mcp-biomcp

name	MCP BioMCP
description	生物信息学工具，整合基因查询、NCBI搜索、蛋白质分析、临床试验等功能。整合PubMed、ClinicalTrials.gov、MyGene.info、NCBI等权威数据源。当用户需要查询基因信息、搜索NCBI、蛋白质信息、生物文献时使用此技能。
triggers	["基因","NCBI","蛋白质","生物信息","PubMed","临床实验","基因变异"]
mcp	{"command":"uvx","args":["--with","biomcp-python","biomcp","serve"]}

BioMCP 生物信息学技能（整合版）

整合 BioMCP + NCBI 基因搜索，一站式生物信息学服务。

🧬 核心功能

基因信息查询

• NCBI Gene：基因详情、序列信息、基因组位置
• MyGene.info：基因批量查询、注释信息
• UniProt：蛋白质序列、结构、功能

变异分析

• ClinVar：致病性变异、临床意义
• gnomAD：变异频率、人群分布
• 疾病关联：疾病-基因关系

文献检索

• PubMed：生物医学文献搜索
• 文献关联：基因相关文献

临床试验

• ClinicalTrials.gov：临床试验查询
• 疾病相关试验：按疾病/基因筛选

🔧 工具对比

功能	BioMCP	NCBI搜索
基因查询	✅ MyGene.info	✅ NCBI Gene
蛋白质	✅ UniProt	✅ NCBI Protein
文献	✅ PubMed	✅ PubMed
变异	✅ ClinVar/gnomAD	❌
临床试验	✅ ClinicalTrials	❌
序列信息	✅	✅ 更详细

最佳实践：

• 快速基因查询 → BioMCP（MyGene.info）
• 详细基因信息 → NCBI Gene
• 变异分析 → BioMCP（ClinVar/gnomAD）
• 临床试验 → BioMCP

💡 使用示例

1. 查询基因信息

用户: "查一下TP53基因"
操作: BioMCP搜索 "TP53" 或 NCBI Gene搜索

2. 变异分析

用户: "TP53的致病突变有哪些"
操作: BioMCP查询 ClinVar 变异

3. 搜索文献

用户: "找几篇关于CRISPR的论文"
操作: PubMed搜索 "CRISPR"

4. 临床试验

用户: "乳腺癌相关的临床试验"
操作: ClinicalTrials查询 "breast cancer"

📊 支持的数据源

数据源	类型	内容
NCBI Gene	基因数据库	基因信息、序列
NCBI Protein	蛋白质数据库	蛋白质序列、结构
PubMed	文献数据库	生物医学文献
ClinVar	变异数据库	致病性变异
gnomAD	变异数据库	人群变异频率
ClinicalTrials.gov	临床试验	全球临床试验
MyGene.info	基因API	快速基因查询
UniProt	蛋白质数据库	蛋白质注释

🎯 触发场景

• 用户询问基因、蛋白质信息
• 需要查询生物医学文献
• 需要分析基因变异
• 需要查找临床试验
• 生物信息学相关需求

🌐 相关资源

• BioMCP: https://github.com/modelcontextprotocol/servers/tree/main/src/biomcp
• NCBI: https://www.ncbi.nlm.nih.gov
• MyGene.info: https://mygene.info
• ClinVar: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar

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