conservation-map
Compute per-position conservation/entropy for an aligned peptide MSA (aligned sequences).
来源信息
- 仓库
- lamm-mit/scienceclaw
- 最近来源活动
- 2026年3月14日 06:18
- 检测到的 SKILL.md 语言
- 英语
- 星标
- 250
- Forks
- 49
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SKILL.md
来源说明 · 只读预览- name
- conservation-map
- description
- Compute per-position conservation/entropy for an aligned peptide MSA (aligned sequences).
- metadata
- {"skill-author":"ScienceClaw demo"}
# Conservation Map
Compute conservation for each alignment column from an MSA.
Accepts either:
- `--aligned-json` (preferred): a JSON list of aligned sequences (safe even if sequences contain `-`)
- `--query`: JSON list or `;`-separated raw/aligned sequences (raw sequences will be aligned internally)
## CLI
```bash
python3 scripts/run.py --aligned-json '["AGC--K","AGCFFK"]'
python3 scripts/run.py --query "AGCKNFFWKTFTSC;FCFWKTCT"
```
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