| name | bdbe_sexdetermine |
| description | 本skill是用于单细胞样本性别判定的专用技能，首先需要用户上传需要处理的单细胞样本数据，再判定未标注性别的样本，或纠正标注错误的性别信息，生成最后的修正文件。 |
| compatibility | ["python","requests"] |
| name_zh | 单细胞样本性别判定算子 |
| input_params | [{"name":"input_file","type":"string","required":true,"description":"输入单细胞样本数据文件路径（CSV格式）"},{"name":"species","type":"string","required":true,"description":"物种类型，如 mouse、human 等"},{"name":"output_dir","type":"string","required":false,"description":"输出目录，默认在上传文件所在目录"}] |
| output_params | [{"name":"output_dir","type":"csv_file","description":"性别判定结果CSV文件，包含每个样本的性别标签"}] |
| tag | 科学计算 |
| publisher | COMMUNITY |
Skill: bdbe_sexdetermine
Overview
本skill是用于单细胞样本性别判定的专用技能，首先需要用户上传需要处理的单细胞样本数据，再判定未标注性别的样本，或纠正标注错误的性别信息，生成最后的修正文件。
Trigger
当用户希望"对单细胞样本进行性别判定"、”使用单细胞样本性别判定工具“等情况时触发。
Parameters
| 参数名 | 类型 | 说明 | 示例值 | 是否必填 |
|---|
| input_file | string | 输入单细胞样本数据文件路径 | D:\hqr\workspace\Agent\source\mousedemo.csv | 是 |
| species | string | 物种类型 | mouse | 是 |
| output_dir | string | 输出目录，默认在上传文件所在目录 | D:\hqr\workspace\Agent\output | 否 |
Examples
Example 1: 基本使用
python scripts/bdbe_sexdetermine.py --input_file "D:\hqr\workspace\Agent\source\mousedemo.csv" --species mouse
Example 2: 指定输出目录
python scripts/bdbe_sexdetermine.py --input_file "D:\hqr\workspace\Agent\source\mousedemo.csv" --species mouse --output_dir "D:\hqr\workspace\Agent\output"
Implementation
核心流程
- 文件上传 - 上传待判定性别的单细胞样本文件，获取文件唯一标识ID
- 启动分析 - 触发性别判定分析，获取分析任务ID
- 获取结果 - 轮询获取分析结果，直至返回有效结果
- 下载文件 - 下载生成的性别判定结果文件
接口说明
- 文件上传接口：
https://www.bdbe.cn/kun/api/upload (POST)
- 分析触发接口：
https://www.bdbe.cn/kun/api/analysis?tool=SexDetermine&id={file_id}&species={species} (GET)
- 结果获取接口：
https://www.bdbe.cn/kun/api/result?id={task_id} (GET)
- 文件下载接口：
https://www.bdbe.cn/kun/api/result/download?link={link} (GET)
Notes
- 支持的文件格式：CSV格式
- 分析过程可能需要较长时间，脚本会自动轮询等待结果
