rnaseq-plot
Use when the user already has an RNA-seq count or expression matrix and needs downstream plots or analysis (normalize, PCA, DESeq2/edgeR/limma, volcano, heatmap, GO/KEGG, GSEA, WGCNA). Call the rnaseq-plot MCP tools named rgraph_*; do not redraw in Python.
معلومات المصدر
- المستودع
- MiniMax-AI/MiniMax-Code-Plugins
- آخر نشاط في المصدر
- ٢٥ أغسطس ٢٠٢٦ في ٠٢:٥٢
- لغة SKILL.md المكتشفة
- الإنجليزية
- النجوم
- ١٨
- التفرعات
- ١٣
خيارات التثبيت
يُحدَّد Prompt الذي يراجع المصدر أولًا بشكل افتراضي. يمكنك التبديل إلى أمر مباشر أو تنزيل نسخة محلية.
مراجعة ملفات المصدر
اقرأ SKILL.md وأي ملفات مرافقة يعرضها SkillsMP قبل أن تقرر التثبيت.
عرض SKILL.md
SKILL.md
تعليمات المصدر · معاينة للقراءة فقط- name
- rnaseq-plot
- description
- Use when the user already has an RNA-seq count or expression matrix and needs downstream plots or analysis (normalize, PCA, DESeq2/edgeR/limma, volcano, heatmap, GO/KEGG, GSEA, WGCNA). Call the rnaseq-plot MCP tools named rgraph_*; do not redraw in Python.
# rnaseq-plot
Use the `rnaseq-plot` MCP server. Tool functions are still named `rgraph_*`. Prefer R-rendered png+pdf over matplotlib copies.
## Typical order
1. `rgraph_env` — confirm Rscript and packages
2. `rgraph_normalize` / `rgraph_pca` / `rgraph_correlation` as needed
3. `rgraph_diff` — default significance metric is **padj**, not raw p-value
4. `rgraph_volcano`, `rgraph_heatmap`, `rgraph_enrich`, `rgraph_gsea`, `rgraph_wgcna` as requested
Required table columns are in the Plugin README (`sample_name`/`group`, `gene_id`, counts).
If Rscript is missing, return the generated `.R` script and the command to run it. If a package is missing, return the install hint from the tool. Do not pretend the figure was drawn.
عرض على GitHub