메뉴
기본적으로 소스를 먼저 확인하는 Prompt가 선택됩니다. 직접 명령으로 전환하거나 로컬 사본을 다운로드할 수도 있습니다.
설치 여부를 결정하기 전에 SKILL.md와 SkillsMP에 표시된 보조 파일을 읽어 보세요.
Codex 또는 Claude로 설치 이 Prompt를 복사해 Codex, Claude 또는 다른 어시스턴트에 붙여 넣으면 Skill 페이지를 검토하고 설치를 진행할 수 있습니다.
직접 명령은 검토 Prompt를 거치지 않습니다. 실행하기 전에 소스를 확인하세요.
npx skills add https://github.com/BrainStOrmics/Spateo-Skills --skill spateo-full-pipeline명령은 한 줄로 유지됩니다. 복사하기 전에 가로로 스크롤해 전체 내용을 확인하세요.
로컬 사본을 원하시나요? SkillsMP에서 현재 제공할 수 있는 파일을 다운로드하세요.
SOC 직업 분류 기준
SKILL.md 표시 중
| name | spateo-full-pipeline |
| description | Run the complete Spateo pipeline — IO through Morphogenesis |
Run all Spateo stages sequentially: IO → Alignment → 3D Reconstruction → Morphogenesis.
# Run full pipeline with default settings
python -m skills.00_pipeline.run_all \
--data-path ./data/xenium_outs/ \
--platform xenium \
--stage2-path ./data/stage2.h5ad \
--out-dir ./output/
# Run with custom alignment
python -m skills.00_pipeline.run_all \
--data-path ./data/ \
--auto-detect \
--slices-dir ./data/slices/ \
--out-dir ./output/ \
--skip-morphogenesis
Stage 0 (IO) ──→ Stage 1 (Alignment) ─→ Stage 2 (Reconstruction)
↓
interpolation morphology
↓
Stage 3 (Morphogenesis)
vectorfield ──→ feature
| Stage | What it does | Output |
|---|---|---|
| 0: IO | Read raw spatial data from platform | adata.h5ad with .obsm["spatial"] |
| 1: Alignment | Register slices into common coordinate space | aligned.h5ad with .obsm["align_spatial"] |
| 2: Reconstruction | Build 3D models + interpolate expression | VTK models, interpolated data |
| 3: Morphogenesis | Infer vector fields + compute features | Vector field layers, DEG tables |
| Parameter | Purpose | Default |
|---|---|---|
--data-path | Raw data directory (Stage 0) | — |
--platform | Platform name (e.g. xenium, merfish) | --auto-detect to guess |
--slices-dir | Directory with slice .h5ad files (Stage 1) | Uses IO output |
--stage2-path | Second stage data for morphogenesis (Stage 3) | — |
--out-dir | Output directory for all stages | ./output/ |
--skip-alignment | Skip Stage 1 | — |
--skip-reconstruction | Skip Stage 2 | — |
--skip-morphogenesis | Skip Stage 3 | — |
--model-type | 3D reconstruction model type | surface |
--interpolation-method | Gene interpolation method | vtk |
--device | Compute device | Auto-detect |
--verbose | Enable debug logging | — |
from skills.00_pipeline.run_all import PipelineConfig, run_full_pipeline
config = PipelineConfig(
data_path="./data/xenium_outs/",
platform="xenium",
stage2_path="./data/stage2.h5ad",
out_dir="./output/",
)
result = run_full_pipeline(config)
| Problem | Fix |
|---|---|
| Stage 0 fails | Check data directory contains platform-specific files |
| Stage 1 fails | Verify .obsm["spatial"] exists in input AnnData |
| Stage 2 OOM | Reduce voxel_size or use --model-type pointcloud |
| Stage 3 fails | Ensure stage1 and stage2 have matching gene sets |
| Any stage hangs | Set --device cpu to avoid GPU issues |