菜单
回归安全地维护 EpiAgentKit 的 CLAUDE/AGENTS 规则、skills、references、hooks、安装同步、doctor、路由、合同测试和 README。用于完善、重构、排查或审查这些仓库组件；普通研究项目的数据分析、写作或项目初始化不触发本 skill。修改 skill 时同时使用 skill-creator；Git 仅在已可用且当前目录为仓库时使用。
用 Codex 或 Claude 帮你安装 复制这段 Prompt，粘贴到 Codex、Claude 或其他助手里，让它检查 Skill 页面并帮你完成安装。
基于 SOC 职业分类
初始化标准卫生统计研究或咨询项目，默认生成 R 七层目录，也可按用户明确选择生成 Python 目录，并创建 PROTOCOL、SAP、结果单源、registry 与可选 Git 配置。仅在用户明确要求创建项目或把空工作区建成正式项目时使用；简单作业、快速核验和已有项目分析不触发。上游为 biostat-principles；咨询项目完成分析后再用 consulting-delivery。
Python 流行病学与生物统计分析的可选执行层，仅用于用户明确要求 Python，或既有项目已经以 Python 为主流程时的数据清洗、描述统计、回归、生存分析、预测验证、统计表图、代码调试和结果复现。开工先遵循 biostat-principles；统计图配合 publication-figures，客户外发再用 consulting-delivery。未指定语言的普通统计分析、R 环境或依赖缺失、研究设计定稿、论文写作或仅操作 xlsx 文件不触发。
R 流行病学与生物统计的主要执行层，用于 R 数据清洗、描述统计、回归、生存、中介、Meta 分析、统计表图和代码调试；用户未指定语言且无既有语言合同时也使用。开工先遵循 biostat-principles；统计图配合 publication-figures，客户外发再用 consulting-delivery。不用于已明确采用 Python 的分析、研究设计定稿或论文写作。
基于已验证的代码、结果单源和表图生成或结构性重写中英文期刊论文、学位论文部件、摘要、题名、cover letter、审稿回复、highlights 和投稿正式往来，并做投稿前一致性自查。开工先用 biostat-principles，终审用 academic-humanizer；实际 Word 操作再配合 docx。已有文本的局部润色或压缩只用 academic-humanizer。
流行病学与生物统计的上游行为原则，用于研究设计、R/Python 分析、论文、咨询交付和项目审查开工前，以及口径争议、结果不一致或试新方法时。提供原始数据只读、最小实现、可验证目标、结果追溯、复现、异常闭环和隔离实验规则；轻量任务不因此升级为正式项目。
把已完成并验证的 R 或 Python 分析打包为客户可独立复现、可直接阅读且保留真实溯源的咨询交付物。用于“给客户交付”“打包结果”或在 05_reports/ 建正式结果包；不用于未完成分析或内部探索。上游为 biostat-principles，文本终审配合 academic-humanizer，签发配合 epi-project-audit。
| name | epiagentkit-maintenance |
| description | 回归安全地维护 EpiAgentKit 的 CLAUDE/AGENTS 规则、skills、references、hooks、安装同步、doctor、路由、合同测试和 README。用于完善、重构、排查或审查这些仓库组件；普通研究项目的数据分析、写作或项目初始化不触发本 skill。修改 skill 时同时使用 skill-creator；Git 仅在已可用且当前目录为仓库时使用。 |
把规则、skills、hooks、脚本、测试和文档视为一个行为系统。基于真实缺口持续优化，不做追加式堆砌，不以缩短文件为由丢失已有能力。
CLAUDE.md、AGENTS.md、目标组件及其直接 references、调用者、测试和同步路径。修改 skill 时先加载 skill-creator，并检查该 skill 的完整目录。git init，不安装 Git，也不把缺少 Git 判为任务失败。编辑前明确记录：
没有可复现缺口时，不新增规则。两个方案通过相同验证时，选择更短、单源更清楚、维护成本更低的一项。
| 内容 | 唯一归属 |
|---|---|
| 每个会话都必须知道的跨任务硬红线、总路由、单源指针、完成条件 | 根 CLAUDE.md |
| 本仓库结构、编码、验证、贡献和维护约定 | 根 AGENTS.md |
| 任务触发边界与核心工作流 | 对应 SKILL.md |
| 条件细节、长规范、变体和示例 | 对应 references/ |
| 重复且需要确定性的操作 | 对应 scripts/ |
| 必须在固定生命周期执行或阻断的检查 | hooks/ 与客户端配置 |
| 安装、同步、依赖闭包和双端映射 | scripts/config_core.py、同步器及合同测试 |
| 面向使用者的能力、安装与安全说明 | README.md |
每个概念保持一个单源。更新概念单源时，同步修改所有调用者、模板、测试和文档；删除被替代的旧表述。不要把 skill 的条件参数复制进全局 CLAUDE.md，也不要把全局优先级在各 skill 重写一遍。
CLAUDE.md 目标不超过 200 行，使用短段落、标题、列表和可验证措辞。只保留广泛适用且删除后会造成错误的规则；领域流程转 skill，目录或语言专属规则转项目或路径级规则。AGENTS.md 只保留本仓库开发约定，不复制领域规则。Claude Code 与 Codex 需要同一行为时，从仓库单源同步，不手工维护两份不同正文。SKILL.md 只放选择与执行主干，条件细节放一层可达的 references。避免深层引用、重复说明、教程式铺陈和无调用者资产。skills/skill-creator/scripts/init_skill.py 初始化；删除全部占位资源，仅保留实际需要的文件。python skills/skill-creator/scripts/quick_validate.py skills/<skill-name>，再检查引用存在、触发边界、旧场景与新场景。python -m py_compile 并以代表性输入实跑；Shell 运行 bash -n 并做安全样例；R 多行代码写入文件后用 Rscript 文件.R 实跑。python scripts/audit_workflow_contracts.py；不得只凭退出码，必须扫描完整输出中的异常词。按变更范围从小到大运行：
python -m unittest discover -s scripts/tests -v。python scripts/audit_workflow_contracts.py。python scripts/epiagentkit.py sync --target all 与 python scripts/epiagentkit.py doctor --target all，确认 Claude Code 与 Codex 文件一致。error|warning|traceback|failed|nan，逐项归因；不能把预期提示、库噪声或真实失败混为一类。Git 可用且当前目录为仓库时，最后审查完整差异并按全局约定提交；否则报告“Git 已跳过”，不初始化仓库、不安装 Git、不因此阻止签发。Push 仍只在用户当轮明确要求时执行。
先报告完成结果，再列出：改动的行为、保留的旧行为、验证命令与结果、兼容性或回退影响、Git 已提交或已跳过。不要把探索过程、内部思维或冗长逐文件流水账写进交付。