bdbe-sexdetermine

name	bdbe_sexdetermine
description	本skill是用于单细胞样本性别判定的专用技能，首先需要用户上传需要处理的单细胞样本数据，再判定未标注性别的样本，或纠正标注错误的性别信息，生成最后的修正文件。
compatibility	["python","requests"]
name_zh	单细胞样本性别判定算子
input_params	[{"name":"input_file","type":"string","required":true,"description":"输入单细胞样本数据文件路径（CSV格式）"},{"name":"species","type":"string","required":true,"description":"物种类型，如 mouse、human 等"},{"name":"output_dir","type":"string","required":false,"description":"输出目录，默认在上传文件所在目录"}]
output_params	[{"name":"output_dir","type":"csv_file","description":"性别判定结果CSV文件，包含每个样本的性别标签"}]
tag	科学计算
publisher	COMMUNITY

Skill: bdbe_sexdetermine

Overview

本skill是用于单细胞样本性别判定的专用技能，首先需要用户上传需要处理的单细胞样本数据，再判定未标注性别的样本，或纠正标注错误的性别信息，生成最后的修正文件。

Trigger

当用户希望"对单细胞样本进行性别判定"、”使用单细胞样本性别判定工具“等情况时触发。

Parameters

参数名	类型	说明	示例值	是否必填
input_file	string	输入单细胞样本数据文件路径	D:\hqr\workspace\Agent\source\mousedemo.csv	是
species	string	物种类型	mouse	是
output_dir	string	输出目录，默认在上传文件所在目录	D:\hqr\workspace\Agent\output	否

Examples

Example 1: 基本使用

python scripts/bdbe_sexdetermine.py --input_file "D:\hqr\workspace\Agent\source\mousedemo.csv" --species mouse

Example 2: 指定输出目录

python scripts/bdbe_sexdetermine.py --input_file "D:\hqr\workspace\Agent\source\mousedemo.csv" --species mouse --output_dir "D:\hqr\workspace\Agent\output"

Implementation

核心流程

1. 文件上传 - 上传待判定性别的单细胞样本文件，获取文件唯一标识ID
2. 启动分析 - 触发性别判定分析，获取分析任务ID
3. 获取结果 - 轮询获取分析结果，直至返回有效结果
4. 下载文件 - 下载生成的性别判定结果文件

接口说明

• 文件上传接口：https://www.bdbe.cn/kun/api/upload (POST)
• 分析触发接口：https://www.bdbe.cn/kun/api/analysis?tool=SexDetermine&id={file_id}&species={species} (GET)
• 结果获取接口：https://www.bdbe.cn/kun/api/result?id={task_id} (GET)
• 文件下载接口：https://www.bdbe.cn/kun/api/result/download?link={link} (GET)

Notes

• 支持的文件格式：CSV格式
• 分析过程可能需要较长时间，脚本会自动轮询等待结果