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Use when you need to remove adapter sequences from high-throughput sequencing reads, trim low-quality bases, or filter reads by length. Supports single-end and paired-end FASTQ/FASTA input with error-tolerant adapter matching.
デフォルトでは、最初にソースを確認する Prompt が選択されています。直接コマンドに切り替えるか、ローカルコピーをダウンロードすることもできます。
インストールを決める前に、SKILL.md と SkillsMP に表示されている付属ファイルをお読みください。
Codex または Claude でインストール この Prompt をコピーして Codex、Claude、または他のアシスタントに貼り付けると、Skill ページを確認してインストールできます。
直接コマンドでは確認用 Prompt が省略されます。実行前にソースを確認してください。
npx skills add https://github.com/vimalinx/bio-agent --skill cutadaptコマンドは1行のまま表示されます。コピー前に横へスクロールして全体を確認してください。
ローカルで確認しますか？SkillsMP が現在取得できるファイルをダウンロードできます。
Use when joint-genotyping one or more germline gVCFs into a cohort VCF with GATK GenotypeGVCFs.
Use when running GATK HaplotypeCaller to emit per-sample germline variant calls or gVCFs from analysis-ready BAM/CRAM inputs.
Use when splitting mixed accession-like text into one lowercase token per line in EDirect-style text pipelines.
SOC 職業分類に基づく
SKILL.md を表示中
| name | cutadapt |
| description | Use when you need to remove adapter sequences from high-throughput sequencing reads, trim low-quality bases, or filter reads by length. Supports single-end and paired-end FASTQ/FASTA input with error-tolerant adapter matching. |
| disable-model-invocation | true |
| user-invocable | true |
cutadapt -a ADAPTER -o output.fastq input.fastq/home/vimalinx/miniforge3/envs/bio/bin/cutadaptcutadapt over fastp when the adapter model itself needs precise control.# 1) Trim a known 3' adapter from single-end reads
cutadapt \
-a AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA \
-o sample.trimmed.fastq.gz \
sample.fastq.gz
# 2) Paired-end trimming with separate R1/R2 adapters
cutadapt \
-a ADAPTER_R1 \
-A ADAPTER_R2 \
-o sample_R1.trimmed.fastq.gz \
-p sample_R2.trimmed.fastq.gz \
sample_R1.fastq.gz sample_R2.fastq.gz
# 3) Adapter trimming plus quality/length filtering
cutadapt \
-a ADAPTER \
-q 20 \
-m 50 \
--json sample.cutadapt.json \
-o sample.trimmed.fastq.gz \
sample.fastq.gz
-a, -g, or -b rather than using a vague fallback.-o, reads go to stdout; that is fine for piping, but dangerous if you expected a file.-b/--anywhere is powerful but easy to misuse; do not use it unless you really want 5' or 3' matching.-j to parallelize larger jobs; default execution is single-core.