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デフォルトでは、最初にソースを確認する Prompt が選択されています。直接コマンドに切り替えるか、ローカルコピーをダウンロードすることもできます。
インストールを決める前に、SKILL.md と SkillsMP に表示されている付属ファイルをお読みください。
SOC 職業分類に基づく
Codex または Claude でインストール この Prompt をコピーして Codex、Claude、または他のアシスタントに貼り付けると、Skill ページを確認してインストールできます。
直接コマンドでは確認用 Prompt が省略されます。実行前にソースを確認してください。
npx skills add https://github.com/BrainStOrmics/BIA-CellHashtag --skill trajectory-inferenceコマンドは1行のまま表示されます。コピー前に横へスクロールして全体を確認してください。
ローカルで確認しますか？SkillsMP が現在取得できるファイルをダウンロードできます。
SKILL.md を表示中
DAG-MCTS for cell type annotation. Search space is a DAG (Merge + ReEmbed create multi-parent nodes). Uses P-UCT selection, Soft-Bellman backprop, confidence discounting, and transposition table. Per-iteration tree viz emitted as interactive HTML.
Correct batch effects in single-cell data using Harmony, BBKNN, or ComBat.
Query CellWiki knowledge base for marker genes, cell type ontologies, and tissue-specific cell type constraints.
| name | trajectory-inference |
| description | Infer cell trajectories using PAGA graph-based trajectory inference. |
| allowed-tools | Read, Bash |
| compatibility | scRNA-seq, snRNA-seq |
To understand developmental trajectories and cell state transitions within a dataset.
paga_trajectory(adata, cluster_key="leiden", plot=True, output_dir=None) -> dictRuns PAGA trajectory inference on AnnData.
Requires sc.pp.neighbors() and sc.tl.leiden() to have been run.
Returns dict with:
connectivities_tree: PAGA tree as networkx graphplot_path: path to saved PAGA plot (if output_dir provided)Parameters:
cluster_key: Column in adata.obs for clusteringplot: Whether to generate PAGA plotoutput_dir: Directory to save plot