics

系統解析スキル。ete3/ETE Toolkit による系統樹構築・可視化、 scikit-bio 系統的多様性、配列アライメントベース進化解析、 分子時計・分岐年代推定、祖先配列再構成パイプライン。

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scientific-pipeline-scaffold

科学データ解析パイプラインの基盤スキル。ディレクトリ構造の自動構築、再現性のためのシード管理、 進捗ログ出力、実行時間計測、JSON サマリー生成、ダッシュボード総括図の作成を行う際に使用。 全 13 実験に共通する足場パターンを統合。

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scientific-plant-biology

植物バイオロジー統合スキル。Plant Reactome 代謝パスウェイ・ TAIR Arabidopsis ゲノム情報・Phytozome 比較ゲノミクス・ Ensembl Plants 種間オーソログ解析。

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scientific-presentation-design

科学プレゼンテーション・ポスター・模式図設計スキル。学会発表スライド、 LaTeX/PPTX ポスター、科学模式図（ワークフロー図・メカニズム図）、 ビジュアルアブストラクトの作成を支援。claude-scientific-skills の Scientific Communication カテゴリ（slides, posters, schematics）を統合。 「学会スライドを作成して」「ポスターのレイアウトを設計して」で発火。

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scientific-process-optimization

応答曲面法（ML-RSM）とパレート多目的最適化のスキル。プロセスパラメータの最適条件探索、 コンターマップ、プロセスウィンドウ可視化を行う際に使用。 Scientific Skills Exp-12, 13 で確立したパターン。

Langue du texte source : japonais

scientific-publication-figures

論文品質（Nature/Science/Cell レベル）の科学図表を作成するスキル。matplotlib rcParams 設定、 DPI 300、spines 制御、カラーパレット選択、マルチパネル構成を行う際に使用。 Scientific Skills Exp-10 で確立し、Exp-11〜13 で継承したパターン。

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scientific-quantum-computing

量子計算スキル。Qiskit・Cirq・PennyLane・QuTiP を活用し、 量子回路設計・シミュレーション・変分量子アルゴリズム（VQE/QAOA）・ 量子化学計算・量子機械学習を支援。 「量子回路を設計して」「VQE で基底エネルギーを求めて」「量子シミュレーションして」で発火。

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scientific-radiology-ai

放射線診断支援 AI スキル。CADe/CADx パイプライン・ CT/MRI 分類・セグメンテーション・Grad-CAM 説明可能性・ 構造化レポート・AI-RADS グレーディング。 ※ scientific-medical-imaging (DICOM/WSI/Radiomics) の 放射線診断 AI 特化拡張。

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scientific-reinforcement-learning

強化学習スキル。Stable-Baselines3 による RL エージェント訓練、 Gymnasium 環境構築、PufferLib 大規模マルチエージェント、 科学応用 (分子生成・実験最適化・ロボット制御) パイプライン。

Langue du texte source : japonais

scientific-reproducible-reporting

再現可能レポーティングスキル。Quarto 科学文書・ Jupyter Book 多章構成・Papermill パラメトリック実行・ nbconvert 自動変換・Sphinx-Gallery コード例ドキュメント。

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scientific-research-methodology

研究方法論・研究デザインスキル。体系的な研究計画策定、ブレインストーミング フレームワーク、批判的思考法、研究倫理・IRB、先行研究評価、 クロスドメイン着想法を含む研究者のメタスキル群。 「研究計画を立てて」「ブレインストーミングして」「研究デザインを設計して」で発火。

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scientific-revision-tracker

論文改訂の変更履歴追跡・差分管理スキル。原稿バージョン間の diff 生成、 変更箇所のハイライト（赤字削除/青字追加）、改訂サマリー自動生成、 査読コメントと改訂箇所のトレーサビリティ管理を行う。 「改訂をトラッキングして」「変更履歴を作って」「diff を出して」で発火。

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scientific-scatac-signac

scATAC-seq 解析スキル (Signac/SnapATAC2/episcanpy)。 ピークコーリング・モチーフ解析・Gene Activity スコア・ RNA+ATAC マルチモーダル統合 (WNN)。K-Dense: signac。

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scientific-scvi-integration

scvi-tools シングルセル統合スキル。scVI 変分オートエンコーダ統合・ scANVI 半教師有りアノテーション・totalVI CITE-seq RNA+タンパク質結合解析・SOLO ダブレット検出・潜在空間解析。

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scientific-semi-supervised-learning

半教師あり学習スキル。Self-Training・Label Propagation・ MixMatch/FixMatch・Pseudo-Labeling・ラベル効率評価。

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scientific-spatial-multiomics

空間マルチオミクス統合スキル。MERFISH/Visium 等の空間 トランスクリプトームと空間プロテオミクスのマルチモーダル 統合・空間共検出解析・セル近傍グラフ構築パイプライン。

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