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Use when searching a local NCBI EDirect archive/postings index with Boolean, title, word, or pair queries inside the `x*` local-cache workflow.
デフォルトでは、最初にソースを確認する Prompt が選択されています。直接コマンドに切り替えるか、ローカルコピーをダウンロードすることもできます。
インストールを決める前に、SKILL.md と SkillsMP に表示されている付属ファイルをお読みください。
Codex または Claude でインストール この Prompt をコピーして Codex、Claude、または他のアシスタントに貼り付けると、Skill ページを確認してインストールできます。
直接コマンドでは確認用 Prompt が省略されます。実行前にソースを確認してください。
npx skills add https://github.com/vimalinx/bio-agent --skill xsearchコマンドは1行のまま表示されます。コピー前に横へスクロールして全体を確認してください。
ローカルで確認しますか？SkillsMP が現在取得できるファイルをダウンロードできます。
SKILL.md を表示中
SOC 職業分類に基づく
| name | xsearch |
| description | Use when searching a local NCBI EDirect archive/postings index with Boolean, title, word, or pair queries inside the `x*` local-cache workflow. |
| disable-model-invocation | true |
| user-invocable | true |
Local search front-end built on xcommon.sh plus rchive. It defaults to pubmed, supports -query, -match, -exact, -title, -words, and -pairs, and usually emits an ENTREZ_DIRECT wrapper unless you switch to -raw or use one of the direct rchive lookup modes.
xsearch -query "<search terms>"/home/vimalinx/miniforge3/envs/bio/bin/xsearchEDIRECT_LOCAL_ARCHIVEENTREZ_DIRECT UID set for downstream xlink, xfilter, or stepsxfetchAND, NOT, [TREE], or [YEAR]-title, -match, -exact, -words, or -pairs# Boolean query against the local archive
export EDIRECT_LOCAL_ARCHIVE=/path/to/local/archive
xsearch -db pubmed -query 'C14.907.617.812* [TREE] AND 2015:2018 [YEAR]'
# Title lookup
export EDIRECT_LOCAL_ARCHIVE=/path/to/local/archive
xsearch -title 'Genetic Control of Biochemical Reactions in Neurospora.'
# Emit raw UIDs instead of ENTREZ_DIRECT XML
export EDIRECT_LOCAL_ARCHIVE=/path/to/local/archive
xsearch -raw -query 'CRISPR AND 2024 [YEAR]'
EDIRECT_LOCAL_ARCHIVE at a valid local archive/postings root.-query for general Boolean search, -title/-match/-exact for title-style matching, or -words/-pairs for tokenized title scoring.x* tools, or add -raw when the next stage expects plain UID lines.esearch replacement.-h/-help are safe and show usage examples; -version prints the EDirect version string.EDIRECT_LOCAL_ARCHIVE failed with Must supply path to local data by setting EDIRECT_LOCAL_ARCHIVE environment variable followed by Unable to get folder Postings for database pubmed.-query wraps UID hits in ENTREZ_DIRECT XML unless -raw is set; -match, -exact, and -title call rchive directly instead.-words and -pairs tokenize the query through word-at-a-time and filter-stop-words, then rank title hits with sort-uniq-count-rank -n.-db, the script defaults to pubmed.