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Cluster and compare biosynthetic gene clusters across genomes with BiG-SCAPE (similarity networks of antiSMASH regions). Use after batch antiSMASH for BGC family discovery. Upstream: https://github.com/medema-group/BiG-SCAPE.
デフォルトでは、最初にソースを確認する Prompt が選択されています。直接コマンドに切り替えるか、ローカルコピーをダウンロードすることもできます。
インストールを決める前に、SKILL.md と SkillsMP に表示されている付属ファイルをお読みください。
Codex または Claude でインストール この Prompt をコピーして Codex、Claude、または他のアシスタントに貼り付けると、Skill ページを確認してインストールできます。
直接コマンドでは確認用 Prompt が省略されます。実行前にソースを確認してください。
npx skills add https://github.com/PKU-EMBL/Metagenomics-Skills --skill bigscapeコマンドは1行のまま表示されます。コピー前に横へスクロールして全体を確認してください。
ローカルで確認しますか？SkillsMP が現在取得できるファイルをダウンロードできます。
ABRicate — mass screening of contigs for AMR/virulence/plasmid markers against bundled databases (ResFinder, CARD, NCBI, VFDB, PlasmidFinder, EcoLI_VF, ARG-ANNOT, MEGARES, …). Use for fast multi-DB isolate or MAG screens and database concordance checks. Upstream: https://github.com/tseemann/abricate. Route via cge-finders / microbial-mining; official CGE CLI still via resfinder/plasmidfinder when phenotype mapping or PointFinder is required.
Route Center for Genomic Epidemiology (CGE) Finder-style screens and related isolate typing: PlasmidFinder, ResFinder, PointFinder, DisinFinder, VirulenceFinder, MobileElementFinder, pMLST, plus staramr / ABRicate wrappers and chromosomal mlst. Use for clinical/One-Health isolate typing and plasmid-borne AMR context — not community-wide dark-matter discovery. Child skills: plasmidfinder, resfinder, pointfinder, disinfinder, virulencefinder, mobileelementfinder, pmlst, staramr, abricate, mlst. Complements genomad, mob-suite, rgi, mobileog. Route via microbial-mining.
DisinFinder — CGE disinfectant / biocide resistance gene screen via the DisinFinder database, typically run through ResFinder. Use for isolate biocide-resistance markers alongside acquired AMR. DB: https://bitbucket.org/genomicepidemiology/disinfinder_db. Route via cge-finders / resfinder / microbial-mining.
SOC 職業分類に基づく
SKILL.md を表示中
| name | bigscape |
| description | Cluster and compare biosynthetic gene clusters across genomes with BiG-SCAPE (similarity networks of antiSMASH regions). Use after batch antiSMASH for BGC family discovery. Upstream: https://github.com/medema-group/BiG-SCAPE. |
| license | MIT |
| category | analysis-tools |
| tags | ["BGC","network","genome-mining","antiSMASH"] |
| upstream | https://github.com/medema-group/BiG-SCAPE |
| stage | mining |
Upstream: medema-group/BiG-SCAPE
Navarro-Muñoz, J. C. et al. A computational framework to explore large-scale biosynthetic diversity. Nat. Chem. Biol. 16, 60–68 (2020). https://doi.org/10.1038/s41589-019-0400-9
BiG-SCAPE groups antiSMASH regions into BGC families via similarity networks. Requires consistent antiSMASH outputs. Family membership ≠ identical chemistry — use for prioritization and diversity plots.
# After antiSMASH on many MAGs into a common input layout (see BiG-SCAPE docs):
bigscape -i temp/antismash_collection -o temp/bigscape -c 16 \
--mibig --include_gbk_dir
CLI flags evolve — verify with your BiG-SCAPE version help.
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