mcp-biomcp

# BioMCP 生物信息学技能（整合版） 整合 BioMCP + NCBI 基因搜索，一站式生物信息学服务。 ## 🧬 核心功能 ### 基因信息查询 - **NCBI Gene**：基因详情、序列信息、基因组位置 - **MyGene.info**：基因批量查询、注释信息 - **UniProt**：蛋白质序列、结构、功能 ### 变异分析 - **ClinVar**：致病性变异、临床意义 - **gnomAD**：变异频率、人群分布 - **疾病关联**：疾病-基因关系 ### 文献检索 - **PubMed**：生物医学文献搜索 - **文献关联**：基因相关文献 ### 临床试验 - **ClinicalTrials.gov**：临床试验查询 - **疾病相关试验**：按疾病/基因筛选 ## 🔧 工具对比 | 功能 | BioMCP | NCBI搜索 | |------|--------|----------| | 基因查询 | ✅ MyGene.info | ✅ NCBI Gene | | 蛋白质 | ✅ UniProt | ✅ NCBI Protein | | 文献 | ✅ PubMed | ✅ PubMed | | 变异 | ✅ ClinVar/gnomAD | ❌ | | 临床试验 | ✅ ClinicalTrials | ❌ | | 序列信息 | ✅ | ✅ 更详细 | **最佳实践：** - 快速基因查询 → BioMCP（MyGene.info） - 详细基因信息 → NCBI Gene - 变异分析 → BioMCP（ClinVar/gnomAD） - 临床试验 → BioMCP ## 💡 使用示例 ### 1. 查询基因信息 ``` 用户: "查一下TP53基因" 操作: BioMCP搜索 "TP53" 或 NCBI Gene搜索 ``` ### 2. 变异分析 ``` 用户: "TP53的致病突变有哪些" 操作: BioMCP查询 ClinVar 变异 ``` ### 3. 搜索文献 ``` 用户: "找几篇关于CRISPR的论文" 操作: PubMed搜索 "CRISPR" ``` ### 4. 临床试验 ``` 用户: "乳腺癌相关的临床试验" 操作: ClinicalTrials查询 "breast cancer" ``` ## 📊 支持的数据源 | 数据源 | 类型 | 内容 | |--------|------|------| | NCBI Gene | 基因数据库 | 基因信息、序列 | | NCBI Protein | 蛋白质数据库 | 蛋白质序列、结构 | | PubMed | 文献数据库 | 生物医学文献 | | ClinVar | 变异数据库 | 致病性变异 | | gnomAD | 变异数据库 | 人群变异频率 | | ClinicalTrials.gov | 临床试验 | 全球临床试验 | | MyGene.info | 基因API | 快速基因查询 | | UniProt | 蛋白质数据库 | 蛋白质注释 | ## 🎯 触发场景 - 用户询问基因、蛋白质信息 - 需要查询生物医学文献 - 需要分析基因变异 - 需要查找临床试验 - 生物信息学相关需求 ## 🌐 相关资源 - BioMCP: https://github.com/modelcontextprotocol/servers/tree/main/src/biomcp - NCBI: https://www.ncbi.nlm.nih.gov - MyGene.info: https://mygene.info - ClinVar: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar --- *BioMCP + NCBI | 一站式生物信息学服务*