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直接使用 PubMed 和 NCBI E-utilities 搜索生物医学文献的工作流，包括 MeSH 查询、PMID 查找、引文检索和 API 支持的文献监控。
기본적으로 소스를 먼저 확인하는 Prompt가 선택됩니다. 직접 명령으로 전환하거나 로컬 사본을 다운로드할 수도 있습니다.
설치 여부를 결정하기 전에 SKILL.md와 SkillsMP에 표시된 보조 파일을 읽어 보세요.
Codex 또는 Claude로 설치 이 Prompt를 복사해 Codex, Claude 또는 다른 어시스턴트에 붙여 넣으면 Skill 페이지를 검토하고 설치를 진행할 수 있습니다.
직접 명령은 검토 Prompt를 거치지 않습니다. 실행하기 전에 소스를 확인하세요.
npx skills add https://github.com/aaione/everything-claude-code-zh --skill pubmed-database명령은 한 줄로 유지됩니다. 복사하기 전에 가로로 스크롤해 전체 내용을 확인하세요.
로컬 사본을 원하시나요? SkillsMP에서 현재 제공할 수 있는 파일을 다운로드하세요.
SOC 직업 분류 기준
SKILL.md 표시 중
| name | pubmed-database |
| description | 直接使用 PubMed 和 NCBI E-utilities 搜索生物医学文献的工作流，包括 MeSH 查询、PMID 查找、引文检索和 API 支持的文献监控。 |
| origin | community |
当任务需要从 PubMed 获取生物医学文献而非一般网络搜索时，使用此技能。
从研究问题开始，将其拆分为概念，然后用布尔运算符组合概念。
concept_1 AND concept_2 AND filter
synonym_a OR synonym_b
NOT exclusion_term
常用的 PubMed 字段标签：
[ti]：标题[ab]：摘要[tiab]：标题或摘要[au]：作者[ta]：期刊标题缩写[mh]：MeSH 术语[majr]：主要 MeSH 主题[pt]：出版物类型[dp]：出版日期[la]：语言示例：
diabetes mellitus[mh] AND treatment[tiab] AND systematic review[pt] AND 2023:2026[dp]
(metformin[nm] OR insulin[nm]) AND diabetes mellitus, type 2[mh] AND randomized controlled trial[pt]
smith ja[au] AND cancer[tiab] AND 2026[dp] AND english[la]
当概念有稳定的受控词汇术语时优先使用 MeSH。当主题较新或术语变化较大时，将 MeSH 与标题/摘要术语组合使用。
正确的副标题语法将副标题放在字段标签之前：
diabetes mellitus, type 2/drug therapy[mh]
cardiovascular diseases/prevention & control[mh]
仅在主题必须是论文核心时使用 [majr]。它可以提高精确度，但可能会遗漏相关作品。
出版物类型：
clinical trial[pt]meta-analysis[pt]randomized controlled trial[pt]review[pt]systematic review[pt]guideline[pt]日期过滤器：
2026[dp]
2020:2026[dp]
2026/03/15[dp]
可用性过滤器：
free full text[sb]
hasabstract[text]
NCBI E-utilities 支持可重复的 API 工作流：
esearch.fcgi：搜索并返回 PMID。esummary.fcgi：返回轻量级文章元数据。efetch.fcgi：以 XML、MEDLINE 或文本格式获取摘要或完整记录。elink.fcgi：查找相关文章和链接资源。在生产脚本中使用电子邮件和 API 密钥。将 API 密钥存储在环境变量中，绝不要放在已提交的文件或命令历史记录中。
import os
import time
import requests
BASE = "https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils"
def esearch(query: str, retmax: int = 20) -> list[str]:
params = {
"db": "pubmed",
"term": query,
"retmode": "json",
"retmax": retmax,
"tool": "ecc-pubmed-search",
"email": os.environ.get("NCBI_EMAIL", ""),
}
api_key = os.environ.get("NCBI_API_KEY")
if api_key:
params["api_key"] = api_key
response = requests.get(f"{BASE}/esearch.fcgi", params=params, timeout=30)
response.raise_for_status()
time.sleep(0.35)
return response.json()["esearchresult"]["idlist"]
pmids = esearch("hypertension[mh] AND randomized controlled trial[pt] AND 2024:2026[dp]")
print(pmids)
对于批量操作，优先使用 NCBI 历史服务器参数（usehistory=y、WebEnv、query_key），而不是通过 URL 传递很长的 PMID 列表。
对于每次搜索，记录：
示例：
| 数据库 | 搜索日期 | 查询 | 过滤器 | 结果数 |
| --- | --- | --- | --- | ---: |
| PubMed | 2026-05-11 | `sickle cell disease[mh] AND CRISPR[tiab]` | 2020:2026[dp], English | 42 |
raise_for_status() 或以其他方式处理非 200 响应后再解析？