microbe
Use when the user has a 16S or ITS feature table plus taxonomy and metadata and needs alpha/beta diversity, composition bars, differential abundance, co-occurrence networks, random-forest biomarkers, or a taxonomy tree. Drive the microbe MCP tools with local Rscript.
Informations de source
- Dépôt
- MiniMax-AI/MiniMax-Code-Plugins
- Dernière activité de la source
- 25 août 2026 à 02:52
- Langue détectée de SKILL.md
- anglais
- Étoiles
- 18
- Forks
- 13
Options d'installation
Le prompt qui vérifie d'abord la source est sélectionné par défaut. Vous pouvez passer à une commande directe ou télécharger une copie locale.
Vérifiez les fichiers source
Lisez SKILL.md et les fichiers associés affichés par SkillsMP avant de décider de l'installer.
Affichage de SKILL.md
SKILL.md
Instructions source · Aperçu en lecture seule- name
- microbe
- description
- Use when the user has a 16S or ITS feature table plus taxonomy and metadata and needs alpha/beta diversity, composition bars, differential abundance, co-occurrence networks, random-forest biomarkers, or a taxonomy tree. Drive the microbe MCP tools with local Rscript.
# microbe
Use the `microbe` MCP tools. Do not reimplement vegan/DESeq2 plots in Python.
## Typical order
1. `microbe_env`
2. `microbe_alpha`, `microbe_beta`
3. `microbe_composition`, `microbe_diff`
4. `microbe_network`, `microbe_rf`, `microbe_corr`, `microbe_tree` as requested
Expected columns: `feature_id` + sample counts; taxonomy ranks or a QIIME semicolon string; `sample_name` + `group`.
Missing R or packages: return the tool's repair command. This Plugin does not go from raw reads to ASVs.
Voir sur GitHub